En 1944, alors que la guerre du Pacifique fait rage, deux pilotes s'écrasent sur une île inconnue. L'un est Américain, l'autre est Japonais. Alors qu'ils s'affrontent sur place, ils sont brusquement interrompus par une gigantesque créature.
Dans les années 1930 à New York lors de la Grande Dépression, Ann Darrow, une jeune comédienne de vaudeville se retrouve au chômage après la fermeture de son théâtre. Parallèlement, un réalisateur ambitieux et mafieux, Carl Denham envisage de tourner un film d'aventure sur une île légendaire située dans l'océan Indien, après être entré en possession d'une carte mentionnant son existence. Mais les producteurs insatisfaits des premières prises de vue et du coût engendré, décident d'annuler la production. Carl décide alors de fuir en volant les bobines de film et charge son jeune assistant Preston, de préparer le départ le soir-même. Mais Preston lui annonce que l'actrice qui devait tenir le rôle a quitté l'équipe au dernier moment. Carl se dépêche alors de trouver une actrice correspondant à ses attentes avant ce soir. Il remarque Ann qui cherchait du travail avant qu'elle ne se fasse surprendre en train de voler une pomme. Carl intervient et lui évite des ennuis. Il lui offre un repas et lui explique qu'il recherche une actrice pour tourner une idylle romantique et aventurière sur un bateau en mentant cependant sur un point, que le film se tournera à Singapour. Au début, Ann refuse mais quand Carl annonce que le scénario sera écrit par Jack Driscoll, un auteur de pièces de théâtre connu qu'Ann admire par-dessus tout, elle accepte le rôle. Le soir, sur le quai où est accosté le navire Venture, Carl presse son commandant le capitaine Englehorn d'appareiller car il sait que des hommes en uniforme vont bientôt l'arrêter. Ann, inquiète, embarque finalement avec le reste de l'équipe, y compris le narcissique Bruce Baxter, le comédien du film. Carl retrouve Jack Driscoll sur le navire pour qu'il lui remette le script mais n'ayant fait qu'une ébauche, insiste pour que Jack l'accompagne pour le tournage. Ce dernier est cependant pressé de partir mais Carl lui annonce qu'il va le payer (chose qu'il ne fait jamais) et fait exprès de s'embrouiller dans les chiffres en rédigeant le chèque alors que le navire est sur le point de larguer les amarres. Jack tente tout de même de quitter le bateau mais trop tard : le Venture a déjà quitté le port au moment même où les producteurs et la police arrivent sur le quai.
Le physicien nucléaire Joseph Brody enquête sur de mystérieux phénomènes qui ont lieu au Japon, quinze ans après un incident qui a irradié la région de Tokyo et déchiré sa propre famille. Refusant de s’en tenir à la version officielle qui évoque un tremblement de terre, le scientifique revient sur les lieux du drame accompagné par son fils Ford, soldat dans la Navy. Ils découvrent que les incidents ne sont pas liés à une catastrophe naturelle, mais à des monstres réveillés par des essais nucléaires dans le Pacifique au lendemain de la Seconde Guerre mondiale. Ces créatures sont surveillées par une organisation nommée Monarch, mais elles menacent bientôt la sécurité de l'archipel d'Hawaï et la côte ouest des États-Unis. Au même moment, la compagne de Ford, infirmière et jeune maman, gère les blessés dans un hôpital de San Francisco.
Pendant l'été 1974 ( le 1er juillet ), sur l'île d'Amity, un groupe d'étudiants fait la fête sur la plage. Une jeune femme s'éloigne du groupe pour un bain de minuit alors que son flirt s'endort sur la plage, ivre. Après quelques brasses, la jeune femme est attaquée par une force mystérieuse, elle tente de résister mais est happée et disparaît dans l'eau en poussant des cris de terreur. Quelques secondes après, la mer retrouve son calme nocturne. Personne ne sait ce qui vient de se dérouler.
À une époque où les monstres parcourent la Terre, et alors que l’humanité lutte pour son avenir, Godzilla et King Kong, les deux forces les plus puissantes de la nature, entrent en collision dans une bataille spectaculaire inédite. Alors que Monarch se lance dans une mission périlleuse en terrain inconnu, et qu’il découvre des indices sur les origines des Titans, un complot humain menace d’éradiquer ces créatures – qu’elles soient bonnes ou mauvaises – de la surface de la planète.
Pour combattre les kaiju, des créatures extraterrestres sorties d'une brèche interdimensionnelle près de la faille géologique au fond de l'océan Pacifique en août 2013, un nouveau genre d’arme a été conçu : des robots géants, appelés les Jaeger (« chasseurs » en allemand), contrôlés en simultané par deux pilotes dont les esprits sont reliés par un pont neuronal.
L'agence crypto-zoologique Monarch déploie de nombreux moyens pour combattre des créatures de tailles divines, appelées Titans. Ces derniers réapparaissent petit à petit des entrailles de la terre. La paléobiologiste Emma Russell, travaillant pour Monarch, a été traumatisée par la mort de son fils Andrew en 2014. Elle a mis au point l'Orca, jadis imaginé avec son ex-mari Mark, une machine qui permet de capter et reproduire les signaux émis par les Titans. Son invention attire des convoitises. Emma entraine avec elle sa fille Madison. Son père, Mark va tout faire pour retrouver sa fille, tout en tentant de survivre dans un monde envahi de monstres. Godzilla va ainsi devoir compter sur une alliée, le papillon géant Mothra pour affronter les 2 menaces que représentent le ptérosaure super-rapide Rodan, ainsi que son pire ennemi, le dragon à trois têtes King Ghidorah, qui est l'Alpha des Titans. Ces anciennes super-espèces veulent toutes la suprématie et mettent en danger la survie de l'humanité. Alors qu'un combat apocalyptique se prépare, Godzilla, seul prétendant au titre capable de rivaliser avec l'Alpha, aidé des humains, devra s'imposer et ainsi affirmer sa place en tant que roi des monstres.
Le jour de son mariage, la jeune Susan Murphy reçoit sur la tête une météorite qui la transforme en une géante de plus de vingt mètres. L'armée entre promptement en action, la neutralise et l'incarcère dans une prison secrète. Rebaptisée Génormica, Susan fait connaissance avec ses compagnons d'infortune : le brillant docteur Cafard, un scientifique fou à la tête de cafard, l'hybride macho de singe et à tête de poisson appelé Le Maillon Manquant, l'indestructible et gélatineux BOB et le gigantesque Insectosaure.
Années 1960. Une série d'essais nucléaires français, aux alentours de l'archipel des Tuamotu, entraine la mutation d'un lézard. Trente ans plus tard, la créature monstrueuse attaque un cargo japonais croisant dans le Pacifique Sud. Le seul rescapé est transporté à Papeete, où il est interrogé par des agents de la DGSE. Il murmure le nom de « Gojira », d'après une ancienne légende japonaise. Au même moment, Nick Tatopoulos, un jeune scientifique américain travaillant pour la Commission de réglementation nucléaire des États-Unis, est prié d'abandonner ses recherches à Tchernobyl pour se rendre avec un groupe de militaires à Panama. Il découvre les gigantesque empreintes du monstre, qui a traversé le golfe et piétiné un village pour se rendre dans l'océan Atlantique.
Pendant le règne de la dynastie Song, de nombreux mystères entourent la Grande Muraille de Chine. Et elle est la seule protection contre une dangereuse menace…
Dix ans après la fermeture de la brèche, le monde se reconstruit et vit désormais en paix sans les Kaijûs. Jake, fils du célèbre Marshall Stacker Pentecost (mort en héros), vit de vols et de troc tout en fuyant le passé familial. Il va faire la connaissance de la jeune Amara Namani, qui a fabriqué son propre Jaeger (les robots géants qui ont permis d'affronter les monstres). Ils sont tous deux arrêtés pour vol de matériel de Jaeger et construction illégale de Jaeger, et afin d'éviter la prison, sont obligés d'accepter d'être embarqués sur une base militaire en Chine où Jake retrouve son ancien copilote de jaeger, Nate Lambert, afin de former les nouvelles recrues pilotes, qu'Amara rejoint. Sur place, tout le monde est en effervescence car les Jaegers sont sur le point d'être rendus obsolètes par le vote d'un programme de drones produits par Shao Corporation et développés par Liwen Shao et le Dr Newton Geiszler. Jake retrouve par ailleurs sa demi-sœur, Mako Mori, devenue Secrétaire Générale du Pan Pacific Defense Corps. Mais alors que le sommet pour le vote est sur le point de commencer à Sydney (QG du PPDC), un Jaeger illégal débarque et attaque la ville, tuant Mako Mori.
À une époque moyenâgeuse, Jack, jeune fermier, entrouvre les portes d'un monde fantastique qu'il croyait appartenir aux contes de son enfance. En aidant un moine qui fuyait, il entre en possession de haricots magiques et se retrouve à combattre des géants pour sauver une princesse...
New York, 22 mai 2009. Une quarantaine de jeunes gens en fin d'études organisent une fête pour le départ d'un des leurs pour le Japon, Robert « Rob » Hawkins. L'action est au départ centrée sur Jason Hawkins (le frère de Rob), Lily Ford, Hudson Platt (celui qui filme avec un caméscope la soirée), Marlena Diamond et Beth McIntyre, l'ex-petite amie de Rob. Au cours de la soirée, tandis que la fête bat son plein, l'immeuble dans lequel ils se trouvent est fortement ébranlé par une brusque secousse. Intrigués, quelques convives descendent dans la rue pour s'enquérir de ce qui se passe. Un coup sourd se fait alors entendre… et la tête de la statue de la Liberté vient se fracasser violemment au milieu de la rue. En quelques minutes, Manhattan devient le théâtre d'une attaque aussi effroyable que destructrice. Une gigantesque créature digne d'un kaiju envahit la ville, qui sombre dans le chaos.
Une équipe de tournage s'aventure sur le fleuve Amazone, au Brésil, pour tourner un documentaire. L´équipage embarque à bord un aventurier du nom de Paul Sarone, chasseur de l'un des plus grands serpents du monde : l'anaconda. Le nouveau passager détourne le bateau vers une région où ces animaux abondent. Ce qu'ils y découvrent n'est pas un serpent ordinaire, mais plutôt un prédateur mortellement dangereux qui semble impossible à vaincre.
Dans un futur lointain, les pays de la Terre se sont regroupés au sein de la Fédération, un gouvernement mondial. Cette Fédération se lance alors dans la conquête de l’espace. Les terriens colonisent des planètes et explorent de nouveaux systèmes planétaires. Ils entrent également en relation avec des civilisations extraterrestres. Petit à petit, ils se trouvent menacés par l’une d'entre elles, la belliqueuse civilisation des Arachnides. En effet cette race d’insectes géants lance des attaques ponctuelles depuis son système de Klendathu.