While no cohesive plot is apparent from the vignette style of the trailer, it can be pieced together that Batman has been murdered, and his killer remains at large. Dick Grayson, long since retired from his superhero days and married to Barbara Gordon with a child, decides to resume his crime-fighting days as Robin; Remarkably, Grayson does not take up the Nightwing identity. The filmmakers said they chose this because many people outside the comic book community are unfamiliar with Nightwing and they wanted to appeal to a wider audience.
À San Francisco, après 3 ans de prison pour cambriolage, Scott Lang est hébergé par son ancien voisin de cellule Luis. Scott tente ensuite de trouver un emploi, car la désistance lui permettrait d'obtenir un droit de visite de sa fille Cassie, âgée de 7 ans, auprès de son ex-femme Maggie, qui s'est recasée avec le policier Paxton. Pendant ce temps, le Dr Henry « Hank » Pym sort de sa retraite, invité par le docteur Darren Cross, son ancien assistant qui l'a évincé de la direction de Pym Technologies, à assister à la démonstration de son nouveau projet : le Yellowjacket, un costume permettant de réduire la taille de son porteur à celle d'un insecte, comme le légendaire super-héros Ant-Man dont il s'inspire. Hope van Dyne est la seule à savoir que son père Hank a réellement été Ant-Man et ce en duo avec sa mère Janet, alias la Guêpe. Hank réalise l'urgente nécessité de protéger le secret de son costume, pour éviter le pire, en détruisant le Yellowjacket et toutes les données du projet. Pour cela, il doit faire en sorte que Scott devienne son successeur et le héros qui est en lui.
Lex Luthor est le nouveau président des États-Unis. Superman et Batman sont les deux seuls héros à s'opposer au bien-fondé d'une telle présidence. Alors qu'une météorite issue de Krypton fonce sur la Terre, un combat s'engage entre nos deux héros et les autres super-héros désormais aux ordres de Lex Luthor.
Lorsque Mr Freeze séquestre Batgirl pour lui prélever des organes afin de ramener à la vie sa défunte épouse, c'est au tour de Batman et Robin de les retrouver avant que la chirurgie ne débute.
Lors d'une expédition archéologique au Siam conduite par John Malcolm, le sorcier Shazam transforme Billy Batson en Capitaine Marvel, afin qu'il enraye la malédiction du Scorpion frappant tour à tour les membres de cette expédition...
La Ligue de justice d'Amérique est contrainte de faire appel aux services spécifiques de John Constantine et de ses camarades spécialistes de l'occultisme pour contrer une importante menace d'invasion.
Damian Wayne s'est imposé comme Robin, mais il continue à se heurter avec son père Batman sur la règle de ne pas tuer les criminels. Quand il devient la cible de recrutement d'une société secrète appelée la Cour des hiboux, le duo doit faire face à sa plus grande opposition : l'autre.
Batman, Batgirl et Robin forment une alliance avec les Tortues Ninja pour affronter Shredder qui s'est apparemment joint à Ra's al Ghul et sa Ligue des Assassins, afin de pouvoir prendre le contrôle de la ville.
Lex Luthor vaincu, un nouveau défi attend nos deux héros. Batman trouve une jeune Kryptonienne qui s'écrase à bord de son vaisseau dans la baie de Gotham City. Superman et lui l'aideront à trouver sa place sur sa nouvelle planète d'adoption : la Terre. Mais c'est sans compter sur les efforts redoutables de Darkseid pour s'approprier ce jeune talent.
À Gotham City, un couple fortuné, Tucker et Esther Cobblepot (Paul Reubens et Diane Salinger), abandonne son enfant à la naissance en le jetant dans les égouts à cause de sa difformité. Il est recueilli et élevé par les manchots du zoo. Trente-trois ans plus tard, Oswald Cobblepot (Danny DeVito) a grandi dans les égouts et refait surface comme un criminel nommé Le Pingouin. Il kidnappe un industriel millionnaire, Max Shreck (Christopher Walken). À cause des preuves rassemblées par le Pingouin des activités criminelles des affaires de Shreck, ce dernier lui propose de le sortir des égouts et de le faire entrer dans l'élite de Gotham. Le Pingouin élabore un plan pour faire son entrée dans le monde public en se faisant passer pour un héros. Il fait kidnapper le fils du maire pour ensuite le délivrer lui-même. Malgré la popularité du Pingouin, le millionnaire Bruce Wayne, alias Batman (Michael Keaton), reste sceptique sur ce dernier. Il enquête sur le passé du Pingouin et établit un lien avec un gang de criminels, le Gang du Cirque du Triangle Rouge. Le gang a récemment fait des ravages sur Gotham, entrainant la disparition de plusieurs enfants. Il décide de défendre Gotham contre eux.
Tony Stark se remémore le nouvel an 2000 à Berne. Il y évite avec arrogance le scientifique Aldrich Killian pour passer la nuit avec la chercheuse Maya Hansen. Killian aurait voulu qu'il travaille avec lui pour développer son entreprise, Advanced Idea Mechanics (AIM). Hansen lui révèle le projet sur lequel elle travaille, Extremis, un gène d’auto-régénération. Cependant, le gène est instable et la plante soumise à Extremis explose.
Hal Jordan intègre le Green Lantern Corps et est placé sous la responsabilité de l'officier supérieur Sinestro. Hal Jordan va découvrir que son mentor fait partie d'une conspiration visant à démanteler le Green Lantern Corps.
Clark Kent, élevé dans une ferme du Kansas, s'interroge sans cesse sur sa différence. Il apprend qu'il est né sur Krypton, un monde lointain aujourd'hui disparu dont les ultimes représentants tentent de conquérir la Terre au mépris de la civilisation humaine. Clark va devoir prendre de difficiles décisions pour devenir le symbole d'espoir pour toute l'humanité…
Dans un univers alternatif non spécifié, la Ligue de justice est une force brutale qui maintient l'ordre sur Terre. Les membres de cette ligue sont Batman (Dr Kirk Langstrom), Wonder Woman (Bekka) et Superman (Hernan Guerra, fils du général Zod). Le manque de responsabilité de la Ligue de justice est contesté par les gouvernements du monde suite à la mort suspecte de trois scientifiques de renom: Victor Fries, qui a été vidé de son sang dans l'Arctique; Ray Palmer, qui a été coupé en deux avec une arme tranchante; et Silas Stone, qui a été brûlé vif par l'énergie de la vision thermique avec son jeune fils Victor Stone. Quand la suspicion tombe sur la Ligue de justice, la présidente Amanda Waller demande qu'ils coopèrent avec l'enquête du gouvernement. Wonder Woman parle à Steve Trevor pour apprendre ce que le gouvernement sait pendant que Superman invite Lois Lane au Quartier Général de la Ligue de justice, où il lui parle de ses objectifs pour aider l'humanité et lui révèle à quel point il connaît peu Krypton ou son héritage.