Le film commence peu après la bataille de Pharsale, au cours de laquelle Jules César a vaincu l'armée de Pompée. Ce dernier s'enfuit en Égypte et appelle à son aide le jeune pharaon Ptolémée XIII Theos Philopator et sa sœur Cléopâtre VII. Les Égyptiens, cependant, préfèrent assassiner Pompée et, quand César arrive en Égypte, ils lui offrent la tête de son ennemi en signe de bonne volonté. César, à vrai dire, est choqué par cet assassinat brutal d'un honorable adversaire.
En 63 av. J.-C., Pompée conquiert Jérusalem et met la ville à sac. À peine entré, le conquérant se rend au temple pour s'emparer du trésor de Salomon et fait massacrer les prêtres. Il découvre alors que le trésor n'est rien d'autre que la collection des rouleaux de la Torah. Déçu, il est sur le point de les jeter au feu lorsqu'un prêtre survivant se les fait remettre et les place en lieu sûr. Bien des années plus tard éclate une série de rébellions contre l'autorité de Rome que les Romains matent en crucifiant les meneurs et en installant leur homme sur le trône de Judée : Hérode le Grand.
Acrisius, roi d'Argos, jette à la mer dans un cercueil de bois sa fille Danaé et le fils de celle-ci, Persée, encore au berceau (on avait prédit que l'enfant serait fatal à Acrisius). Zeus, le père de Persée, ordonne à son frère Poséidon, roi de la mer, de libérer le Kraken pour détruire Argos, ce qui réalisera ainsi la prédiction sur Persée. Danae et Persée au contraire sont amenés sains et saufs sur l'île de Sérifos.
Devant choisir entre Jésus et Barabbas, assassin et brute avinée, le peuple choisit Barabbas.
L’ombre de celui qui a péri à sa place hantera à tout jamais cet esprit primaire qui, au fil des épreuves vécues, va se façonner peu à peu en doutes et en remords.
Le film s'ouvre sur une scène de flashforward mettant en scène le massacre des Innocents. Un an avant cet évènement, à Jérusalem, Zacharie reçoit une vision de l'archange Gabriel, qui lui annonce que sa femme Élisabeth donnera naissance à un fils malgré leur vieillesse. Dans le même temps, à Nazareth, la jeune Marie est fiancée sur décision de ses parents — Anne et Joachim — à un charpentier nommé Joseph. Peu de temps après, Marie est visitée par l'archange Gabriel, qui lui annonce qu'elle tombera enceinte du fils de Dieu et qu'elle devra le nommer Jésus. Il lui révèle par ailleurs que sa cousine Élisabeth est également enceinte. Après en avoir reçu l'autorisation de ses parents, elle s'en va rendre visite à cette dernière, qui connaît miraculeusement l'origine divine de sa grossesse. Marie assiste ensuite à la naissance de Jean-Baptiste, puis revient à Nazareth enceinte, à la grande stupéfaction de Joseph et de ses parents, qui craignent que celui-ci l'accuse de fornication, un péché punissable de lapidation selon la Loi mosaïque. Au début, Joseph ne croit pas Marie mais décide toutefois de ne pas l'accuser. Dans la nuit, il reçoit à son tour la visite de l'archange Gabriel, qui lui parle du plan de Dieu pour le fils de Marie, conçu par le Saint-Esprit. Joseph croit alors Marie et lui demande pardon d'avoir douter d'elle.
Dans la Rome antique, Encolpe et Ascylte, deux étudiants qui cohabitent dans le quartier souterrain de Subure où ils vivent de rapines, se disputent les faveurs de leur jeune esclave Giton. Les trois comparses, tour à tour désunis et réunis, vont vivre différentes histoires au gré de leurs rencontres. Encolpe va assister au festin du nouveau riche affranchi Trimalcion tandis qu’on retrouve le trio prisonnier du terrible Lichas. Après l’assassinat de Lichas et la chute de César, ce qui nous vaut de perdre de vue Giton, on rejoint Encolpe et Ascylte libérés qui passent un moment de répit dans une riche demeure désertée avant qu’ils n’enlèvent, en compagnie d’un brigand, un hermaphrodite censé être doté de certains pouvoirs. Ensuite, si Encolpe sort indemne de son combat avec le fabuleux Minotaure, il y laisse sa virilité. En compagnie d’Ascylte, il n’a alors de cesse de la retrouver en s’aventurant dans des contrées magiques ou ensorcelées comme le Jardin des délices ou celle de la légendaire Œnothée. Aux confins du pays, Ascylte perd la vie tandis qu’Encolpe recouvre sa virilité avant de s’embarquer vers une nouvelle île et une vie d’une autre dimension.
Samson, un hébreu d'une force colossale, lutte pour l'indépendance de son peuple soumis aux Philistins, malmenant à lui tout seul l'armée des occupants. Mais Samson s'éprend de la sculpturale princesse Dalila à la beauté troublante, qui découvre que le secret de sa force réside dans ses cheveux. Celle-ci les lui coupe dans son sommeil et le livre aux Philistins. Désormais rendu aveugle, Il périt en faisant s'écrouler le temple sur la foule lors de son jugement.
Dans sa première partie, le film raconte l'épisode biblique de la captivité des Hébreux en Égypte à l'époque du pharaon Ramsès II (Charles de Rochefort), leur exode vers la Terre Promise, la traversée de la Mer Rouge, Moïse (Theodore Roberts) recevant les tables des Dix Commandements.
Cléopâtre, la reine d'Égypte, décide, pour prouver à Jules César la grandeur de la civilisation égyptienne, de construire un palais en plein désert en l'espace de trois mois. Pour cela, elle fait appel à l'architecte Numérobis. Ce choix déplaît fortement à l'architecte royal, Amonbofis, jaloux de n'avoir pas été désigné pour mener à bien le projet. Numérobis, inquiet du délai extrêmement court dont il dispose, décide de se rendre en Gaule pour demander de l'aide à un vieil ami, le druide gaulois Panoramix, détenteur du secret de la potion magique, ainsi qu'à ses amis, Astérix et Obélix. Les trois gaulois accompagnent Numérobis à Alexandrie où ils devront déjouer les manigances d'Amonbofis et des Romains, car si Numérobis ne termine pas à temps, il sera jeté aux crocodiles sacrés.
Pour avoir défié l'empereur Caligula sur un marché aux esclaves, Marcellus, jeune tribun romain, est exilé à Jérusalem. Contre son gré, il dirige la crucifixion de Jésus tout en ignorant l'identité de ce dernier. Il recueille sa tunique. Marqué par cette relique, il se convertit à la foi chrétienne tout comme son esclave Demetrius, avec les risques que cela comporte.
Ce long film relate les derniers moments de l'empereur et philosophe romain Marc Aurèle et les débuts du règne de son fils sanguinaire et violent Commode.
Ruth, la fille d’un pauvre paysan est vendue par son père aux prêtres de Moab qui l’élèvent au culte du dieu Chemosh. Après quelque temps, elle vient d’être désignée par le grand prêtre la plus digne pour être sacrifiée au dieu. Mais elle est remplacée car soudain une tache est apparue sur sa peau. À vingt ans, elle est élue prêtresse et a la charge de conduire au sacrifice une petite fille. Ayant connu une famille de juifs, Ruth est frappée par la pureté de leurs sentiments religieux et se sent ébranlée dans sa propre foi. Le jour du sacrifice sur l’autel, Ruth, vaincue par l’horreur, fuit. Suspectant la prêtresse d’être amoureuse de Mahlon, le grand prêtre le fait arrêter et condamner à travailler dans les mines toute sa vie.