À Alger, en 1957, Henri Charlegue, directeur d'un quotidien partisan de l'indépendance, est arrêté par des parachutistes de l'armée française. Alors que son épouse et son avocat tentent en vain de le voir, il reste incarcéré et subit humiliations et torture. Également arrêté, son ami Maurice Oudinot ne survivra pas à ce traitement. En prison, Henri entame le récit de son calvaire.
En Afrique-Équatoriale française, à la frontière du Kamerun allemand, début 1915. Les postes militaires des deux nations cohabitent parfaitement. Le poste allemand, plus petit, vient se ravitailler auprès d'une épicerie du poste français tenue par Paul Rechampot (Jacques Dufilho). Les coloniaux manifestent un certain mépris pour les autochtones. Les missionnaires ne sont intéressés que par propager la foi à tout prix.
Lors de la poursuite d'un combattant FLN par la police coloniale dans les rues de la Casbah d'Alger; celui ci parvient , avant son arrestation imminente, à remettre des papiers confidentiels à Mourad, un enfant algérien, crieur de journaux de son état qui doit impérativement les remettre à un militant nationaliste dénommé Mouloud Tebbakh. Mais la police est à ses trousses et est prête à tout pour les récupérer.
Roger, instituteur breton, part enseigner en Tunisie, puis dans l'Algérie en guerre : il prend parti, tandis que son amie d'enfance Gwen, animatrice de radio, choisit la voie de la neutralité.
En 1956, pendant la guerre d'Algérie, March, Charpentier et Dax, des réservistes, se retrouvent dans un bataillon disciplinaire. Ils sont alors pris dans les engrenages de la guerre, de la torture et de la mort. Le commandant Lecoq doit constituer une unité d'élite avec les réfractaires, dont les motivations politiques sont diverses.
En 1962, afin d'empêcher le général de Gaulle de céder aux revendications du FLN et de laisser l'Algerie devenir indépendante, les membres de l'OAS décident de faire évader le Général Challe, emprisonné à Tulle. Le commandant Dominique Clavet (Jean Rochefort), succédant à son chef Cyrus qui a été arrêté, organise avec ses hommes un hold-up pour financer l'évasion. Dans le même temps, aidé par des « barbouzes », le commissaire divisionnaire Lelong (Michel Bouquet), loyal au gouvernement mais désabusé, enquête sur cette conjuration, ayant parfois des doutes devant la complexité de la situation.
À Alger, durant la guerre d'Algérie un des responsables du FLN est arrêté par l'armée qui emploie les méthodes les plus violentes pour faire parler les prisonniers. Le recours à la torture pose un cas de conscience à un officier français. Jouant sur le champ-contre-champ, entre le torturé et son tortionnaire, dans un huis clos étouffant.
En avril 1961, dans le massif de l'Aurès, un commando, formé d'appelés bretons, affronte un groupe de l'Armée de libération nationale : il fait un prisonnier algérien. Le soldat français blessé au cours de l'accrochage, instituteur dans le civil, se rappelle les événements qu'il a vécus avec ses camarades au cours des derniers mois : leur opposition à la guerre en Algérie les a conduits dans un camp réservé aux insoumis ; il se remémore la façon dont leur chef a su les transformer, de jeunes Bretons antimilitaristes qu’ils étaient, en redoutables chasseurs de fellaghas, prêts à tuer et y prenant goût. Tous sauf lui, cèdent progressivement à l'escalade de la violence.
Dans un village de montagne en Kabylie, pendant la guerre d'Algérie, la majorité de la population a rallié le mouvement indépendantiste du FLN. L'armée française décide de le rayer de la carte.
Élise s'ennuie à Bordeaux. Elle a l'impression de ne pas vivre la vraie vie. Elle monte à Paris rejoindre son frère Lucien. Il est ouvrier et sympathisant du FLN. Bientôt, Élise est poussée par la nécessité à travailler en usine. Elle y rencontre et se lie avec Arezki, un militant algérien. Leur liaison amoureuse est rendue difficile par le racisme environnant et, de surcroît, dangereuse en raison d'une étroite surveillance policière. Lucien meurt. Quand Arezki est arrêté, Élise retourne à Bordeaux.
Au cours de la guerre d'Algérie, quatre hommes et deux femmes acceptent de convoyer pour le compte du Front de libération nationale algérien des camions à travers le désert.
Alors qu’il tente par tous les moyens de rester en dehors des bouleversements sanglants provoqués par la bataille d’Alger, Hassan, père de famille intègre et naïf, offre sans le savoir, l’hospitalité à un moudjahid activement recherché par l’armée française.