Parvenant toujours à sauver Gotham City des attaques des super-vilains, Batman est devenu arrogant pour mieux cacher sa profonde solitude. Vexé, le Joker se laisse enfermer à l’asile d'Arkham. Mais Batman comme Barbara Gordon, la nouvelle commissaire de la ville, soupçonnent un plan caché. Le Joker cherche à rejoindre la zone fantôme pour s'allier avec les pires méchants. Batman en cherchant bien faire qui l'y envoie avec l'aide de Robin. Le Joker parvient à s'échapper de la zone fantôme à la tête d'une armée des pires méchants. Batman devra travailler en équipe pour sauver Gotham.
Reed Richard, alias Mister Fantastic et Susan Storm, la Femme invisible, membres des Quatre Fantastiques, sont sur le point de se marier, les préparatifs pour la cérémonie étant enfin achevés.
La planète Krypton est sur le point d'exploser. Jor-El, grand scientifique, décide de sauver son fils unique Kal-El en le plaçant dans une sonde spatiale pour l'envoyer sur Terre.
Pologne, 1944. Un groupe de prisonniers juifs est conduit vers un camp nazi où une sinistre sélection met d'un côté un jeune adolescent et de l'autre le restant de sa famille. Comprenant leur funeste destin, le garçon, agissant par instinct, veut rejoindre ses parents mais les gardes ne peuvent l'emmener, son corps étant bloqué par l'attraction magnétique qui le lie aux portes du camp de la mort. Ce n'est qu'une fois assommé que le garçon est emmené alors que ses proches sont exterminés. Des années plus tard, aux États-Unis, un vieil homme quitte en colère une assemblée où le sénateur Robert Kelly prône une loi pour l'identification et l'enfermement des mutants dont l'existence vient d'être révélée au monde. Il est suivi par un homme en fauteuil roulant qui tente de le convaincre de changer d'avis et de laisser une chance aux humains de bien se conduire pour une fois. Erik Lensher, alias Magnéto, survivant des camps de la mort, refuse de courir le risque de finir à nouveau dans un tel endroit et éconduit son ancien ami Charles Xavier.
À Gotham City, un couple fortuné, Tucker et Esther Cobblepot (Paul Reubens et Diane Salinger), abandonne son enfant à la naissance en le jetant dans les égouts à cause de sa difformité. Il est recueilli et élevé par les manchots du zoo. Trente-trois ans plus tard, Oswald Cobblepot (Danny DeVito) a grandi dans les égouts et refait surface comme un criminel nommé Le Pingouin. Il kidnappe un industriel millionnaire, Max Shreck (Christopher Walken). À cause des preuves rassemblées par le Pingouin des activités criminelles des affaires de Shreck, ce dernier lui propose de le sortir des égouts et de le faire entrer dans l'élite de Gotham. Le Pingouin élabore un plan pour faire son entrée dans le monde public en se faisant passer pour un héros. Il fait kidnapper le fils du maire pour ensuite le délivrer lui-même. Malgré la popularité du Pingouin, le millionnaire Bruce Wayne, alias Batman (Michael Keaton), reste sceptique sur ce dernier. Il enquête sur le passé du Pingouin et établit un lien avec un gang de criminels, le Gang du Cirque du Triangle Rouge. Le gang a récemment fait des ravages sur Gotham, entrainant la disparition de plusieurs enfants. Il décide de défendre Gotham contre eux.
En 1975, Jean Grey provoque un accident de voiture qui tue sa mère et blesse son père. Terrorisée et orpheline, la fillette est recueillie par le Professeur Xavier, qui lui présente son Institut.
David Banner est un chercheur en génétique qui s'intéresse aux processus de régénération et souhaite améliorer l'ADN humain. Il fait des recherches et expérimentations sur son propre corps. Sa femme, Edith Banner, donne naissance à leur fils Bruce. David Banner se rend compte que son ADN mutant s'est transmis à son fils. Il tente de trouver un remède à l'état de Bruce. En 1973, le gouvernement, représenté par le lieutenant-colonel "Thunderbolt" Ross, arrête ses recherches après avoir pris connaissance de ses dangereuses expériences. David, dans un accès de rage, provoque une explosion massive du réacteur gamma qui alimente les installations, et tue accidentellement sa femme. Il est ensuite placé en hôpital psychiatrique. Alors âgé de quatre ans, Bruce est envoyé en famille d'accueil et est adopté, croyant que ses parents biologiques sont décédés. Les événements traumatisants entourant le décès de sa mère ont laissé Bruce incapable de se rappeler les détails de son enfance.
À Gotham City, un nouveau méchant fait régner la terreur par le froid, Mister Freeze. De son vrai nom Victor Fries, cet ancien scientifique a été victime d'un accident lors de ses recherches sur la cryogénie. Il ne peut désormais plus supporter de température supérieure à 0 degré. Son objectif est de prendre la ville en otage, en échange de fonds pour financer ses recherches d'un traitement contre le « syndrome de MacGregor », une maladie rare contractée par sa femme.
John Constantine est occultiste et exorciste. Il est atteint d'un cancer du poumon en phase terminale et promis à l'enfer, en raison d'une tentative de suicide dans sa jeunesse. Après avoir manqué d'échouer lors d'une mission, en chassant un démon du corps d'une enfant, il fait la rencontre d'Angela Dodson, une femme policière dont la sœur jumelle, Isabel, vient de se suicider. Elle refuse pourtant de croire à cette possibilité, persuadée qu'on l'a assassinée. Constantine et Dodson, aidés de Chas Kramer et de Papa Midnight, vont tenter d'élucider ce mystère. Mais au Mexique un mineur a découvert la Lance du destin et, sous l'influence de son pouvoir, part pour Los Angeles libérer le fils de Satan. Le démon tentera de s'incarner à travers le corps d'Angela, la mission de Constantine sera de l'en empêcher.
À l'époque de la conquête de l'Ouest, le Diable, Méphistophélès (Peter Fonda), envoie son chasseur de primes, le Ghost Rider, pour signer son contrat avec un millier d'âmes corrompues de la ville de San Venganza. Puisque la nature du contrat pourrait donner à Méphistophélès la puissance nécessaire pour ramener l'enfer sur terre, le Rider refuse de lui donner ce contrat et part en cavale.
Britt Reid est le fils de James Reid, le propriétaire du quotidien The Daily Sentinel à Los Angeles. Britt est aussi un fêtard invétéré, un peu immature et sans ambition. Lorsque son père décède subitement, Britt se retrouve à la tête du journal et découvre en même temps les talents de Kato, le chauffeur et mécanicien de son père, par ailleurs spécialiste en café, expert en arts martiaux, ingénieur et bricoleur de génie. Pendant ce temps, Chudnofsky, un criminel impitoyable, étend son contrôle sur tous les gangs de Los Angeles. Un peu malgré lui, Britt Reid devient un héros masqué ennemi du crime sous l'identité du Frelon vert, avec l'aide de Kato, chauffeur et surtout concepteur de la Black Beauty, une voiture truffée de gadgets.
Lorsque l'entité maléfique Parallax s'échappe de sa prison aux confins de l'univers et parvient à blesser mortellement Abin Sur, le seul gardien capable de l'emprisonner, le corps des Green Lantern (gardiens ancestraux de la paix dans l'univers et maîtrisant la force verte de la Volonté grâce à leur anneau), dont Abin Sur faisait partie, se retrouve démuni face à leur adversaire qui maîtrise la force jaune de la peur. C'est sans compter sur le pilote d'aviation chevronné Hal Jordan, casse-cou et téméraire, qui va obtenir l'anneau de pouvoir d'Abin Sur mourant et devenir le dernier espoir des Green Lantern et de la Terre, à présent menacée par Parallax.
Cela fait cinq ans que tout était génial et les citoyens font face à une nouvelle menace énorme : les Duplo envahissent l'espace, détruisant tout plus vite qu'ils ne peuvent reconstruire.
Frank Moses est un ancien agent de la CIA, aujourd'hui à la retraite, que des assassins tentent de tuer. En fuite en compagnie d'une amie, Sarah Ross, Frank décide de réunir ses anciens coéquipiers pour une dernière mission.
Le général Zod et ses sbires, Ursa et Non, tentent de voler un puissant cristal sur Krypton. Ayant échoué dans leur tentative, ils sont jugés par Jor-El qui les condamne à être emprisonnés dans la Zone Fantôme.