Le film se déroule dans un Moyen Âge « modernisé ». Il nous raconte l'histoire d'une jeune fille, Ella. Elle reçoit à la naissance un « don » d’obéissance. Ella doit obéir à tous les ordres directs qu'elle reçoit, et ce même si cela va à l'encontre de sa volonté. Ce « don » ne lui apporte que des problèmes, surtout lorsque sa demi-sœur le découvre et cherche à en tirer profit. Ella décide alors de partir chercher de l'aide, afin qu'on la débarrasse de son fardeau. Commence alors une grande aventure au pays des contes, pleine d'humour et de magie. Et sur la route, le prince charmant sera au rendez-vous, ajoutant à cette histoire la dose d'amour indispensable à tout conte de fées.
Lorsqu'une mystérieuse comète verte fait son apparition loin dans le ciel, sa lueur verte scintillante éclaire la vallée des fées et même les endroits les plus sombres des ténèbres obscures... Le réveil d'une créature légendaire grâce à la lueur de la comète provoquera de nouvelles explorations pour Clochette et ses amies. Noa, la fée des animaux ne reculera devant rien et mènera son enquête pour percer son secret et prouver que cette créature est celle de la légende. Une bête énorme et de grands yeux verts scintillants, cette créature est impressionnante et effraie toutes les fées de l'île, mais Noa, en bonne fée des animaux, trouvera un cœur d'or malgré l'effrayante apparence que cette dernière provoque. Noa essayera, par tous les moyens de convaincre Clochette et ses amies afin de parvenir à la sauver avant qu'il ne soit trop tard et éviter une fin fatidique à cette créature légendaire.
Alors que le duc de Thésée s'apprête a épouser la belle Hippolyte, il reçoit la visite d'Egée qui se plaint amèrement que sa fille, Hermia, refuse l'époux qu'il lui destinait, Demetrius, et prétend épouser Lysandre dont elle est amoureuse. Thésée ordonne à la jeune fille d'obéir a son père et lui accorde un délai de grâce. Hermia en profite pour s'enfuir avec Lysandre dans un bois ou ils s'endorment chastement. Ils vont bientôt être rejoint par Helena qui elle est amoureuse de Demetrius qui, lui, cherche sa future ainsi que d'Oberon et Titania, le roi et la reine des fées.
Quand Biollante meurt, Mothra emporte son corps dérivant dans l'espace et le laisse tomber sur une autre planète où une cellule alien mange ses restes.
Un météore s'écrase en plein Pacifique. L'impact a mis au jour sur l'île de Infant Island un œuf gigantesque, mais a aussi permis au monstre Battra de se réveiller après des milliers d'années. Des personnes sont envoyées sur Infant Island pour récupérer l’œuf et font connaissance des Shobijins, sortes de petites fées, qui expliquent que l’œuf est celui de Mothra, protecteur de la Terre, tandis que Battra est un équivalent sombre de Mothra, qui possède une rancune envers l'humanité et souhaite la détruire. Mothra devra donc faire face à Battra, mais c'est sans oublier Godzilla, également réveillé par le météore, qui se joindra à la bataille.
47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce.
Toujours à la recherche de ses parents biologiques, Bloom apprend qu'une épée magique lui permet de les libérer. Elle passera par l'ancien royaume de ses parents : Domino, Sparks dans le second film en 3D, qui est détruit par les ancêtres des Trix qui veulent obtenir la Flamme du Dragon, le pouvoir le plus puissant qu'une fée puisse avoir. Les Winx, les Spécialistes et leurs mini-fées vont lui venir en aide.
L'histoire de la pièce de théâtre est déplacée au XIX siècle en Toscane. Au moment d'épouser Hippolyte, le Duc Thésée doit arbitrer un litige entre Égée et sa fille Hermia. Celle-ci, qui aime Lysandre, refuse d'être mariée à Démétrius, l'homme que son père lui a choisi pour mari. Elle s'enfuit avec Lysandre dans un petit bois, après s'être confiée à son amie Héléna. Cette dernière aime Démétrius et souhaite conquérir son cœur, elle l'entraîne donc sur les traces des fuyards. Dans ces mêmes bois, Obéron et Titania, roi et reine des fées, se querellent. Obéron veut se venger de Titania, il charge donc Puck d'user d'une fleur magique pour rendre amoureux la reine de la première personne qu'elle verra. Il demande également à Puck d'utiliser la fleur magique sur Démétrius pour le rendre réciproquement amoureux d'Héléna. Mais Puck se trompe d'amant et envoûte Lysandre. S'ensuit une dispute entre Hermia et les deux jeunes hommes qui n'ont désormais d'yeux que pour Héléna. Le monde des fées se doit de tout remettre en ordre et se sert à nouveau de la fleur magique. Finalement, tout rentre dans l'ordre, le sentiment d'Héléna pour Démétrius est partagé, Hermia et Lysandre ont la permission de se marier et le mariage de Thésée et Hippolyte a enfin lieu.
Le film est basé sur l'affaire de fées de Cottingley. En 1917, deux fillettes, Frances Griffiths et Elsie Wright, deux jeunes cousines vivant à Cottingley, près de Bradford, en Angleterre, produisent des photographies les mettant en scène avec des fées. L'affaire connaît un retentissement national lorsque Sir Arthur Conan Doyle, alors attiré par le spiritisme après la perte de son fils durant le conflit, s'y intéresse. Le magicien américain Harry Houdini, alors en tournée en Europe, accompagne Conan Doyle dans ses investigations sur l'authenticité de clichés.
Il était une fois… un roi (Jean Marais), qui jouit d'un grand prestige auprès de ses sujets et voisins, et qui est marié à la plus belle et vertueuse des reines. Tous deux vivent en harmonie avec leur unique fille (Catherine Deneuve), et la prospérité du royaume est continuellement assurée par l'âne fabuleux qui habite leurs écuries et dont les déjections surnaturelles délivrent pierres précieuses et pièces d'or. Mais cet équilibre est rompu par le malheur : la reine se meurt de maladie. La raison d'État exigeant un héritier mâle, sur son lit de mort, elle fait promettre à son mari de ne prendre comme nouvelle épouse qu'une femme plus belle qu'elle. Les efforts des ministres pour trouver une princesse à la hauteur de la défunte reine restent vains, jusqu'à ce qu'ils admettent que seule la fille même du couple royal peut se prévaloir d'une telle beauté. Bien qu'un tel projet constitue un inceste, le roi décide de l'épouser, encouragé en cela par ses conseillers.
Un an après la défaite de Godzilla face à Kiryu, le Japon répare Kiryu et s'apprête à reconstruire la ville détruite. Le grand-père d'un des hommes de maintenance du robot est visité par les shojibin, les petites fées qui parlent au nom de Mothra, de vieilles connaissances puisqu'il les a rencontrées il y a 43 ans. Elles rappellent que Kiryu est bâti sur le squelette du Godzilla original et que ses os devraient reposer en paix. Si les autorités s'entêtent à utiliser le robot, Mothra ne viendra pas les aider si Godzilla refait surface et pourrait même devenir ennemie de l'humanité.
Depuis les premières apparitions de monstres géants, la Terre s'est dotée d'une force armée spécialement entraînée pour lutter contre cette nouvelle menace, dont le fer de lance est une équipe de mutants. Un jour cependant, diverses créatures attaquent de façon simultanée les grandes capitales et l'armée se retrouve totalement dépassée. Un vaisseau spatial apparaît alors et fait disparaître tous les monstres. À son bord, des extraterrestres de la planète X qui viennent prévenir les terriens qu'une comète géante est sur le point de rentrer en collision avec la Terre. Godzilla, libéré de sa prison de glace, n'a d'autre choix que d'affronter les aliens, mais un ennemi plus fort que tous les autres apparaît sur Terre : Monster X, qui deviendra Keizer Ghidorah. Godzilla doit stopper le dragon tricéphale ainsi que le météore.
Dans l'Europe médiévale pré-Renaissance, Jenane est une nourrice venue de l'autre côté de la Mer Méditerranée. Veuve, elle habite dans la demeure d'un riche homme arrogant. Déjà mère d'un enfant appelé Asmar, elle est engagée comme nourrice pour Azur, l'enfant du maître des lieux.
Bloom qui a sauvé le royaume de Domino, vit maintenant heureuse dans son palais avec ses parents biologiques Oritel et Marion. Comme nous l'avons vu à la fin du 1er film son bien-aimé Sky l'a demande en mariage. Tout irait pour le mieux si Erendor le père de Sky n'interdisait pas le mariage à cause d'un sombre secret qu'il révèle...et en plus de ça les Trix reviennent accompagnées par les terribles et démoniaques Sorcières Ancestrales pour un ultime combat.
La Vallée des fées a décidé de passer tout un été dans l'autre monde, pas loin d'une maison d'humains. Quand Clochette décide de s'y aventurer, elle se fait capturer par une humaine du nom d'Elizabeth -dite Lizzy- dans une maison de fées créée par Lizzy elle-même. Lizzy étant une passionnée des fées, elle demande à Clochette de rester avec elle. Décidée à partir, Clochette se retourne au dernier moment et s'apercevant que Lizzy se sent bien seule, elle décide de rester. Le père de Lizzy étant scientifique, il ne s'amuse que très rarement avec sa fille et ne supporte pas l'attention que Lizzy porte aux fées, qu'il juge imaginaires. Pendant tout le temps d'une tempête, Clochette raconte l'existence et le travail des fées tout au long de l'année à Lizzy. Pendant ce temps, Vidia, la fée voltigeuse, est retournée au campement des fées pour avertir ses amis que Clochette a été enlevée. Mais arrivées là-bas elles découvrent que Clochette a appris à Lizzy à voler et qu'elle s'est montrée au père de Lizzy qui décide de la capturer pour la montrer au musée de Londres. Vidia la sauvera juste à temps mais c'est elle qui se fera enfermer à la place de Clochette. Rosélia, Noa, Ondine, Clark, Gubble, Clochette et Iridessa vont se lier avec Lizzy pour rattraper son père déjà parti et libérer Vidia.