Les douze dernières heures de la vie de Jésus de Nazareth, la Passion : Jésus prie au mont des Oliviers et résistant à la tentation de Satan. Capturé par les autorités juives, Jésus est ensuite flagellé après sa dénonciation par Judas auprès du Grand Prêtre Caïphe et de sa cour. On voit ensuite son jugement par le préfet romain Ponce Pilate et son passage devant Hérode aboutissant à sa condamnation à mort. Le film est entrecoupé de flash back sur les moments principaux de la vie publique du Christ, comme le Sermon des Béatitudes. Le film s'achève par la montée de Jésus au Calvaire, sa crucifixion avec Marie et Marie-Madeleine pour témoins, puis sa résurrection.
Jérusalem au I siècle. Judah Ben-Hur, prince de Judée, retrouve son ami d'enfance Messala venu prendre la tête de la garnison romaine de la ville. Messala est ivre de la puissance que lui a conférée l'empereur Tibère, alors que Ben-Hur ne souhaite que vivre en paix, malgré la rébellion qui menace en Judée. Devant choisir entre son amitié pour Messala et sa loyauté envers sa patrie, Ben-Hur choisit la loyauté qui le lie à son peuple, ce qui lui vaut la haine féroce de Messala. De retour chez lui, il apprend qu'Esther, la fille de son intendant, une esclave, va se marier avec un homme qu'elle connaît à peine. Ben-Hur, malgré son amour pour cette dernière, lui donne la liberté en cadeau de mariage.
Âgé de 4 ans, Colton Burpo est le fils du pasteur Todd Burpo et de son épouse Sonia. Après avoir été transporté en urgence à l'hôpital, Colton vit une expérience de mort imminente. Quelques mois plus tard, il raconte à ses parents comment il a vu le chirurgien l'opérer pendant que sa mère téléphonait et que son père priait seul dans une salle proche. Il détaille ensuite sa rencontre au paradis avec des anges puis avec Jésus ainsi qu'avec des proches, son arrière-grand-père mort trente ans avant sa naissance, et sa sœur morte en fausse couche.
Après la tragique disparition de sa fille, Mack Philipps, père de trois enfants, est rongé par la tristesse et la culpabilité, niant l'existence de Dieu. Un jour, il reçoit une mystérieuse invitation le conviant à un week-end sur les lieux du crime, une cabane abandonnée où sa fille a été retrouvée assassinée. Intrigué, il s’y rend et rencontre trois personnages. De reproches en échanges, il va découvrir qui sont vraiment Dieu, Jésus et le Saint-Esprit. Cette rencontre va non seulement lui permettre de guérir sa souffrance, mais également le réconcilier avec lui-même et avec Dieu.
Au début du I siècle, Judah Ben-Hur, un prince de Judée, vit des jours insouciants à Jérusalem en compagnie de Messala, un Romain orphelin adopté par la famille Ben-Hur. Amateurs de courses à chevaux, les deux jeunes hommes commencent à éprouver des sentiments pour le sexe opposé. Messala est attiré par Tirzah, sœur de Judah, mais la mère s'oppose aux fiançailles pour des raisons de noblesse. Sur un coup de tête, Messala quitte la maison familiale pour aller combattre dans les armées de Tibère. Après trois ans de guerre, il revient à Jérusalem en tant qu'officier romain. Entretemps, Judah a déclaré son amour à Esther, fille de l'intendant de la maison.
Au XIX siècle, à Londres, après des années de poursuite, Abraham Van Helsing parvient enfin à capturer le comte Dracula. Il s'empresse d'enfermer le corps maudit dans les soubassements de l'abbaye de Carfax. Celui-ci y reposera durant plus d'un siècle.
Le film s'ouvre sur une scène de flashforward mettant en scène le massacre des Innocents. Un an avant cet évènement, à Jérusalem, Zacharie reçoit une vision de l'archange Gabriel, qui lui annonce que sa femme Élisabeth donnera naissance à un fils malgré leur vieillesse. Dans le même temps, à Nazareth, la jeune Marie est fiancée sur décision de ses parents — Anne et Joachim — à un charpentier nommé Joseph. Peu de temps après, Marie est visitée par l'archange Gabriel, qui lui annonce qu'elle tombera enceinte du fils de Dieu et qu'elle devra le nommer Jésus. Il lui révèle par ailleurs que sa cousine Élisabeth est également enceinte. Après en avoir reçu l'autorisation de ses parents, elle s'en va rendre visite à cette dernière, qui connaît miraculeusement l'origine divine de sa grossesse. Marie assiste ensuite à la naissance de Jean-Baptiste, puis revient à Nazareth enceinte, à la grande stupéfaction de Joseph et de ses parents, qui craignent que celui-ci l'accuse de fornication, un péché punissable de lapidation selon la Loi mosaïque. Au début, Joseph ne croit pas Marie mais décide toutefois de ne pas l'accuser. Dans la nuit, il reçoit à son tour la visite de l'archange Gabriel, qui lui parle du plan de Dieu pour le fils de Marie, conçu par le Saint-Esprit. Joseph croit alors Marie et lui demande pardon d'avoir douter d'elle.
L'histoire se déroule à Jérusalem lors des quarante jours qui succèdent à la résurrection du Christ, puis en Galilée. Clavius, un puissant tribun militaire romain et son aide de camp Lucius sont mandatés par Ponce Pilate pour superviser la crucifixion d'un juif nommé Jésus de Nazareth. Après la mort du condamné et sous la pression du Sanhédrin, Pilate ordonne de faire sceller et garder le tombeau mais le lendemain, les deux sentinelles ont disparu et le tombeau est vide. Pilate charge Clavius d'enquêter sur la disparition du corps du Nazaréen. Pourchassant les disciples du Christ soupçonnés d'avoir enlevé le corps, Clavius se convertit lorsqu'il les retrouve dans une petite maison de Jérusalem autour de Jésus ressuscité. Il finit par les rejoindre en Galilée. Pilate se sentant trahi envoie Lucius le tuer mais ce dernier le laisse partir avec les disciples.
Pour avoir défié l'empereur Caligula sur un marché aux esclaves, Marcellus, jeune tribun romain, est exilé à Jérusalem. Contre son gré, il dirige la crucifixion de Jésus tout en ignorant l'identité de ce dernier. Il recueille sa tunique. Marqué par cette relique, il se convertit à la foi chrétienne tout comme son esclave Demetrius, avec les risques que cela comporte.
Comme tous les hommes, Jésus vit dans le péché et dans la peur. Il veut vivre la vie d'un homme normal et désire Marie Madeleine. Mais Dieu l'a choisi pour être le Messie, pour être le Sauveur de l'humanité. Après avoir découvert sa vraie nature lors d'un voyage dans le désert, il commence à prêcher la bonne parole et à accomplir des miracles. Il compte de plus en plus de disciples, dont le premier d'entre eux, Judas, et s'oppose aux prêtres juifs.
L'Âge de Pierre
Dans la première partie, Mel Brooks narre les premiers temps de l'humanité, avec par exemple, la naissance de l'art et « une autre, inévitable, celle du critique » (à ce moment, un barbu un peu snob s'avance vers la peinture murale et finit par uriner dessus).
Demetrius, l'esclave grec affranchi qui servait le martyre Marcellus, est chargé de conserver la tunique du Christ, remise par l'apôtre Pierre. Mais l'empereur Caligula s'empare de la relique et Demetrius est condamné à l'arène: les jeux des gladiateurs, la troublante Messaline, l’épouse de Claude, l’oncle de ce dernier, mettront à rude épreuve la mission de Demetrius, pour le perdre ou le sauver du destin cruel des combats singuliers.
Emporté par la tourmente de la poussière du désert du Neguev, un vieil autocar transporte vers les lieux saints une troupe de jeunes comédiens. Enfin, ils s'arrêtent afin de se maquiller et de se costumer, troquent leurs jeans pour des costumes bibliques et se préparent à retracer ensemble la vie du Christ. Cette évocation, en vingt-huit tableaux chantés et dansés retracera l'intégralité des sept derniers jours de la vie du Christ jusqu'à sa crucifixion. Enfin, les jeunes gens repartiront laissant le désert face à l'écrasante histoire de cet homme qui, un jour, changea la vie de toute une planète.