Un jeune Yakuza épris de la fille qui doit épouser le chef de son clan, kidnappe la promise et s'enfuit avec elle. À Tokyo, il se cache sous l'identité d'un ouvrier, tandis que la jeune femme devient serveuse d'un restaurant.
Goro Hanada (花田五郎, interprété par l'acteur fétiche de Suzuki, Joe Shishido) est le tueur numéro 3 dans la hiérarchie des malfaiteurs japonais. Misako Nakajo (中条美沙子, interprétée par Annu Mari) lui propose un « contrat », qu'il rate à cause d'un papillon qui se pose sur son arme. Dès lors, il deviendra la cible du mystérieux et secret numéro 1. Il décide de quitter l'organisation des malfaiteurs professionnels et de trouver le numéro 1.
Gunji Sadao, oyabun du clan Hamamura sort de prison après 10 ans de détention causé par ses rivaux du clan Daito qui dirigent désormais la ville de Yokohama.
À Kyoto durant l'été 1940 : Hanako Kiryuin est retrouvée morte dans le quartier chaud. C'est l'occasion pour sa sœur adoptive Matsue de se souvenir de sa jeunesse dangereuse passée dans l'ombre de leur père, Onimasa Kiruyin, fondateur d'un clan redouté issu de l'île de Shikoku (province de Tosa), et de son amour contrarié pour un syndicaliste. À travers elle, c'est aussi vingt années d'histoire du Japon (1918-1940) qui défilent en arrière-plan.
Masaki est un jeune ahuri qui joue au baseball dans une mauvaise équipe, les Eagles, et qui travaille dans une station-service. Un jour, il doit nettoyer la voiture d'un yakuza, membre du clan Otomo. Mais injurié par ce dernier, Masaki lui décoche un coup de poing. Le yakuza, en se protégeant, se brise le bras. Pour sauver la réputation de son clan, Otomo revient quelques jours plus tard pour racketter le patron de la station-service. Inquiet, Masaki se confie à son ami barman, Takashi Iguchi, qui fit partie du gang d'Otomo il y a quelques années.
Durant son incarcération pour le meurtre d'un yakusa, Hirono Shozo aide Hiroshi Wakasugi, un yakuza de la famille Doi, à sortir de prison. À sa sortie, Hirono et ses amis (Sakai, Kanbara, Shinkai, Arita et Yano) forment leur propre famille sous le commandement de Yoshio Yamamori. Yamamori double Doi en truquant le résultat d'une délibération municipale.
Un détective à la retraite, Harry Kilmer (Robert Mitchum), est rappelé par un ancien ami, George Tanner (Brian Keith). En effet, la fille de ce dernier a été enlevée par un chef yakuza, Tono Toshiro, qui veut forcer Tanner à lui livrer les armes promises. Pour libérer sa fille, Tanner veut faire appel aux anciennes connaissances de Harry Kilmer, qui connaît le Japon et tous les rouages du syndicat japonais du crime... Notamment son ex-petite amie et son frère, ancien yakuza retiré des affaires très porté sur les affaires d'honneur.
Junpei, un yakuza de bas étage, vole 500 million de yens à son patron. Pendant qu'il se fait interroger, une intervention des forces de police lui sauve la vie, mais l'emmène en prison où il séjournera pendant cinq ans. Avant sa sortie, il engage l'invincible garde du corps professionnel Kiba pour l'escorter jusqu'à l'endroit où il a caché son trésor, et où il retrouvera sa fiancée pour s'échapper avec elle pour toujours. Tout le long de leur aventure, les deux protagonistes se font attaquer par des yakuzas rancuniers, et même par des élèves d'un dojo rival, lorsque Kiba déclare que son karaté est plus efficace que le leur.
La belle Emu O'Hara (Julie Condra), une jeune peintre, se retrouve témoin d'un meurtre et sympathise avec le tueur nommé Crying Freeman (Mark Dacascos) qui a la particularité de verser une larme à chaque fois qu'il tue quelqu'un.
Le film raconte les interactions entre un groupe de yakuzas homosexuels et un officier de police, ce dernier opposé aux organisations. Lorsque le jeune frère de l'officier de police devient l'avocat du groupe de yakuza, une dispute entre les deux frères mènera à la chute de l'organisation.
Un jeune yakuza, Hagane, tout au bas de l'échelle, est pris en sympathie par son grand patron, le chef du clan Tousa, alors que celui-ci se prépare pour une expédition punitive.
Murakawa, le bras droit du chef yakuza Kitakima, est appelé d'urgence afin de venir en aide au clan Nakamatsu en guerre contre Anan, un clan rival. Murakawa qui était sur le point de prendre sa retraite perd plusieurs hommes après un attentat à la bombe et une fusillade. Pour se protéger, il se réfugie sur Okinawa avec quelques hommes dans une maison au bord de la mer, le temps que les choses se calment.