Haley vit en Floride. Un violent ouragan s’abat sur sa ville natale. Ignorant l'ordre d’évacuer, Haley part à la recherche de son père, porté disparu. Elle va finalement le retrouver, grièvement blessé dans le sous-sol de leur ancienne maison familiale. Haley et son père vont vite se rendre compte qu'une inondation progressant très rapidement les menace. Haley et son père vont par ailleurs comprendre que l’inondation est loin d’être la menace la plus terrifiante : l'inondation amène des alligators.
Un groupe de filles décide d'aller nager près de ruines sous-marines au large des côtes brésiliennes. Elles vont vite se rendre compte qu'elles ne sont pas seules sous l'eau...
Jonas Taylor est un ancien capitaine de la Marine et un plongeur spécialisé dans les eaux profondes. Il est recruté pour plonger dans l'océan Pacifique, pour sauver une équipe de scientifiques coincée dans l'épave d'un submersible attaqué et endommagé par un requin préhistorique de vingt mètres de long, connu sous le nom de Mégalodon. Engagé par un océanographe chinois, Taylor devra surmonter ses peurs et affronter une deuxième fois le prédateur qu'il a auparavant rencontré lors d'une expédition pour sauver des hommes et des femmes piégés dans les profondeurs de l'océan.
Le docteur Klaus Van Etten fait des expériences sur des requins-bouledogues sans le consentement des experts maritimes qui ne sont pas du même avis et quand ils s'échappent, évidemment c'est la panique !
En Chine, un groupe de scientifiques découvre la momie d'un empereur chinois datant de 200 avant J.C. dans une tombe se trouvant dans un labyrinthe d'une caverne truffée de pièges mortels. Mais leur découverte libère accidentellement une horde d'araignées mangeuses d'hommes. Pour atteindre la sortie, ils vont devoir lutter contre ses arachnides sanguinaires.
À l’issue de Sharknado 5: Global Swarming (2017), la tornade de requins avait dévasté la Terre et saccagé le patrimoine de l'humanité, de la Muraille de Chine aux Pyramides d'Égypte. Humanité dont il ne restait d’ailleurs plus grand monde. Fin Shepard (Ian Ziering), se retrouvait seul, errant dans un décor de fin du monde.
Deux sœurs en vacances au Mexique sont prises au piège dans une cage d’observation de requins, au fond de l’océan. Elles n’ont que quelques heures pour remonter à la surface.
Partie surfer sur une plage déserte, Nancy se retrouve coincée sur un rocher à quelques mètres du rivage. Un grand requin blanc rôde dans les parages...
L'histoire se déroule cinq ans après les événements de Sharknado 3. La tempête porteuse de requins tueurs est de retour et la cible des squales est à présent Las Vegas. Après avoir ravagé la ville, le Sharknado se déplace et frappe plusieurs états du centre des États-Unis, sans façade maritime, qui n'ont pas l'habitude des cyclones se formant au-dessus de la mer, mais plutôt des tornades continentales. En se déplaçant et frappant diverses installations (barrage Hoover, champ de pétrole, transformateur électrique, centrale nucléaire), la tornade change de nature en se chargeant de matières de plus en plus dangereuses : poussières, pierres, pétrole, feu, électricité à haute tension, et même radioactivité. Toute la famille Shepard, enfin réunie, va devoir unir ses forces pour en venir à bout.
Invité à Londres par le gouvernement britannique pour participer à une conférence de l'OTAN comme spécialiste en combat contre les requins, Fin est entraîné par Nova à explorer un temple souterrain situé sous Stonehenge. Des peintures rupestres leur apprennent que l'humanité a déjà été confrontée aux Sharknado à la préhistoire, mais les humains ont conçu un artefact (en forme d'aileron dorsal de requin) pour contrôler ces tornades. En s'en emparant, Fin et Nova déclenchent involontairement un Sharkado mondial qui frappe successivement les plus grandes villes du monde : Londres, Rio de Janeiro, Rome, Tokyo... Leur fils Gil ayant été aspiré par la tornade à Londres, Fin et sa femme April la poursuivent à travers le monde, pour tenter de sauver leur fils et empêcher la fin du monde.
Vétérinaire au zoo d'Amsterdam, Lizzy est un jour contactée par un policier, Olaf, qui sollicite son aide pour enquêter sur le massacre d'une famille d'agriculteurs. Selon elle, les victimes ont été attaquées par un lion mangeur d'hommes. Plus tard, un golfeur est retrouvé mutilé à son tour, également tué par l'animal sauvage. Alors que les morts s'accumulent et que la rumeur circule dans la ville, le chef de la police refuse de croire qu'un gigantesque lion est responsable de cette hécatombe et choisit de ne pas communiquer sur l'affaire. Malgré elle, Lizzy se retrouve à la tête d'une gigantesque battue organisée à travers la capitale néerlandaise afin de capturer ou anéantir à tout prix la bête surdimensionnée et sanguinaire. La vétérinaire contacte son ancien compagnon, un Britannique chasseur de fauves, pour mettre fin à ses agissements.
Dans un laboratoire du Maine travaillant sur la mise au point d'un sérum, des anacondas , une femelle géante et deux mâles, s'échappent en laissant les grilles du parc ouvertes permettant le passage des crocodiles du Lac Noir vers le Lac Clair, lieu de villégiature où un groupe de jeunes filles se retrouvent pour leur examen d'entrée dans un club de sororité universitaire.
Fin et April passent leurs vacances d'été en Floride. Pas de chance ! Cet État, habituellement ensoleillé, est détrempé par la pluie. Mais il y a pire : un Sharknado s'annonce. C'est toute la côte Est, d'Orlando à Washington, qui cette fois-ci sert de garde-manger aux requins volants. Fin et April vont devoir, une fois de plus, sortir le grand jeu.
Un mégalodon réapparait du fond des mers au large des côtes égyptiennes. Pour contrer cette nouvelle menace, le gouvernement américain met au point un projet top-secret : un requin mécanique gigantesque doté des mêmes caractéristiques que le mégalodon. Un couple de scientifiques pilote ce sous-marin ultra sophistiqué et affronte le mégalodon.