Jonas Taylor est un ancien capitaine de la Marine et un plongeur spécialisé dans les eaux profondes. Il est recruté pour plonger dans l'océan Pacifique, pour sauver une équipe de scientifiques coincée dans l'épave d'un submersible attaqué et endommagé par un requin préhistorique de vingt mètres de long, connu sous le nom de Mégalodon. Engagé par un océanographe chinois, Taylor devra surmonter ses peurs et affronter une deuxième fois le prédateur qu'il a auparavant rencontré lors d'une expédition pour sauver des hommes et des femmes piégés dans les profondeurs de l'océan.
Pendant l'été 1974 ( le 1er juillet ), sur l'île d'Amity, un groupe d'étudiants fait la fête sur la plage. Une jeune femme s'éloigne du groupe pour un bain de minuit alors que son flirt s'endort sur la plage, ivre. Après quelques brasses, la jeune femme est attaquée par une force mystérieuse, elle tente de résister mais est happée et disparaît dans l'eau en poussant des cris de terreur. Quelques secondes après, la mer retrouve son calme nocturne. Personne ne sait ce qui vient de se dérouler.
Quatre ans après les attaques du grand requin blanc (Carcharodon carcharias) à Amity Island, deux plongeurs photographiant l'épave de l'« Orca » sont attaqués et dévorés par un autre grand squale. Le cauchemar recommence...
Sur une ancienne base de ravitaillement de sous-marins perdue au milieu de l'océan, une équipe de biologistes se livre à des manipulations génétiques sur le cerveau des requins dans le but de trouver un remède contre la maladie d’Alzheimer. L'expérience tourne mal : les requins sont différents, leurs capacités ont évolué, ils deviennent alors très agressifs et attaquent la plate-forme qui est fragilisée dans le même temps par une tempête.
En Afrique de l'Est, des chercheurs travaillant pour la société de satellites TraviCom sont attaqués par de mystérieux agresseurs après avoir découverts des diamants dans les ruines d'une cité perdue. Le directeur Travis envoie alors son meilleur élément, Karen Ross, pour récupérer les pierres.
Une équipe de tournage s'aventure sur le fleuve Amazone, au Brésil, pour tourner un documentaire. L´équipage embarque à bord un aventurier du nom de Paul Sarone, chasseur de l'un des plus grands serpents du monde : l'anaconda. Le nouveau passager détourne le bateau vers une région où ces animaux abondent. Ce qu'ils y découvrent n'est pas un serpent ordinaire, mais plutôt un prédateur mortellement dangereux qui semble impossible à vaincre.
Partie surfer sur une plage déserte, Nancy se retrouve coincée sur un rocher à quelques mètres du rivage. Un grand requin blanc rôde dans les parages...
Haley vit en Floride. Un violent ouragan s’abat sur sa ville natale. Ignorant l'ordre d’évacuer, Haley part à la recherche de son père, porté disparu. Elle va finalement le retrouver, grièvement blessé dans le sous-sol de leur ancienne maison familiale. Haley et son père vont vite se rendre compte qu'une inondation progressant très rapidement les menace. Haley et son père vont par ailleurs comprendre que l’inondation est loin d’être la menace la plus terrifiante : l'inondation amène des alligators.
Dans les années 1970, la société Petrox envoie Fred Wilson (Charles Grodin) à la recherche de la mystérieuse « île du Crâne » (Skull Island), qui contiendrait un gisement de pétrole important. Le professeur Jack Prescott (Jeff Bridges), persuadé que l'île renferme un monstre préhistorique, s'infiltre à bord du navire mais est rapidement démasqué. Wilson décide néanmoins de le garder comme photographe de l’expédition. Durant le voyage, l'équipage sauve une naufragée, Dwan (Jessica Lange), qui tombe bientôt amoureuse de Jack.
Les années ont passé pour Michael et Sean Brody, les deux fils de Martin Brody, chef de la police d'Amity. Ils se sont installés en Floride. Michael travaille comme ingénieur pour un parc aquatique dirigé par Calvin Bouchard : le SeaWorld. Quelque temps avant l'ouverture, à l'issue d'une répétition d'un numéro de ski nautique en vue de l'inauguration du parc, les portes qui ferment l'entrée du lagon se bloquent. Le plongeur qui était chargé de les réparer disparaît mystérieusement. Mike et son amie Kathryn partent en sous-marin dans le lagon à sa recherche. Mais ils sont attaqués par un jeune requin blanc.
Un groupe de scientifiques a trouvé une fleur dont les caractéristiques ressemblent fortement à la fontaine de Jouvence. Le groupe part alors pour Bornéo, dans un voyage périlleux pour trouver les précieuses fleurs. Ce qu'ils ne savent pas, c'est qu'ils vont rencontrer des serpents, que même leur imagination n'aurait pu imaginer. Une lutte pour la découverte de l'orchidée de sang se met en branle, ils vont mettre leur vie en jeu pour des millions de dollars, mais les valent-ils vraiment ?
Des étudiants se rendent dans la morgue d'un hôpital pour subtiliser un cadavre pour leur cours de science. Problème : il ne s'agit pas d'un cadavre ordinaire, mais d'un mort-vivant cannibale, fruit d'un programme militaire ultra-secret. Bud, le CHUD, s'enfuit : tous ceux qu'il attaque se transforment à leur tour.
Deux sœurs en vacances au Mexique sont prises au piège dans une cage d’observation de requins, au fond de l’océan. Elles n’ont que quelques heures pour remonter à la surface.
À Hawaï, le jeune Sean Jones a assisté au meurtre d'un homme, assassiné par le gangster Edward Kim. Poursuivi par les hommes de Kim, Sean est placé sous la protection de l'agent Neville Flynn du FBI. Il doit retourner sur le continent américain pour témoigner contre Kim, et ils prennent l'avion en première classe. Mais Kim, voulant se débarrasser de Jones, fait embarquer dans la soute à bagages une caisse remplie de serpents venimeux dont la rage sera stimulée par les phéromones contenues dans les colliers de fleurs hawaiiens distribués aux passagers. Après l'ouverture programmée de la caisse en plein vol, les serpents vont semer la mort et la terreur dans l'avion survolant l'océan…