Un radiotélescope du programme SETI capte des ondes émises par un vaisseau extraterrestre démesuré qui s'est immobilisé en orbite géostationnaire lointaine. Le Pentagone, averti de cette présence, décide de garder le secret sur cette découverte. Peu de temps après, de gigantesques vaisseaux entrent dans l'atmosphère puis prennent lentement position au-dessus de diverses mégapoles mondiales. À Washington, le président des États-Unis Thomas J. Whitmore (Bill Pullman) s'interroge sur la conduite à tenir.
En raison de bombardements de neutrinos dus à une éruption solaire, le noyau de la Terre commence à chauffer à un rythme inconnu jusqu'alors, causant en fin de compte des déplacements de la croûte terrestre avant décembre 2012, tel que cela avait été prévu. Il s'ensuit un scénario de fin du monde qui plonge l'humanité dans le chaos. Le film suit un groupe de personnages alors qu'ils échappent de justesse à d'innombrables catastrophes. En même temps, des savants et des dirigeants du monde tentent de sauver le plus de vies possible avant l'arrivée des désastres.
En 2023, les mutants, les humains susceptibles d'engendrer des mutants, et des humains prêts à les défendre, ont été presque exterminés au cours d'une guerre contre les Sentinelles, des robots conçus pour trouver et éliminer les mutants. Dans un ultime effort pour changer le cours tragique des événements, le professeur Charles Xavier et Magnéto renvoient l'esprit de Wolverine dans son propre corps, en 1973, grâce aux talents de Kitty Pride. Ainsi conscient de l'avenir qui se prépare, il doit y retrouver les jeunes mutants écorchés qu’ils ont été.
Le film débute par la scène où une plume d'oiseau, volant dans les airs, atterrit aux pieds de Forrest Gump, un jeune homme simplet, assis sur un banc dans la ville de Savannah, en Géorgie, attendant le bus. Au fil des différents interlocuteurs qui viennent s’asseoir tour à tour à côté de lui sur le banc, Forrest Gump va raconter la fabuleuse histoire de sa vie. Sa vie est à l'image de la plume (que l'on aperçoit au début et à la fin du film) qui se laisse porter par le vent, tout comme Forrest se laisse porter par les événements qu'il traverse dans l'Amérique de la seconde moitié du XX siècle.
Le paléoclimatologue Jack Hall (Dennis Quaid) et ses deux collègues effectuent une mission scientifique de routine en Antarctique : le forage de carottes de glace. Cependant, le plateau de glace se détache soudain du reste du continent.
Après une pollution du lac de Springfield provoquée par Homer Simpson avec les déjections d'un cochon qu'il a adopté, le gouvernement américain décide que la ville entière est devenue une menace pour l'environnement du pays et recouvre donc Springfield d'un immense dôme de verre dans l'intention d'y contenir la pollution. La famille se voit donc obligée de déménager en Alaska.
La presse se fait écho de la réapparition d'une page manquante du journal de John Wilkes Booth, l'assassin d'Abraham Lincoln. Cette page contient des informations qui associent l'arrière-arrière-grand-père de Benjamin Gates à cet assassinat, lui donnant même un rôle clé. Ben entame alors une quête pour disculper son aïeul. Elle l'emmène à Paris, à Londres et de retour aux États-Unis pour chercher le Livre des Secrets Présidentiels, un mystérieux livre qui contiendrait tous les secrets de notre monde transmis depuis la Guerre de Sécession à chacun des présidents américains, ainsi qu'une carte du trésor de Cibola, la cité de l'or des précolombiens. Mais pour mettre la main sur le trésor et prouver l'innocence de son ancêtre, Benjamin Gates va devoir enlever l'actuel Président des États-Unis.
Cela fait déjà deux ans que le gardien de musée Larry Daley, rêveur à qui la chance sourit enfin, a fait ses adieux à ses amis du musée pour monter sa propre entreprise. Mais quand il revient au musée, il apprend que tous ses anciens amis vont être remplacés par des hologrammes destinés à rendre le Muséum d'Histoire naturelle plus interactif. Ils seront donc envoyés aux Archives nationales, à Washington. Mais avant de partir pour les archives, le capucin vole la tablette d'Ahkmenrah, qui donne vie aux mannequins exposés et qui n'était pas censée partir avec eux. Larry va devoir leur prêter main-forte pour affronter Kahmunrah — le très redouté cinquième pharaon et frère d'Ahkmenrah, qui veut utiliser la tablette pour réssuciter l'Armée d'Horus et conquérir le monde — et ses sbires, le gangster Al Capone, le tsar Ivan le Terrible et l'empereur Napoléon Bonaparte. Au passage, il trouve une alliée inattendue en la personne de l'aviatrice Amelia Earhart, du moins la statue de cire, dont il tombe amoureux, et qui va l'aider dans sa tâche.
Les X-Men sont à la recherche d'un étrange mutant dénommé Kurt Wagner qui s'est introduit dans le bureau ovale pour tenter d'assassiner le président des États-Unis. L'attentat a rendu l'opinion publique de plus en plus hostile contre les mutants. Alors que le Professeur Xavier et Cyclope rendent visite à Magnéto dans sa prison pour savoir s'il est impliqué, Xavier découvre qu'un certain William Stryker, un militaire qui semble en savoir long sur le passé de Wolverine, a soutiré des informations à Magnéto. Stryker, aidé par son assistante Yuriko Oyama, enlève le Professeur Xavier et Cyclope, puis lance un raid sur le manoir de la Fondation Xavier. Il s'empare des plans du Cerebro et de six élèves mutants. Parmi les rescapés, on compte Malicia, Pyro, Iceberg, Kitty Pryde, Colossus, Wolverine et d'autres élèves qui se sont échappés par les différents couloirs de sortie.
Le jour de son mariage, la jeune Susan Murphy reçoit sur la tête une météorite qui la transforme en une géante de plus de vingt mètres. L'armée entre promptement en action, la neutralise et l'incarcère dans une prison secrète. Rebaptisée Génormica, Susan fait connaissance avec ses compagnons d'infortune : le brillant docteur Cafard, un scientifique fou à la tête de cafard, l'hybride macho de singe et à tête de poisson appelé Le Maillon Manquant, l'indestructible et gélatineux BOB et le gigantesque Insectosaure.
Les États-Unis sont gouvernés par Zartan sous les traits du président. Celui-ci organise un piège qui a pour but de mêler les Joes à un complot qui a abouti à l'assassinat du chef d'État pakistanais et la plongée du pays dans le chaos avec son arsenal nucléaire. Prenant cette attaque pour prétexte, Zartan donne l'ordre de tuer l'unité d'élite G.I. Joe. Duke trouve la mort dans cette attaque en tentant de protéger son ami Flint qui survit avec Marvin et Jay, deux autres membres de l'équipe et également amis de Duke. Lors d'un reportage, Zartan annonce avoir lui-même ordonné la mort des Joes et que le tueur du président Pakistanais n'est autre que Snake Eyes. Pendant ce temps le reste de l'unité qui a survécu devine que le seul homme assez puissant pour pouvoir commander une attaque comme celle qu'ils ont subie ne peut être que le président. Zartan a gardé le vrai président vivant et il décide de le forcer à révéler où se trouve Rex alias « Cobra Commander » ainsi que McCullen alias « Destro ». Pendant ce temps, le gouvernement capture Snake Eyes mais celui-ci s'avère être l'agent de Cobra, Stormshadow, venu pour faire sortir Cobra Commander ce qu'il parvient à faire. Ce qui reste des G.I. Joes devront tout risquer pour arrêter la révolution de Cobra, ils feront appel à l'homme qui a donné son nom à leur unité: le Général Joe Colton.
La nuit du 10 mai 1998, à Richmond en Virginie, un club scolaire d'astronomie observe le ciel. Leo Biederman (Elijah Wood), un adolescent, remarque un objet lumineux qu'il ne reconnaît pas. Sa camarade Sarah (Leelee Sobieski) se moque de lui et affirme qu'il ne s'agit que d'une simple étoile. Leur professeur ne parvenant pas à l'identifier non plus, prend un cliché et le transmet à l'observatoire astronomique. Le docteur Marcus Wolf, analyse par ordinateur la photo et découvre que l'objet est une nouvelle comète. Rapidement, il panique quand les calculs de la trajectoire de cette comète lui révèlent qu'elle se dirige droit sur la Terre. Voulant donner l'alerte, il quitte précipitamment le bâtiment à bord de son véhicule. Conduisant de manière très imprudente sur l'étroite route sinueuse menant à l'observatoire, son véhicule quitte la route en voulant éviter un camion, s'écrase dans un ravin et explose, causant ainsi la mort de Wolf.
Benjamin Gates, dit Ben, suit les traces de la famille Gates, en voulant mettre la main sur le fameux trésor des Templiers, d'une valeur incommensurable, qui aurait été caché par les Francs-Maçons durant la guerre d'indépendance des États-Unis. Toutefois, cette quête n'est pas une mince affaire puisqu'on ne peut atteindre le trésor qu'en suivant un indice, qui aboutit généralement à un autre indice.
Le général Ivan Radek, dictateur du « régime terroriste » du Kazakhstan est capturé au cours d'une opération russo-américaine des Spetsnaz et Delta Force. Trois semaines plus tard, le président des États-Unis James Marshall est invité à un dîner à Moscou, où il fait un discours annonçant, ému par les camps de réfugiés, qu'il arrête la diplomatie et qu'il affrontera directement les « régimes meurtriers » sans attendre que la sécurité des États-Unis soit compromise. Puis, il rejoint Air Force One en compagnie de son cabinet, ses conseillers, son épouse, Grace, et sa fille, Alice. Cependant, six terroristes russes déguisés en journalistes, commandés par Ivan Korshunov, embarquent également. Après le décollage, les terroristes prennent le contrôle de l'avion avec l'aide de Gibbs, leur taupe au Secret Service. Au cours de la fusillade, le Secret Service fait évader le président par un module éjectable. Puis, le pilote tente un atterrissage sur la Ramstein Air Base mais les pirates de l'air font irruption dans le cockpit, tuent le pilote et redécollent vers le Kazakhstan.
Le film raconte les derniers mois de la vie d'Abraham Lincoln, 16e président des États-Unis, assassiné en 1865, et surtout de son combat pour faire passer le XIIIe amendement de la Constitution, qui mit fin à l'esclavage dans tout le pays, avant la fin de la guerre de Sécession.