D'après la pièce de Shakespeare, Le Songe d'une nuit d'été, ce film de marionnettes destiné aux adultes met en scène les trois univers de cette histoire complexe : l'Athènes patricienne, le milieu populaire et le monde magique des elfes et des nymphes.
La Vallée des fées a décidé de passer tout un été dans l'autre monde, pas loin d'une maison d'humains. Quand Clochette décide de s'y aventurer, elle se fait capturer par une humaine du nom d'Elizabeth -dite Lizzy- dans une maison de fées créée par Lizzy elle-même. Lizzy étant une passionnée des fées, elle demande à Clochette de rester avec elle. Décidée à partir, Clochette se retourne au dernier moment et s'apercevant que Lizzy se sent bien seule, elle décide de rester. Le père de Lizzy étant scientifique, il ne s'amuse que très rarement avec sa fille et ne supporte pas l'attention que Lizzy porte aux fées, qu'il juge imaginaires. Pendant tout le temps d'une tempête, Clochette raconte l'existence et le travail des fées tout au long de l'année à Lizzy. Pendant ce temps, Vidia, la fée voltigeuse, est retournée au campement des fées pour avertir ses amis que Clochette a été enlevée. Mais arrivées là-bas elles découvrent que Clochette a appris à Lizzy à voler et qu'elle s'est montrée au père de Lizzy qui décide de la capturer pour la montrer au musée de Londres. Vidia la sauvera juste à temps mais c'est elle qui se fera enfermer à la place de Clochette. Rosélia, Noa, Ondine, Clark, Gubble, Clochette et Iridessa vont se lier avec Lizzy pour rattraper son père déjà parti et libérer Vidia.
Wendy Darling vit avec ses parents et ses deux frères, John et Michael, à Londres. Peter Pan vient régulièrement écouter les histoires qu'elle narre à ses frères, sans qu'elle le sache. Une nuit, elle se réveille et l'aperçoit, croyant avoir rêvé.
Dans la Vallée des fées (Pixie Hollow en VO) que dirige la reine Clarion, naît la Fée Clochette. Désignée par la magie des lieux comme une fée « bricoleuse », elle souhaite aller dans l'autre monde, celui des humains. Mais la règle de la vallée n'autorise à s'y rendre que les fées de la nature : les fées des eaux, des jardins, des animaux, de la lumière et voltigeuses. À l'image de ses amies Rosélia (Rosetta en VO), fée des jardins, Iridessa, fée de la lumière, Ondine (Silvermist en VO), fée de l'eau et Noa (Fawn en VO), fée des animaux, Clochette tente de devenir une fée de la nature mais crée beaucoup trop de problèmes et saccage la préparation du printemps. Mais elle se rappelle qu'elle est bricoleuse et fabrique des machines qui permettent de travailler plus vite et de tout réparer. Elle va alors aider ses amies et sauver la préparation du printemps. Grâce à cette aide précieuse sans laquelle le printemps dans l'autre monde aurait été retardé, la Reine Clarion donne l'autorisation exceptionnelle à Clochette de se rendre dans l'autre monde pour le printemps.
Le temps a passé et Peter Pan a vieilli. Il a épousé Moira, petite-fille de Wendy, avec qui il a eu deux enfants, et est devenu Peter Banning, un avocat d'affaires obsédé par son travail. Il n'a plus le moindre souvenir du Pays Imaginaire ni de son enfance, il est devenu un homme rationnel, pour qui l'histoire de Peter Pan n'est qu'un conte pour enfants. Mais le capitaine Crochet, supposé mort quand Peter quitta le Pays Imaginaire, réapparaît et fait enlever ses enfants. La fée Clochette vient chercher Peter pour l’emmener au Pays imaginaire où il se retrouve nez à nez avec Crochet lui-même.
Alors que le duc de Thésée s'apprête a épouser la belle Hippolyte, il reçoit la visite d'Egée qui se plaint amèrement que sa fille, Hermia, refuse l'époux qu'il lui destinait, Demetrius, et prétend épouser Lysandre dont elle est amoureuse. Thésée ordonne à la jeune fille d'obéir a son père et lui accorde un délai de grâce. Hermia en profite pour s'enfuir avec Lysandre dans un bois ou ils s'endorment chastement. Ils vont bientôt être rejoint par Helena qui elle est amoureuse de Demetrius qui, lui, cherche sa future ainsi que d'Oberon et Titania, le roi et la reine des fées.
Ce film aborde le thème du folklore païen, de la possession, du paganisme, de l'animisme, des hallucinogènes, de la parapsychologie et des fées. Il s'inspire de l'affaire des fées de Cottingley.
Pendant l'automne, la fée Clochette se voit confier le soin de créer un trésor capable de régénérer le Lutin de l'Arbre à poussière. Mais quand son ami Terence lui offre son aide, son tempérament et son obstination ont raison d'elle, au point de démolir sa création et son amitié pour lui. Pour réparer cela, elle entame un périple vers le nord du Pays Imaginaire, où elle découvrira un trésor bien plus important encore.
Dans la Vallée des fées, Zarina, l'une des fées chargées de veiller sur la poussière de fée, crée une catastrophe en essayant de découvrir les véritables pouvoirs de la poussière. Elle décide de tout abandonner, d'emmener avec elle un peu du précieux trésor et de se lier avec la bande de pirates qui sillonne les mers environnantes. Alors que Clochette et ses amis tentent de l'arrêter, elle leur lance différentes poussières de couleur qui échangent leurs talents (chaque couleur de poussière représentent un talent). Elles feront tout pour la ramener à la raison mais la situation s'annonce plus critique que prévu car les pirates envisagent d'utiliser la poussière de fée afin de faire voler le bateau pour sortir du Pays imaginaire et conquérir le monde !
Géninoir, un singe malveillant, tente de s'emparer de la baguette de la bonne fée qui veille sur le village des animaux. Pour y arriver, il intègre la fête foraine qui arrive dans le village et se fait passer pour un vendeur de sucreries. Pendant un soir de fête, Géninoir arrive à corrompre Chocolat — jeune chien musicien qui connaît la mélodie pour faire apparaître la baguette — avec quelques bonbons. Ayant enfin la baguette, Géninoir fait régner la terreur… C'est alors qu'intervient Saturnin, poète-canard, afin de sauver sa belle Barbara pétrifiée par le choc !
Un magicien raté vole les pouvoirs d'une fée. Sammy et Scooby-Doo, informés par Mr Gibbles, doivent réagir au plus vite pour éviter que tout le monde soit transformé en monstre d'Halloween. Sammy et Scooby-Doo prennent au plus vite le train de la mort afin de récupérer le sceptre Goblin avant les 12 coups de Minuit…
Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidorah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
Un an après la défaite de Godzilla face à Kiryu, le Japon répare Kiryu et s'apprête à reconstruire la ville détruite. Le grand-père d'un des hommes de maintenance du robot est visité par les shojibin, les petites fées qui parlent au nom de Mothra, de vieilles connaissances puisqu'il les a rencontrées il y a 43 ans. Elles rappellent que Kiryu est bâti sur le squelette du Godzilla original et que ses os devraient reposer en paix. Si les autorités s'entêtent à utiliser le robot, Mothra ne viendra pas les aider si Godzilla refait surface et pourrait même devenir ennemie de l'humanité.