Emprisonné dans un camp de prisonniers au Japon lors de la Seconde Guerre mondiale, un soldat américain, Nick Poppa Lowell, est libéré à la fin de la guerre grâce à son compagnon de cellule japonais et yakusa. Lowell décide de rester au pays du Soleil Levant pour y apprendre la culture yakusa, dont divers rituels avant de devenir l'un des rares étrangers à intégrer ce syndicat du crime.
En 1988 à Hiroshima, avant la promulgation de la loi contre le crime organisé, une rumeur prétend que le détective Shogo Ogami a des liens avec les yakuza. Il est associé au détective Shuichi Hioka et enquête sur une affaire de personne disparue impliquant un employé d'une société financière. Les conflits entre les groupes opposés de yakuza deviennent plus sérieux.
Cinq ans ont passé après la guerre entre les Sanno et les Hanabishi, les deux grandes familles du crime organisé japonais, à laquelle l’ancien chef Yakuza Otomo a survécu. Aujourd'hui, il travaille maintenant en Corée du Sud pour M. Chang, un intermédiaire respecté dont l’influence s’étend jusqu’au Japon. Lorsque la vie de M. Chang est en danger, le dévoué Otomo reviendra au Japon pour régler les choses à sa façon et surtout pour achever définitivement le conflit contre les Hanabishi.
Kamiura est un chef Yakuza légendaire. On dit qu'il est immortel, en fait c'est un vampire, un chef Yakuza vampire ! Kageyama est le plus fidèle membre de son clan, mais les autres yakuzas se moquent de lui : sa peau est trop sensible pour être tatouée. Un jour, des hommes arrivent de l'étranger et lui délivrent un ultimatum : Kamiura doit retourner à un syndicat du crime international qu'il a quitté ou mourir. Kamiura refuse et son corps est démembré au terme d'une bagarre féroce. Avant de mourrir, Kamiura arrive à mordre Kageyama, lui transmettant ses pouvoirs. A son réveil Kageyama, va se servir de ces pouvoirs pour venger la mort de son chef et combattre ce syndicat international du crime.
Sept ans après L'Affrontement final, Logan, l’éternel guerrier marginal, vit reclus dans les montagnes et fait difficilement le deuil de Jean Grey. Sur invitation donnée par Yukio, une mutante capable de lire l'avenir et de voir la mort des autres, il se rend au Japon où Yashida, un ancien officier japonais dont il a sauvé la vie en 1945 lors du bombardement de Nagasaki désormais mourant, lui propose un marché : en échange de sa capacité à guérir, il s'engage à le rendre mortel. Logan refuse.
Hirata rêve de devenir réalisateur,
mais ses ambitions sont contrariées par une sanglante lutte entre clans yakuzas.
En effet, celle-ci implique les parents de Mitsuko,
une des actrices du film qui doit tourner avec le cinéaste en herbe…
Alors que la police lance une répression à grande échelle contre le crime organisé, elle déclenche une lutte nationale contre les yakuza entre les Sanno de l'Est et les Hanabishi de l'Ouest à laquelle va se retrouver impliqué Otomo, que tout le monde croyait mort en prison.
Shozo, un ancien yakuza qui travaille en Amérique du Sud reçoit l’annonce du décès de son ancien chef, Kenzo. À son retour au Japon, une guerre interne au clan éclate. Shozo y perd un bras et une jambe...
Aujourd'hui, les yakuzas se laissent gagner, comme le monde entier, par un vent de progrès. Alors que les traditions tendent à s'effacer, les conflits entre clans de yakuzas restent les mêmes, basés sur la stratégie et les complots. Ôtomo, yakuza de la "vieille école", refuse de s'abaisser à corrompre et trahir pour survivre parmi les plus jeunes. Il accomplit fidèlement les missions que ses chefs lui donnent sans connaître leurs ruses.
Au début des années 1990, un mécanicien chinois nommé "Steelhead" (Tête de fer) entre illégalement au Japon afin de chercher sa petite amie Xiu Xiu. Ne parvenant pas à la retrouver, il rejoindra à Shinjuku son ami Jie qui lui fournit du travail. Mais "Steelhead" finit par découvrir que Xiu Xiu a épousé un leader Yakuza du nom de Eguchi. Décidé à obtenir la citoyenneté japonaise, il accepte de devenir tueur à gage pour Eguchi. Mais bientôt, "Steelhead" se retrouve tellement embourbé dans le milieu qu'il lui est impossible de faire marche arrière.
Zen, une jeune autiste qui a développé un savoir particulier dans les arts martiaux aide sa mère atteinte d'un cancer à récupérer des créances de membres de l'organisation « Numéro 8 ».
Dans le Japon médiéval, Ichi est une jeune orpheline, aveugle de naissance, qui gagne sa vie en jouant de la musique de village en village. Mais derrière ses airs fragiles se cache un tempérament guerrier. La jeune fille possède notamment un talent exceptionnel dans l’art de manier le sabre, arme qu’elle dissimule dans son bâton de marche.
La section criminelle régionale se compose de l'élite des forces de police coréenne, et le détective expérimenté Cho Dae-Young, qui détient le record d'arrestation, est le plus brillant d'entre eux.