Après la rencontre avec le Soldat de l'Hiver et la destruction du SHIELD, Tony Stark, avec l'aide de Bruce Banner, crée Ultron, une intelligence artificielle capable d'augmenter seule ses capacités, qui est censée protéger l'humanité de toutes les menaces potentielles et contrôler l'Iron Legion. Mais le plan de Stark se retourne contre lui lorsqu'Ultron décide que les principaux ennemis sont en fait les humains et s'emploie à les éradiquer de la surface de la Terre. Les Avengers se regroupent à nouveau pour lutter contre cette menace, tandis que de nouveaux protagonistes apparaissent : les jumeaux Maximoff (Pietro et Wanda), d'abord ennemis puis alliés, et Vision, une puissante entité nouvellement créée.
Sur Cybertron, la guerre a jadis fait rage entre Decepticons et Autobots. Ces derniers sur le point de perdre détachèrent un vaisseau contenant une cargaison secrète mais l'astronef endommagé s'écrasa sur la Lune en 1961. Américains et Russes détectèrent l'impact et la course à la lune fut ainsi lancée. En 1969, la mission Apollo 11 finit par découvrir hors caméras les restes du vaisseau, ignorant l'Autobot qui y sommeille.
Sam essaie désormais de vivre une vie normale en compagnie de Mikaela, sa petite amie, dans un environnement sans robots. Mais il a un mauvais pressentiment. Les Autobots vont une nouvelle fois devoir s'allier avec l'armée américaine pour lutter contre les Decepticons, et un terrible Transformer d'une puissance infinie : « Le Fallen ».
Dans un futur proche, les États-Unis ont développé ce qui est appelé le « rêve partagé », une méthode permettant d'influencer l'inconscient d'une victime pendant qu'elle rêve, donc à partir de son subconscient. Des « extracteurs » s'immiscent alors dans ce rêve, qu'ils ont préalablement modelé et qu'ils peuvent contrôler, afin d'y voler des informations sensibles stockées dans le subconscient de la cible. C'est dans cette nouvelle technique que se sont lancés Dominic Cobb et sa femme, Mal. Ensemble, ils ont exploré les possibilités de cette technique et l'ont améliorée, leur permettant d'emboîter les rêves les uns dans les autres, accentuant la confusion et donc diminuant la méfiance de la victime. Mais l'implication du couple dans ce projet a été telle que Mal a un jour perdu le sens de la réalité ; pensant être en train de rêver, elle s'est suicidée, croyant ainsi revenir à sa vision de la réalité. Soupçonné de son meurtre, Cobb est contraint de fuir les États-Unis et d'abandonner leurs enfants à ses beaux-parents. Il se spécialise dans l'« extraction », en particulier dans le domaine de l'espionnage industriel ; mercenaire et voleur, il est embauché par des multinationales pour obtenir des informations de leurs concurrents commerciaux.
L'histoire se déroule en Afrique, dans une contrée nommée la Terre des Lions, où les lions dirigent le monde animal du haut du Rocher de la Fierté. Le roi Mufasa et la reine Sarabi, aidés du mandrill Rafiki, chaman et conseiller du royaume, présentent leur nouveau-né Simba aux animaux. Mufasa montre à Simba la Terre des Lions et lui présente les responsabilités qu'engagent la royauté et "l'histoire de la vie", qui connecte tous les êtres vivants. Scar, le frère de Mufasa, convoite le trône et prévoit d'éliminer Mufasa ainsi que Simba afin de devenir roi. Il piège Simba et sa meilleure amie Nala en les guidant vers un cimetière des éléphants, où ils sont attaqués par trois hyènes tachetées, Shenzi, Banzai et Ed, qui sont de mèche avec Scar. Zazu, un calao à bec rouge, majordome de Mufasa, alerte ce dernier qui part sauver les lionceaux. Même s'il est énervé contre Simba pour lui avoir désobéi, Mufasa lui pardonne et explique à Simba que les grands rois du passé les surveillent dans le ciel étoilé, et qu'un jour il les rejoindra pour veiller sur son fils.
Après avoir intercepté un gaz toxique vendu à un groupe terroriste, l'agent Ethan Hunt (Tom Cruise) pense pouvoir démontrer l'existence du Syndicat, un groupe criminel agissant à l'échelle internationale. Capturé dans une station londonienne de la Force Mission impossible (IMF) camouflée en magasin de disque, il s'enfuit d'une pièce où il s'apprête à être torturé par Janik Vinter (Jens Hultén), grâce à l'aide d'une agente désavouée du MI6, Ilsa Faust (Rebecca Ferguson). Entre-temps, le directeur de la CIA, Alan Hunley (Alec Baldwin), et l'agent William Brandt (Jeremy Renner) paraissent devant une commission du gouvernement américain. Hunley obtient que l'IMF soit démantelée et ses agents intégrés au sein de la CIA. Ethan Hunt refuse la décision et continue sa traque du Syndicat en cherchant activement un homme blond portant des lunettes, plus tard identifié comme Solomon Lane (Sean Harris).
Les douze dernières heures de la vie de Jésus de Nazareth, la Passion : Jésus prie au mont des Oliviers et résistant à la tentation de Satan. Capturé par les autorités juives, Jésus est ensuite flagellé après sa dénonciation par Judas auprès du Grand Prêtre Caïphe et de sa cour. On voit ensuite son jugement par le préfet romain Ponce Pilate et son passage devant Hérode aboutissant à sa condamnation à mort. Le film est entrecoupé de flash back sur les moments principaux de la vie publique du Christ, comme le Sermon des Béatitudes. Le film s'achève par la montée de Jésus au Calvaire, sa crucifixion avec Marie et Marie-Madeleine pour témoins, puis sa résurrection.
Dans le film précédent, Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l'hippopotame, assuraient des représentations très populaires au zoo de Central Park, vivant comme des vedettes hollywoodiennes. Attiré par la vie sauvage, Marty le zèbre tenta de s'échapper, ce qui conduisit les autorités à vouloir rendre ces animaux à la vie sauvage, au Kenya. Mais ils échouèrent sur l'île de Madagascar, faisant ainsi la connaissance de la faune indigène composée des sympathiques lémuriens et de leurs féroces prédateurs: les fossas.
James Bond vient d'obtenir le statut d'agent 00 au sein du MI6. Après une mission qui se solde par la destruction d'une ambassade à Madagascar, Bond est envoyé en vacances. Il poursuit cependant sa mission à Nassau. Il rencontre des agents terroristes qui travaillent pour un certain Le Chiffre. Bond va alors traquer celui-ci jusqu'au Monténégro et y mènera sa première mission, qu'il réussira au prix d'importants sacrifices.
Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l'hippopotame vivent au Zoo de Central Park, où ils assurent en journée la vedette auprès des visiteurs. Mais Marty, contrairement aux trois autres, rêve de la vie sauvage. Quand Marty parle à quatre manchots (Commandant, Rico, Kowalski et Soldat) qui veulent également s'enfuir du zoo pour la vie sauvage (L'Antarctique pour eux), Marty décide de réaliser son rêve. Plus tard, le soir, alors qu'il fête son anniversaire, Marty parle de son rêve à ses amis qui ne comprennent pas du tout ce choix, heureux de leur vie tranquille au zoo, et surtout d'accord sur le fait qu'il « ne faut mordre la main qui te nourrit ». Alex tente de convaincre Marty de changer d'avis, ce qui semble faire son effet quand Marty dit à Alex que ce rêve n'était qu'une blague.
À San Francisco, le scientifique Will Rodman (James Franco) tente de développer un remède contre la maladie d'Alzheimer dans les laboratoires de la compagnie Gen-Sys. Son propre père Charles (John Lithgow) est atteint par la maladie. Son équipe inocule un rétrovirus, l'ALZ-112, à des cobayes chimpanzés capturés en Afrique, qui voient rapidement leurs facultés cognitives augmenter. Lors de la présentation de ce produit novateur, le principal sujet des tests, une femelle chimpanzé nommée « Beaux Yeux » (en raison de ses yeux verts suite à l'administration du rétrovirus), s'évade et sème la panique. Elle est finalement abattue dans la salle de réunion, sous les yeux horrifiés du conseil. Le directeur Steven Jacobs (David Oyelowo) ordonne à Franklin (Tyler Labine), le collègue de Will, d'euthanasier les douze autres primates, pensant que le rétrovirus est la cause de son comportement. Will et Franklin découvrent toutefois que « Beaux Yeux » avait mis bas dans sa propre cage, ce qui veut dire qu'elle était enceinte lorsqu'elle a été capturée, et qu'elle cherchait simplement à protéger son petit. À l'insu de Jacobs, Will recueille le bébé dans son propre foyer.
Maximus Decimus Meridius, général romain renommé, mène une nouvelle fois les légions de l'empereur Marc Aurèle à la victoire en ce jour de bataille en pays germanique. L'empereur, sentant sa fin proche, annonce le soir même en privé à Maximus qu'il souhaite lui laisser le pouvoir à sa mort, pour qu'il puisse le transmettre au Sénat et que Rome devienne à nouveau une République.
Ses parents dévorés par un léopard (Sabor) après avoir bâti un campement dans la jungle alors qu'il n'était encore qu'un nourrisson, Tarzan est recueilli par Kala, une femelle gorille qui a perdu son bébé, lui aussi dévoré par le léopard. Tarzan grandit alors dans la jungle en compagnie de Tok, la gorille et de Tantor, l'éléphant mais souffre de la différence qui l'écarte du reste du troupeau. Un beau jour, après une bataille contre Sabor s'ensuivant par la mort du fauve, il découvre dans la jungle un groupe d’explorateurs dans lequel se trouvent Jane Porter et son père à la recherche de gorilles. Tarzan refuse de les emmener voir sa famille car un certain Clayton, le protecteur de Jane et son père, est armé. Mais lorsque Tarzan apprend que Jane quitte la jungle pour retourner en Angleterre, il accepte de les conduire jusqu'à sa famille. Malheureusement, Tarzan est considéré comme un traître par le chef du troupeau, Kerchak, qui malgré son lien matrimonial avec Kala n'a jamais aimé Tarzan et ne l'a jamais considéré comme son fils. Tarzan gagnera peu à peu sa confiance en repoussant Clayton venu pour capturer et vendre les gorilles du troupeau. Il conquerra aussi le cœur de Jane jusqu’à ce qu'elle décide de rester auprès de lui dans la jungle.
En 3067 avant Jésus-Christ, Mathayus, le roi Scorpion, tente en vain de prendre la Cité de Thèbes avec sa gigantesque armée. Les survivants errent dans le désert et meurent les uns après les autres. Alors que Mathayus sent sa fin proche, il fait un pacte avec le dieu Anubis, qui fonde instantanément l'Oasis d'Ahm Shere pour le sauver. Il reçoit alors le commandement de la terrible armée d'Anubis avec laquelle il terrasse ses ennemis. Sur le point de se rendre Maître de Thèbes, Mathayus se fait voler son âme par Anubis afin de le servir pour l'éternité.
Jason Bourne vit tranquillement maintenant. Mais le département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason est, pour le directeur des opérations spéciales, une menace et une tache à effacer au plus vite. Ordre est donné de le supprimer. La traque recommence : Moscou, Paris, Madrid, Londres, Tanger et New York.