Dory, un poisson chirurgien bleu, est séparée de ses parents alors qu'elle n'est encore qu'une enfant. En grandissant, Dory les cherche en vain, puis les oublie à cause de ses troubles de la mémoire immédiate. Dans un flashback du Monde de Nemo, elle rencontre accidentellement Marin, un poisson-clown qui cherche son fils Nemo.
Après la mort de sa compagne Corail et du reste de la couvée à la suite de l'attaque d'un barracuda, le poisson-clown Marin doit prendre soin de son fils unique, Nemo, handicapé par une nageoire atrophiée. Lors de son premier jour d'école, Marin, inquiet, décide de le suivre à l'occasion d'une sortie scolaire. Afin de prouver sa valeur à ses copains, Nemo décide de nager jusqu'à la surface pour toucher un mystérieux bateau. C'est alors qu'il se fait enlever par un plongeur.
Jonas Taylor est un ancien capitaine de la Marine et un plongeur spécialisé dans les eaux profondes. Il est recruté pour plonger dans l'océan Pacifique, pour sauver une équipe de scientifiques coincée dans l'épave d'un submersible attaqué et endommagé par un requin préhistorique de vingt mètres de long, connu sous le nom de Mégalodon. Engagé par un océanographe chinois, Taylor devra surmonter ses peurs et affronter une deuxième fois le prédateur qu'il a auparavant rencontré lors d'une expédition pour sauver des hommes et des femmes piégés dans les profondeurs de l'océan.
Pendant l'été 1974 ( le 1er juillet ), sur l'île d'Amity, un groupe d'étudiants fait la fête sur la plage. Une jeune femme s'éloigne du groupe pour un bain de minuit alors que son flirt s'endort sur la plage, ivre. Après quelques brasses, la jeune femme est attaquée par une force mystérieuse, elle tente de résister mais est happée et disparaît dans l'eau en poussant des cris de terreur. Quelques secondes après, la mer retrouve son calme nocturne. Personne ne sait ce qui vient de se dérouler.
Oscar, modeste employé au LavO'Baleine, rêve de gloire. Pour frayer avec le gratin, il profite d'un malentendu : étant témoin de la mort d'un requin blessé mortellement par une ancre, il se fait passer pour un valeureux tueur de squales grâce à l'amitié d'un requin végétarien : Lenny.
Quatre malfrats (trois hommes, une femme) font une attaque à main armée et dérobent des diamants. Tandis que le chef du groupe est arrêté, deux de ses complices tentent de s'emparer des diamants volés.
Quatre ans après les attaques du grand requin blanc (Carcharodon carcharias) à Amity Island, deux plongeurs photographiant l'épave de l'« Orca » sont attaqués et dévorés par un autre grand squale. Le cauchemar recommence...
Sur une ancienne base de ravitaillement de sous-marins perdue au milieu de l'océan, une équipe de biologistes se livre à des manipulations génétiques sur le cerveau des requins dans le but de trouver un remède contre la maladie d’Alzheimer. L'expérience tourne mal : les requins sont différents, leurs capacités ont évolué, ils deviennent alors très agressifs et attaquent la plate-forme qui est fragilisée dans le même temps par une tempête.
Alors que l'on célèbre le mariage de son fils William, Edward Bloom raconte, pour la énième fois, mais avec talent, comment, le jour de la naissance de Will, il a attrapé un énorme poisson en utilisant comme appât sa propre alliance. Will est embarrassé et explique à son épouse, Joséphine, qu'à cause des mensonges que raconte son père sur tous les sujets, il ne peut lui faire confiance. Par la suite, les relations entre le père et le fils deviennent si tendues qu'ils ne se parlent pas durant trois ans. Mais, quand il apprend que son père est mourant, Will vient le voir en compagnie de Joséphine, enceinte. Dans l'avion qui le mène en Alabama, Will se remémore une histoire de son père où il prétendait qu'étant enfant il s'était aventuré dans un marais et avait rencontré une sorcière qui lui avait dévoilé l'instant de sa mort dans son œil de verre.
Partie surfer sur une plage déserte, Nancy se retrouve coincée sur un rocher à quelques mètres du rivage. Un grand requin blanc rôde dans les parages...
Les années ont passé pour Michael et Sean Brody, les deux fils de Martin Brody, chef de la police d'Amity. Ils se sont installés en Floride. Michael travaille comme ingénieur pour un parc aquatique dirigé par Calvin Bouchard : le SeaWorld. Quelque temps avant l'ouverture, à l'issue d'une répétition d'un numéro de ski nautique en vue de l'inauguration du parc, les portes qui ferment l'entrée du lagon se bloquent. Le plongeur qui était chargé de les réparer disparaît mystérieusement. Mike et son amie Kathryn partent en sous-marin dans le lagon à sa recherche. Mais ils sont attaqués par un jeune requin blanc.
Deux sœurs en vacances au Mexique sont prises au piège dans une cage d’observation de requins, au fond de l’océan. Elles n’ont que quelques heures pour remonter à la surface.
Susan Watkins et Daniel Kintner, écrasés par le travail, s'apprêtent à prendre un repos bien mérité dans un hôtel au bord d'une plage des Bahamas. Leur séjour démarre, prometteur, bien que la tension soit encore présente. Adeptes de la plongée sous-marine, ils s'inscrivent pour une sortie à la barrière de corail. Tôt le matin du second jour, ils embarquent en compagnie d'autres vacanciers. Chacun part de son côté en binôme et se livre aux joies de l'observation du monde aquatique pendant les 35 minutes accordées. Tous enthousiastes, les plongeurs remontent à bord les uns après les autres, comptés par un des moniteurs. Une erreur de comptage des 20 participants fait conclure que tout le monde est remonté à bord et le bateau lève l'ancre. Lorsque Susan et Daniel émergent avec à peine 5 minutes de retard, ils voient le bateau s'éloigner.
Les années ont passé depuis que deux grands requins blancs ont semé la terreur sur les plages de la station balnéaire d'Amity. Pour Ellen, la veuve de l'ancien chef de police Martin Brody, la vie suit son cours jusqu'au jour où Sean, son fils cadet, est dévoré par un squale. Bouleversée, Ellen se rend aux Bahamas où réside son fils aîné Michael. Mais peu de temps après l'arrivée de sa mère, celui-ci échappe de peu à une nouvelle attaque du monstre.
Un groupe de filles décide d'aller nager près de ruines sous-marines au large des côtes brésiliennes. Elles vont vite se rendre compte qu'elles ne sont pas seules sous l'eau...