Cléopâtre, la reine d'Égypte, décide, pour prouver à Jules César la grandeur de la civilisation égyptienne, de construire un palais en plein désert en l'espace de trois mois. Pour cela, elle fait appel à l'architecte Numérobis. Ce choix déplaît fortement à l'architecte royal, Amonbofis, jaloux de n'avoir pas été désigné pour mener à bien le projet. Numérobis, inquiet du délai extrêmement court dont il dispose, décide de se rendre en Gaule pour demander de l'aide à un vieil ami, le druide gaulois Panoramix, détenteur du secret de la potion magique, ainsi qu'à ses amis, Astérix et Obélix. Les trois gaulois accompagnent Numérobis à Alexandrie où ils devront déjouer les manigances d'Amonbofis et des Romains, car si Numérobis ne termine pas à temps, il sera jeté aux crocodiles sacrés.
Le film commence en 62 apr. J.-C. au moment de la répression par la légion romaine d'une révolte de tribus celtes. Un jeune garçon assiste au massacre de son peuple puis à la mort de sa mère, tous tués sur ordre du sénateur romain Corvus (Kiefer Sutherland). Après une ellipse, le récit reprend en 79 dans la province romaine de Bretagne. Un noble romain assiste avec ennui à un combat de gladiateurs, quand son intérêt est ranimé par l'entrée dans l'arène d'un jeune homme sans nom, que la foule surnomme le Celte (Kit Harington), et qui massacre ses ennemis avec une rapidité foudroyante. Le Romain achète le Celte et le fait amener jusqu'à sa ville de résidence, Pompéi. Sur la route, la colonne d'esclaves dont fait partie le Celte est dépassée par la voiture à cheval d'une jeune noble pompéienne, Cassia (Emily Browning), accompagnée de sa servante. La voiture tombe dans une ornière et l'un des chevaux, affolé, se blesse mortellement avec l'une des pièces de son harnarchement. Le Celte offre son aide et, avec l'autorisation de Cassia, achève le cheval pour lui éviter plus de souffrances, avant de reprendre sa place parmi les esclaves.
Au début du I siècle, Judah Ben-Hur, un prince de Judée, vit des jours insouciants à Jérusalem en compagnie de Messala, un Romain orphelin adopté par la famille Ben-Hur. Amateurs de courses à chevaux, les deux jeunes hommes commencent à éprouver des sentiments pour le sexe opposé. Messala est attiré par Tirzah, sœur de Judah, mais la mère s'oppose aux fiançailles pour des raisons de noblesse. Sur un coup de tête, Messala quitte la maison familiale pour aller combattre dans les armées de Tibère. Après trois ans de guerre, il revient à Jérusalem en tant qu'officier romain. Entretemps, Judah a déclaré son amour à Esther, fille de l'intendant de la maison.
Le film commence peu après la bataille de Pharsale, au cours de laquelle Jules César a vaincu l'armée de Pompée. Ce dernier s'enfuit en Égypte et appelle à son aide le jeune pharaon Ptolémée XIII Theos Philopator et sa sœur Cléopâtre VII. Les Égyptiens, cependant, préfèrent assassiner Pompée et, quand César arrive en Égypte, ils lui offrent la tête de son ennemi en signe de bonne volonté. César, à vrai dire, est choqué par cet assassinat brutal d'un honorable adversaire.
Vers 50 av. J.-C., Jules César lance une offensive contre la Bretagne et l’emporte facilement en attaquant, chaque jour, à dix-sept heures précises. La reine Cordelia se réfugie dans un petit village, assiégé par les Romains, avec tous les hommes libres de l’île. Voyant que la situation devient critique, elle envoie Jolitorax en Gaule, chercher un tonneau de potion magique, l’« arme secrète » qui permet au village d’Astérix et Obélix de tenir face à l’armée romaine. Au village, justement, les deux guerriers gaulois sont chargés de faire du neveu d’Abraracourcix, Goudurix, un homme. Mais celui-ci, caricature du jeune Français, considère qu’« être un homme » ne consiste pas nécessairement à se battre contre les Romains, faire la fête et « vivre à deux hommes avec un petit chien », mais plutôt à avoir une certaine sensibilité, se consacrer aux arts, vivre des aventures amoureuses… Malgré tout, en partant pour la Bretagne (pour escorter Jolitorax et le tonneau), ils forcent ce dernier à venir (en dépit d’Idéfix) et s’aperçoivent, au milieu de la Mare Britannicum, de la présence d'un passager clandestin, un « sans-papyrus » indien, Pindépis, qui a emporté une plante de son pays comme porte-chance.
Amphitryon, roi de Thèbes, marié à la reine Alcmène, devient de plus en plus violent et sauvage. Alcmène ne ressent plus rien pour son époux et va prier auprès de la déesse Héra. Celle-ci sort de sa représentation et informe Alcmène que bientôt, Zeus et cette dernière auront un enfant qui s'appellera Hercule. Quelques jours plus tard, Zeus descend de l'Olympe, mais ne prend pas la forme humaine : il est invisible. Le rapport sexuel que Zeus et Alcmène ont ensemble est découvert par Amphitryon qui lui, veut condamner Alcmène à mort mais il ne peut pas. Neuf mois plus tard, Alcmène accouche. Amphitryon, sachant que cet enfant n'est pas de lui, l'appelle Alcide et informe sa femme qu'il n'aura jamais sa sur le trône et que Iphiclès (fils aîné du roi et de la reine) sera son seul et unique héritier. Vingt ans plus tard, Hercule tombe amoureux de la princesse de Crète. Iphiclès et Amphitryon s'allient ; le roi donne pour épouse à Iphiclès la princesse de Crète et envoie Hercule.
En 73 av. J.-C., Spartacus est un esclave thrace que l'on fait travailler dans les mines de Lydie. Il est remarqué et acheté par Lentulus Batiatus, propriétaire d'une école de gladiateurs à Capoue, où il est pris en charge par l'entraîneur Marcellus qui l'initie au métier de gladiateur. Il fait connaissance avec les autres esclaves, dont Draba le Noir et Crixus. Il est aussi intéressé par Varinia, une des esclaves que Marcellus donne parfois en récompense pour une nuit aux gladiateurs qui l'ont mérité.
Le film s'ouvre sur une scène de flashforward mettant en scène le massacre des Innocents. Un an avant cet évènement, à Jérusalem, Zacharie reçoit une vision de l'archange Gabriel, qui lui annonce que sa femme Élisabeth donnera naissance à un fils malgré leur vieillesse. Dans le même temps, à Nazareth, la jeune Marie est fiancée sur décision de ses parents — Anne et Joachim — à un charpentier nommé Joseph. Peu de temps après, Marie est visitée par l'archange Gabriel, qui lui annonce qu'elle tombera enceinte du fils de Dieu et qu'elle devra le nommer Jésus. Il lui révèle par ailleurs que sa cousine Élisabeth est également enceinte. Après en avoir reçu l'autorisation de ses parents, elle s'en va rendre visite à cette dernière, qui connaît miraculeusement l'origine divine de sa grossesse. Marie assiste ensuite à la naissance de Jean-Baptiste, puis revient à Nazareth enceinte, à la grande stupéfaction de Joseph et de ses parents, qui craignent que celui-ci l'accuse de fornication, un péché punissable de lapidation selon la Loi mosaïque. Au début, Joseph ne croit pas Marie mais décide toutefois de ne pas l'accuser. Dans la nuit, il reçoit à son tour la visite de l'archange Gabriel, qui lui parle du plan de Dieu pour le fils de Marie, conçu par le Saint-Esprit. Joseph croit alors Marie et lui demande pardon d'avoir douter d'elle.
L'histoire se déroule à Jérusalem lors des quarante jours qui succèdent à la résurrection du Christ, puis en Galilée. Clavius, un puissant tribun militaire romain et son aide de camp Lucius sont mandatés par Ponce Pilate pour superviser la crucifixion d'un juif nommé Jésus de Nazareth. Après la mort du condamné et sous la pression du Sanhédrin, Pilate ordonne de faire sceller et garder le tombeau mais le lendemain, les deux sentinelles ont disparu et le tombeau est vide. Pilate charge Clavius d'enquêter sur la disparition du corps du Nazaréen. Pourchassant les disciples du Christ soupçonnés d'avoir enlevé le corps, Clavius se convertit lorsqu'il les retrouve dans une petite maison de Jérusalem autour de Jésus ressuscité. Il finit par les rejoindre en Galilée. Pilate se sentant trahi envoie Lucius le tuer mais ce dernier le laisse partir avec les disciples.
Acrisius, roi d'Argos, jette à la mer dans un cercueil de bois sa fille Danaé et le fils de celle-ci, Persée, encore au berceau (on avait prédit que l'enfant serait fatal à Acrisius). Zeus, le père de Persée, ordonne à son frère Poséidon, roi de la mer, de libérer le Kraken pour détruire Argos, ce qui réalisera ainsi la prédiction sur Persée. Danae et Persée au contraire sont amenés sains et saufs sur l'île de Sérifos.
Au IV siècle de notre ère, à une époque où le christianisme gagne en importance, Hypatie d'Alexandrie (Rachel Weisz) est une philosophe agnostique attachée au progrès du savoir. Fille de Théon (Michael Lonsdale), gardien de la Bibliothèque, elle dirige l'école platonicienne d'Alexandrie dans le Sérapéum qui la jouxte.
Pour avoir défié l'empereur Caligula sur un marché aux esclaves, Marcellus, jeune tribun romain, est exilé à Jérusalem. Contre son gré, il dirige la crucifixion de Jésus tout en ignorant l'identité de ce dernier. Il recueille sa tunique. Marqué par cette relique, il se convertit à la foi chrétienne tout comme son esclave Demetrius, avec les risques que cela comporte.
En 140 de notre ère, à l'époque de l'empire romain, un jeune centurion, Marcus Aquila, tente de lever le mystère qui plane sur la disparition de la neuvième légion romaine, survenue vingt ans plus tôt, et dans laquelle son père était commandant de la 1 cohorte. À cette fin, Aquila se rend au nord de la Grande-Bretagne en compagnie d'un esclave celte, Esca, qui lui doit la vie. Tous deux s'aventurent au-delà du mur d'Hadrien, jusqu'en Calédonie, où ils sont confrontés aux tribus pictes. Aquila est déterminé à retrouver l'emblème de la légion, l'aigle romain, disparue en territoire picte en même temps que son père. Au cours de son voyage, Aquila rencontre une tribu locale, le « peuple des phoques » dont il devient le prisonnier. Grâce à Esca, qui a fait semblant de le trahir pour tromper le peuple des phoques, Marcus récupère l'aigle et les deux hommes s'enfuient. Le "peuple phoque" se lance à leur poursuite. Une dernière bataille a lieu, Marcus a le soutien inespéré des rescapés de la 9e légion et, en compagnie d'Esca devenu son ami, il peut rapporter l'aigle à Rome. On lui propose alors de refonder la légion.