Sept ans après L'Affrontement final, Logan, l’éternel guerrier marginal, vit reclus dans les montagnes et fait difficilement le deuil de Jean Grey. Sur invitation donnée par Yukio, une mutante capable de lire l'avenir et de voir la mort des autres, il se rend au Japon où Yashida, un ancien officier japonais dont il a sauvé la vie en 1945 lors du bombardement de Nagasaki désormais mourant, lui propose un marché : en échange de sa capacité à guérir, il s'engage à le rendre mortel. Logan refuse.
Au cours d'une cérémonie de mariage en plein désert, un commando fait irruption dans la chapelle et tire sur les convives. Laissée pour morte, la Mariée enceinte retrouve ses esprits après un coma de quatre ans. Celle qui a auparavant exercé les fonctions de tueuse à gages au sein du Détachement International des Vipères Assassines n'a alors plus qu'une seule idée en tête : venger la mort de ses proches en éliminant tous les membres de l'organisation criminelle, dont leur chef Bill qu'elle se réserve pour la fin.
Sean Boswell est un passionné de courses automobiles ayant eu plusieurs ennuis avec la police californienne. Pour éviter la prison, il doit se rendre chez son père, militaire basé à Tokyo. Sean se sent exclu des autres élèves jusqu’à ce qu'il rencontre Twinkie qui lui fait découvrir le drifting, un sport clandestin où l'audace, l'élégance et la fluidité sont plus importants que la vitesse. Malheureusement, Sean va faire la rencontre de DK (« Drift King »). Pour Sean, ce n'est plus un amusement mais bel et bien une véritable course.
Nick Conklin et Charlie Vincent, deux policiers du New York City Police Department, capturent le yakuza Koji Sato. Ils sont chargés de le ramener au Japon pour qu'il y soit jugé.
La Nakamoto, une importante entreprise japonaise, organise une grande réception dans ses bureaux américains de Los Angeles. L'entreprise envisage de racheter l'entreprise américaine d'informatique MicroCon. Cheryl Lynn Austin, une escort-girl, est retrouvée morte dans les locaux en marge de la soirée, apparemment à la suite d'un acte sexuel violent. Le lieutenant Webster « Web » Smith (Wesley Snipes) est appelé pour enquêter sur les lieux. Son supérieur lui demande d'aller d'abord chercher John Connor, ancien capitaine de police et expert en culture japonaise. Les deux policiers se rendent à l'imposante Tour Nakamoto. Après avoir examiné la scène de crime, Smith soutient que tout indique une rencontre sexuelle suivie d'un meurtre. Connor pense quant à lui qu'il y a eu une plus grande implication de la société et que les apparences sont trompeuses. Après une enquête éprouvante, Connor reçoit un disque numérique contenant la vidéo de surveillance de la nuit de l'assassinat. Elle implique Eddie Sakamura (Cary-Hiroyuki Tagawa), le fils de Yoshida, riche homme d'affaires japonais, patron de Nakamoto et ami de longue date de Connor.
Alors que Jean-Louis Schlesser et son copilote Henri Magne sont en course, Daniel arrive derrière avec son taxi et essaie de les doubler. En effet, il doit transporter au plus vite une femme enceinte prise de violentes contractions. Après les avoir dépassés, il arrive à la clinique, mais la femme est déjà en train d'accoucher et Daniel doit patienter sur place encore quelque temps. Sa copine Lily fait une crise de jalousie, entendant les cris de la femme par téléphone. Elle prie Daniel de ne pas être en retard car elle a décidé de le présenter à ses parents. Pendant ce temps, Émilien, après avoir encastré la voiture de l'auto-école une nouvelle fois, obtient tout de même son permis de conduire, l'examinateur étant lassé de le voir échouer encore, encore et encore.
Depuis l'assassinat de son meilleur ami, l'agent du FBI Jack Crawford n'a plus qu'une obsession : retrouver Rogue, celui que tout désigne comme coupable, et faire justice lui-même. Mais comment attraper le plus redoutable des tueurs, un véritable fantôme capable d'apparaître n'importe où pour semer le chaos avant de s'évaporer dans la nature ?
Dans le Japon des samouraïs, Zatoïchi est un voyageur aveugle, dont les yeux restent fermés, qui gagne sa vie en tant que joueur professionnel et masseur. Mais son handicap dissimule un guerrier stupéfiant dont l'extrême précision et la rapidité au sabre font de lui, un combattant de kenjutsu hors pair. Au fil de ses pérégrinations, Zatoïchi arrive dans un village sous la coupe d'un chef local, Ginzo, qui fait régner la terreur en se débarrassant de quiconque osera se dresser sur son chemin, par l'intermédiaire d'un redoutable samouraï rōnin, Hattori. Zatoïchi rencontre dans un bar deux geishas aussi belles que dangereuses, qui se rendent de ville en ville pour rechercher le meurtrier de leurs parents. Leur seul indice est un nom : Kuchinawa. Alors que les hommes de main de Ginzo découvrent Zatoïchi, le combat s'engage et la légendaire canne-épée de celui-ci entre en action.
Alors que la police lance une répression à grande échelle contre le crime organisé, elle déclenche une lutte nationale contre les yakuza entre les Sanno de l'Est et les Hanabishi de l'Ouest à laquelle va se retrouver impliqué Otomo, que tout le monde croyait mort en prison.
Yamamoto, un yakuza de Tokyo, refuse de se soumettre au clan adverse qui a fait tuer son chef. Sa tête étant mise à prix, il quitte le Japon et part rejoindre son demi-frère Ken aux États-Unis.
La section criminelle régionale se compose de l'élite des forces de police coréenne, et le détective expérimenté Cho Dae-Young, qui détient le record d'arrestation, est le plus brillant d'entre eux.
Hubert Fiorentini est un policier quadragénaire bourru au caractère bien trempé qui éprouve quelques difficultés dans ses relations avec les femmes. Il n'est jamais parvenu à oublier son amour pour la jeune Miko Kobayashi, sa compagne japonaise qui l'a quitté dix-neuf ans plus tôt sans donner d'explications. Un jour, son tempérament violent le conduit à cogner et conduire à l’hôpital, sans le savoir, le fils du préfet.
Aujourd'hui, les yakuzas se laissent gagner, comme le monde entier, par un vent de progrès. Alors que les traditions tendent à s'effacer, les conflits entre clans de yakuzas restent les mêmes, basés sur la stratégie et les complots. Ôtomo, yakuza de la "vieille école", refuse de s'abaisser à corrompre et trahir pour survivre parmi les plus jeunes. Il accomplit fidèlement les missions que ses chefs lui donnent sans connaître leurs ruses.