Alors qu'il combat Gorilla Grodd, Batman est pris dans sa machine temporelle et est envoyé au Japon féodal. Il y est chassé par des samouraïs au service du Joker. En s'échappant, il rencontre Catwoman, elle aussi prise dans le temps depuis deux ans, qui lui apprend que les criminels de Gotham sont tous là et sont devenus des Seigneurs féodaux après avoir abusé le daimyō. Batman et Catwoman doivent donc intervenir pour empêcher les vilains de ré-écrire l'histoire.
Après la mort de sa femme et de ses filles, Frank Castle veut tuer tous les mafieux de la ville, dont Gianni Franco. Mais le fils de celui-ci est enlevé par un gang japonais, et le Punisher se voit contraint de faire équipe avec lui pour libérer l'enfant à condition qu'il l'achève après.
Reed Richard, alias Mister Fantastic et Susan Storm, la Femme invisible, membres des Quatre Fantastiques, sont sur le point de se marier, les préparatifs pour la cérémonie étant enfin achevés.
David Banner est un chercheur en génétique qui s'intéresse aux processus de régénération et souhaite améliorer l'ADN humain. Il fait des recherches et expérimentations sur son propre corps. Sa femme, Edith Banner, donne naissance à leur fils Bruce. David Banner se rend compte que son ADN mutant s'est transmis à son fils. Il tente de trouver un remède à l'état de Bruce. En 1973, le gouvernement, représenté par le lieutenant-colonel "Thunderbolt" Ross, arrête ses recherches après avoir pris connaissance de ses dangereuses expériences. David, dans un accès de rage, provoque une explosion massive du réacteur gamma qui alimente les installations, et tue accidentellement sa femme. Il est ensuite placé en hôpital psychiatrique. Alors âgé de quatre ans, Bruce est envoyé en famille d'accueil et est adopté, croyant que ses parents biologiques sont décédés. Les événements traumatisants entourant le décès de sa mère ont laissé Bruce incapable de se rappeler les détails de son enfance.
Pour leur travail de journalistes, Clark Kent et Lois Lane se rendent à Silsby pour assister au forage du plus profond puits de pétrole au monde. Mais le foret atteint une zone souterraine inconnue où vivent des êtres de petite taille qui restent cachés, attendant la nuit pour sortir. Les habitants de Silsby, menés par Luke Benson, vont s'en prendre à ces créatures, pourtant inoffensives.
Lorsque l'entité maléfique Parallax s'échappe de sa prison aux confins de l'univers et parvient à blesser mortellement Abin Sur, le seul gardien capable de l'emprisonner, le corps des Green Lantern (gardiens ancestraux de la paix dans l'univers et maîtrisant la force verte de la Volonté grâce à leur anneau), dont Abin Sur faisait partie, se retrouve démuni face à leur adversaire qui maîtrise la force jaune de la peur. C'est sans compter sur le pilote d'aviation chevronné Hal Jordan, casse-cou et téméraire, qui va obtenir l'anneau de pouvoir d'Abin Sur mourant et devenir le dernier espoir des Green Lantern et de la Terre, à présent menacée par Parallax.
Double-Face affronte Batman à Gotham City tandis que le docteur Chase Meridian s'intéresse au profil psychologique du Chevalier Noir. Un nouveau personnage va alors faire son apparition, l'Homme-Mystère. Toutefois, Batman pourra bientôt compter sur un nouvel allié pour affronter les deux supers-vilains...
Les Mutants sont les plus dangereux, pour eux-mêmes comme pour les autres, lorsqu’ils découvrent leurs pouvoirs. Détenus dans une division secrète contre leur volonté, cinq nouveaux mutants doivent apprivoiser leurs dons et assumer les erreurs graves de leur passé. Traqués par une puissance surnaturelle, leurs peurs les plus terrifiantes vont devenir réalité.
Captain America combat les forces du Scarabée, un individu qui commet des sabotages et des meurtres. Le criminel a volé une invention capable de détruire les immeubles en utilisant les ondes sonores.
Durant l'Âge sombre, la Reine de Sang Vivian Nimue est vaincue par le Roi Arthur grâce à Excalibur. Le corps de Nimue est dispersé et chaque membre caché en des lieux différents.
À l'époque de la conquête de l'Ouest, le Diable, Méphistophélès (Peter Fonda), envoie son chasseur de primes, le Ghost Rider, pour signer son contrat avec un millier d'âmes corrompues de la ville de San Venganza. Puisque la nature du contrat pourrait donner à Méphistophélès la puissance nécessaire pour ramener l'enfer sur terre, le Rider refuse de lui donner ce contrat et part en cavale.
Le scientifique Alec Holland et son assistante Alice Cable, viennent d'inventer une cellule végétale qui permet d'éradiquer la famine dans le monde. Mais un jour, Arcane, l'ennemi d'Holland, kidnappe Alice et verse les cellules végétales sur Holland. Celui-ci se transforme en une créature repoussante qui a soif de vengeance.
Matt Murdock est un petit garçon solitaire, timide et faible, souvent malmené par les caïds de son quartier. Un jour, il surprend son père en train de racketter et s'enfuit. Peu de temps après, il perd la vue à la suite d'une exposition à des déchets radioactifs. Toutefois, à son réveil, tous ses autres sens sont exacerbés et il en découvre un sixième : un sens radar semblable à celui des chauve-souris qui lui permet de voir sans ses yeux. Et alors qu'il s'est réconcilié avec son père, qui a fait amende honorable et a repris sa carrière de boxeur, il assiste à l'assassinat de celui-ci, battu à mort par un individu qui dépose une rose rouge sur son corps. Le jeune Matt promet alors de lutter pour la justice.
J. Jonah Jameson renvoie Peter Parker du Daily Bugle parce qu'il n'a pas pris de photos de Spider-Man, tandis que Robbie Robertson et Betty Brant s'envoient en l'air sur la photocopieuse à propos d'une affaire de harcèlement sexuel.
Al Simmons, un agent des services secrets américain, est éliminé lors d'une explosion en mission dans une usine d'armes biochimiques sur l'ordre de son patron Jason Wynn. Arrivé en enfer, il conclut un pacte avec le démon Malebolgia dans le but de revoir sa femme Wanda. En échange, il devra mener les armées du Mal dans leur ultime combat contre les forces du Bien. Simmons devient alors un guerrier aux pouvoirs surnaturels : Spawn. Mais entretemps, Wanda a refait sa vie avec Terry Fitzgerald, le meilleur ami de son défunt époux.