Dans une petite ville de la côte ouest des États-Unis, un bébé et un marin disparaissent. Quelques heures plus tard, leurs cadavres sont retrouvés atrocement mutilés sur la plage. Un shérif, aidé d'une journaliste et d'un océanographe, va essayer de trouver la cause de ce massacre. Ils vont découvrir l'existence d'une créature géante sortie du fond de l'océan.
L'agent immobilier Marilyn Fryser cherche à vendre un terrain marécageux et organise une expédition à travers la jungle avec des acheteurs potentiels. Les deux conducteurs des bulldozers envoyés pour déblayer le terrain tombent sur des barils de déchets toxiques, auxquels des fourmis alentours viennent goûter. Ces dernières se retrouvent rapidement aussi grosses que des félins sauvages et attaquent l'équipe.
Le film se déroule en Californie, dans le village de Noyo. Une compagnie scientifique élève des saumons génétiquement modifiés. Par un coup de malchance, ces poissons se retrouvent dévorés par des cœlacanthes, qui se mettent à muter en hommes-poissons voraces qui envahissent le port du coin.
L'histoire du film se déroule en 1901. Joanna (Eleanor Parker), une jeune femme élégante et cultivée de La Nouvelle-Orléans, arrive sur une immense plantation située sur les bords du rio Negro au Brésil. Elle doit y rencontrer son nouveau mari, Christopher Leiningen (Charlton Heston), propriétaire de la plantation qu'elle a épousé par procuration.
L'équipage d'un bateau de pêche japonais, le Eikō-Maru, est frappé par un éclair de lumière qui semble jaillir de l'océan, près de l' île Odo. Un message de détresse est envoyé juste avant que le bateau ne sombre. Un bateau de sauvetage, le Bingo-Maru, est envoyé pour enquêter sur l'accident, mais rencontre le même sort. Un deuxième bateau de recherche est envoyé et trouve quelques survivants dans la zone, et comme les deux autres bateaux, fait naufrage.
1954, Nouveau-Mexique. Le shérif Peterson et son adjoint Ed Blackburn sont témoins de morts étranges et inexpliquées dans le désert. Ils ne tardent pas à découvrir qu'une colonie de fourmis géantes, issues d'une mutation génétique consécutive à des essais nucléaires de l'armée américaine neuf ans plus tôt, en 1945, menace d'envahir le pays…
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Jane Chase une étudiante américaine en zoologie au collège des sciences de Londres est engagée par le professeur Steven Phillip pour s'occuper de sa villa sur la côte.
Un navire américain découvre une chose énorme, qui est trop gros pour être un sous-marin. Il décide donc de tirer dessus, il s'agit en réalité d'un monstre qui après avoir reçu le coup de feu fait couler le navire et se dirige vers Los Angeles.
Deux frères et trois de leur amis partent en week-end sur une île déserte et s'installent dans une maison où, auparavant, habitait le père des frères. Alors que l'ambiance est à la fête, le groupe d'amis tombent sur un chiot. Sara décide alors de le garder pendant une nuit mais il finit par s'enfuir. Elle décide de sortir dehors avec John, le frère de Matt, à la recherche du chiot. Ils finissent par le retrouver, en compagnie de sa mère, qui mord Sara à la jambe avant de partir. Après l'incident, le groupe d'amis veut partir mais John réussit à les convaincre en leur disant que ce n'était qu'un accident et qu'il ne faut pas gâcher ce week-end. Le lendemain, Sara se sent bizarre et affamée. Les deux frères et Noa partent faire une balade sur l'île laissant les deux amies se baigner au bord de l'eau. Pendant ce temps là, Noa découvre que l'île est en réalité infestée de chiens menaçants. Il court à la recherche de Matt et John. Il finit par les trouver en leur disant qu'il a vu une meute de chiens au comportement agressif. Ils tombent ensuite sur une personne gravement blessée qui leur annonce "Ils ne veulent pas de nous, ici". Elle finit ensuite déchiquetée devant Noa, John et Matt qui ne peuvent rien faire pour l'aider. Le groupe tout entier finit sain et sauf dans la maison, mais Nicky a été accidentellement blessée par John alors qu'il cherchaient à s'enfuir. Sachant que leur seul moyen de transport a dérivé sur l'eau, ils devront alors trouver une solution pour sortir de cette île vivant. Les survivants arriveront jusqu'au côte pour se réfugier dans une clinique grâce à la vielle voiture du père. Ils apprennent alors que ces chiens ont subi plusieurs expériences pour les transformer en prédateurs sanguinaires, avant d'être abandonnés sur l'île.
Des mineurs sont attaqués dans un chantier près du Mont Aso. Les policiers envoyés les chercher sont retrouvés déchiquetés. On identifie les coupables : des Meganulons, des larves de libellules préhistoriques géantes. Un des mineurs est retrouvé amnésique et en état de choc ; il déclare avoir vu un œuf géant éclore dans les mines. Quelque temps plus tard des avions sont détruits par un mystérieux objet volant...
Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...