Avec la mort de Superman, Amanda Waller, qui dirige le programme ARGUS, craint l'apparition du prochain méta-humain qui pourrait attaquer l'humanité. Pour prévenir cette possibilité, elle fait adopter le projet Task Force X (Force Spéciale X), visant à utiliser une équipe de criminels aux capacités hors normes pour répondre aux menaces, mais de façon non officielle. Elle a déjà plusieurs noms sur sa liste, comme le tireur d'élite Floyd Lawton / « Deadshot », capturé par Batman en lui rappelant la vie qu'il fait mener à sa fille Zoe, la psychopathe Harley Quinn, ancienne psychiatre de l'asile d'Arkham tombée sous le charme du Joker, arrêtée par Batman alors qu'elle était coincée dans une voiture qui coulait dans une rivière, le tueur monstrueux Waylon Jones, surnommé « Killer Croc », Digger Harkness, un voleur australien capturé par Flash alors qu'il dérobait des diamants et El Diablo, un gangster mexicain doué de pyrotechnie qui s'est rendu lui-même après avoir involontairement brûlé sa femme et ses enfants. Amanda Waller a déjà recruté le Colonel Rick Flag, soldat émérite. Lorsqu'elle présente le projet au Général Edwards, elle lui montre aussi les pouvoirs de l'Enchanteresse, un être mystique qui habite dans le corps de l'archéologue June Moon. Amanda Waller arrive à la contrôler car elle détient le cœur de la sorcière, et elle s'est arrangée pour faire en sorte que Rick Flag et June Moon deviennent amants afin de manipuler le soldat.
Barbara Gordon traque les criminels de Gotham City dans le costume de Batgirl. Une nuit, elle tente d'arrêter des braqueurs seule mais échoue ; Batman intervient et capture l'un des voleurs en fuite. Les deux justiciers identifient l'organisateur : Paris Franz, neveu du parrain du crime Lord Francesco, qu'il souhaite évincer pour prendre sa place, et qui commence à être obsédée par Batgirl. Batman demande à sa protégée de le laisser faire mais elle refuse. Quand Franz piège Batgirl en la menant vers le cadavre de Francesco, Batman lui interdit de s'impliquer dans l'affaire. Furieuse, Batgirl commence à frapper Batman et le plaque au sol avant de l'embrasser, puis ils couchent ensemble. La nuit sème la confusion dans la relation entre Batman et Batgirl. Franz se manifeste à nouveau, piégeant Batman, et Batgirl intervient mais manque de le tuer. Barbara se rend compte que Batman avait raison et abandonne son costume.
Batman doit faire face au plus grand défi de sa vie : les vacances ! Le chevalier noir accepte à contre-coeur de laisser Batgirl et Nightwing l'emmener pour un repos longtemps repoussé loin de la lutte contre le crime, laissant Gotham City sous la protection de Superman et de la Ligue des Justiciers. Rien ne se déroule comme prévu lorsque les vacances de Batman sont écourtées par des dangers provenant de son passé et des envahisseurs du centre de la Terre. Superman et les autres membres de la Ligue des Justiciers réalisent très vite la quantité de travail qu'a Batman dans sa lutte quotidienne contre le crime à Gotham.
La ville de Gotham est attaquée par la « Guerillanimale », des super-vilains « animaux » comme le Pingouin, Silverback, Cheetah, Killer Croc et Man-Bat. Batman s'unit à d'autres héros pour les stopper.
Le crime se fait rare depuis que la récente Ligue des Justiciers veille sur Metropolis. Cela rend le génie du crime Lex Luthor très en colère. Avec Black Manta, Sinestro et une bande de recrues sans pitié, Lex crée sa propre ligue et l'appelle la « Légion Maudite ».
Après la rencontre avec le Soldat de l'Hiver et la destruction du SHIELD, Tony Stark, avec l'aide de Bruce Banner, crée Ultron, une intelligence artificielle capable d'augmenter seule ses capacités, qui est censée protéger l'humanité de toutes les menaces potentielles et contrôler l'Iron Legion. Mais le plan de Stark se retourne contre lui lorsqu'Ultron décide que les principaux ennemis sont en fait les humains et s'emploie à les éradiquer de la surface de la Terre. Les Avengers se regroupent à nouveau pour lutter contre cette menace, tandis que de nouveaux protagonistes apparaissent : les jumeaux Maximoff (Pietro et Wanda), d'abord ennemis puis alliés, et Vision, une puissante entité nouvellement créée.
À San Francisco, après 3 ans de prison pour cambriolage, Scott Lang est hébergé par son ancien voisin de cellule Luis. Scott tente ensuite de trouver un emploi, car la désistance lui permettrait d'obtenir un droit de visite de sa fille Cassie, âgée de 7 ans, auprès de son ex-femme Maggie, qui s'est recasée avec le policier Paxton. Pendant ce temps, le Dr Henry « Hank » Pym sort de sa retraite, invité par le docteur Darren Cross, son ancien assistant qui l'a évincé de la direction de Pym Technologies, à assister à la démonstration de son nouveau projet : le Yellowjacket, un costume permettant de réduire la taille de son porteur à celle d'un insecte, comme le légendaire super-héros Ant-Man dont il s'inspire. Hope van Dyne est la seule à savoir que son père Hank a réellement été Ant-Man et ce en duo avec sa mère Janet, alias la Guêpe. Hank réalise l'urgente nécessité de protéger le secret de son costume, pour éviter le pire, en détruisant le Yellowjacket et toutes les données du projet. Pour cela, il doit faire en sorte que Scott devienne son successeur et le héros qui est en lui.
Quatre jeunes scientifiques se téléportent dans un univers parallèle dangereux qui fait subir à leurs corps des transformations irréversibles. Leurs vies étant transformées à jamais, ils doivent apprendre à maîtriser leurs nouvelles capacités et à travailler ensemble afin de sauver la Terre d'un ancien ami devenu ennemi.
Dans l'océan Atlantique, le sous-marin USS California capte les menaces humaines qui s'approchent du sous-marin par le sonar. Le sous-marin est attaqué et tout l'équipage est tué par les ennemis. Au S.T.A.R. Labs Le quartier général de la Ligue de Justice, Cyborg, qui a récemment reçu des améliorations environnementales dans une opération qui a remplacé son poumon restant, reçoit des nouvelles du colonel Steve Trevor, le lien pour la Ligue de Justice depuis l'invasion de Darkseid.
Damian Wayne s'est imposé comme Robin, mais il continue à se heurter avec son père Batman sur la règle de ne pas tuer les criminels. Quand il devient la cible de recrutement d'une société secrète appelée la Cour des hiboux, le duo doit faire face à sa plus grande opposition : l'autre.
Dans un univers alternatif non spécifié, la Ligue de justice est une force brutale qui maintient l'ordre sur Terre. Les membres de cette ligue sont Batman (Dr Kirk Langstrom), Wonder Woman (Bekka) et Superman (Hernan Guerra, fils du général Zod). Le manque de responsabilité de la Ligue de justice est contesté par les gouvernements du monde suite à la mort suspecte de trois scientifiques de renom: Victor Fries, qui a été vidé de son sang dans l'Arctique; Ray Palmer, qui a été coupé en deux avec une arme tranchante; et Silas Stone, qui a été brûlé vif par l'énergie de la vision thermique avec son jeune fils Victor Stone. Quand la suspicion tombe sur la Ligue de justice, la présidente Amanda Waller demande qu'ils coopèrent avec l'enquête du gouvernement. Wonder Woman parle à Steve Trevor pour apprendre ce que le gouvernement sait pendant que Superman invite Lois Lane au Quartier Général de la Ligue de justice, où il lui parle de ses objectifs pour aider l'humanité et lui révèle à quel point il connaît peu Krypton ou son héritage.
C'est Halloween à Gotham City. Pour fêter ça, les plus grands méchants de la ville ont tous uni leurs forces pour mettre en place une série de crimes. Batman se lance dans l'action pour les arrêter, rejoint par Green Arrow, Cyborg, Nightwing et Red Robin. Mais il semble que les méchants travaillent pour le pire d'entre eux, le Joker, qui a une surprise : un virus informatique qui fait rire tous les logiciels et qui les force à lui obéir. Est-ce que les héros peuvent arrêter le virus avant qu'il ne transforme tout Gotham en Jokerville ? Batman va-t-il trouver un moyen de battre le Joker maintenant que ses fidèles gadgets et véhicules ont succombé au virus ?
Dans un flashback, Richard Parker, scientifique chez Oscorp Industries, enregistre un message vidéo pour expliquer sa disparition. Plus tard, le scientifique et sa femme Mary, sont à bord d'un avion privé détourné par un assassin envoyé pour les tuer lui et son épouse. Alors que Mary se réfugie dans les toilettes, Richard de son côté se bat contre l'assassin, mais la lutte qui s'ensuit provoque le crash de l'avion, les tuant tous, après le téléchargement de la vidéo.
Sur Terre, en 1988, le jeune Peter Jason Quill rend visite à sa mère à l'hôpital. Cette dernière est atteinte d'un cancer en phase terminale. Elle donne un cadeau à Peter puis meurt. Peter s'enfuit en pleurs, avant d'être aspiré par un vaisseau spatial.
En 2023, les mutants, les humains susceptibles d'engendrer des mutants, et des humains prêts à les défendre, ont été presque exterminés au cours d'une guerre contre les Sentinelles, des robots conçus pour trouver et éliminer les mutants. Dans un ultime effort pour changer le cours tragique des événements, le professeur Charles Xavier et Magnéto renvoient l'esprit de Wolverine dans son propre corps, en 1973, grâce aux talents de Kitty Pride. Ainsi conscient de l'avenir qui se prépare, il doit y retrouver les jeunes mutants écorchés qu’ils ont été.