En 1954, au début de la guerre d'Algérie, deux hommes, que tout oppose, sont contraints de fuir à travers les crêtes de l’Atlas saharien d'Algérie. Au cœur d’un hiver glacial, Daru, instituteur reclus, doit escorter Mohamed, un paysan accusé du meurtre de son cousin. Poursuivis par des villageois réclamant la loi du sang et par des colons revanchards, les deux hommes se révoltent. Ensemble, ils vont lutter pour retrouver leur liberté.
Lors d'un débat télévisé sur la guerre d'Algérie au début des années 1980, le professeur Paulet (Jean Vigny) dénonce les méthodes du capitaine Caron (Jacques Perrin), tué au combat en 1957. La veuve du capitaine, Patricia (Nicole Garcia), décide d'intenter un procès en diffamation à Paulet. Elle est représentée par son oncle bâtonnier (Georges Wilson) et par une amie, la jeune avocate Maître Valouin (Claude Jade) de Quimper ; Paulet, lui, est défendu par Maître Gillard (Charles Denner).
Roger, instituteur breton, part enseigner en Tunisie, puis dans l'Algérie en guerre : il prend parti, tandis que son amie d'enfance Gwen, animatrice de radio, choisit la voie de la neutralité.
En 1958, pendant la Guerre d'Algérie, Bruno Forestier (Michel Subor), déserteur réfugié en Suisse, travaille pour un groupuscule d'extrême droite. Il croise un jour Véronica (Anna Karina) et en tombe amoureux. Ses amis le soupçonnent de mener un double jeu, et pour le tester, lui ordonnent d'assassiner un journaliste.
Le capitaine Leblanc, officier de la Légion étrangère, est chargé de conduire un groupe ayant pour objectif de capturer Ben Bled, un responsable FLN. La première partie de l'opération réussit, mais le retour se révèle d'autant plus difficile que la situation politique a évolué en raison des pourparlers de paix.
L'histoire se déroule en 1899, en Afrique de l'ouest : les officiers français Voulet et Chanoine mènent une mission d'exploration à la tête d'une colonne de troupes coloniales. Outrepassant leurs ordres, ils se livrent à des massacres de populations. La sarraounia (« reine ») du village de Lougou décide de leur résister...
C'est une tranche de l'histoire de l'Indochine française des années 1920 à 1950 à travers la saga d’une famille française coloniale exploitant des plantations d'hévéas, immergée dans le soulèvement de Vinh et la mutinerie de Yên Bái en 1930 jusqu'aux accords de Genève de 1954 qui ont mis fin à la présence française en Indochine. À l'intérieur de ce cadre historique se déroule une histoire d'amour entre l'héritière de cette famille, Éliane, et un lieutenant de vaisseau de la marine française, Jean-Baptiste. Celui-ci optera ensuite pour les nationalistes vietnamiens, par amour pour une princesse vietnamienne (Camille, fille adoptive d'Éliane) devenue communiste dans les bagnes français. Le chef de la Sûreté coloniale française le « suicidera ».
Septembre 1962. Hélène Aughain, femme au début de la quarantaine et antiquaire à domicile, vit à Boulogne-sur-Mer avec Bernard Aughain, son beau-fils qui revient d'Algérie. Elle fait revenir son amour de jeunesse, Alphonse Noyard, un homme dissimulateur, charmeur et habile. Il arrive accompagné d'une jeune femme, Françoise, actrice débutante, qu'il fait passer pour sa nièce. Hélène les accueille et la cohabitation des membres du groupe va s'avérer source de tensions : rémanence des histoires propres à chacun, résolution du passé et amours contrariées.
À Saïgon, au Viêt Nam, au début de 1952, pendant la guerre d'Indochine, le journaliste britannique chevronné Thomas Fowler et le jeune Américain Alden Pyle, membre d’une mission d’aide médicale, se disputent les faveurs de la jeune amie vietnamienne de Fowler, Phuong. Parallèlement, Fowler découvre progressivement la véritable personnalité de Pyle. Ce dernier, agent sous couverture de la CIA, apporte un soutien logistique au général Thé, qui commete des attentats contre les Français faussement attribués au Việt Minh.
En 1943, après le débarquement des Américains en Algérie et au Maroc, l'Armée de la Libération se constitue depuis les colonies françaises d'Afrique du Nord. Le film raconte la découverte de la guerre et de l'Europe, de l'Italie jusqu'aux portes de l'Alsace, par trois tirailleurs algériens et un goumier marocain : Abdelkader, Saïd, Messaoud et Yassin. La guerre leur apporte la désillusion face aux discriminations mais aussi l'émergence d'une conscience politique et l'espoir.
En 1993, à Paris, le colonel en retraite Raoul Duplan est trouvé mort chez lui, une balle dans la poitrine. Une lettre anonyme est envoyée aux enquêteurs : « Le colonel est mort à Saint-Arnaud ». En 1957, à Saint-Arnaud, dans l'est de l'Algérie, un jeune officier juriste, Guy Rossi, prend ses fonctions auprès du colonel Duplan. La machine des pouvoirs spéciaux et de la torture institutionnalisée se met en route. Elle fera du jeune juriste un bourreau et elle rattrapera Duplan quarante ans plus tard.
Thomas Vlassenroot, jeune Luxembourgeois, a combattu en Kabylie dans la Légion étrangère française pendant la guerre d'Algérie. En 1961, après le putsch des généraux et alors que l'OAS tentait de conserver l'Algérie à la France, Thomas a déserté et s'est réfugié à Alger chez son amie Maria. Son lieutenant, passé à l'OAS, lui propose de participer à une opération de commando : il s'agit d'enlever une avocate, Dominique Servet, venue défendre deux révolutionnaires algériens. En paiement, Thomas recevra assez d'argent pour rentrer au Luxembourg. L'enlèvement est mené à bien, avec l'aide d'un pied noir, Amério. Dominique est incarcérée en compagnie d'un autre prisonnier, Félicien, sous la garde d'Amério et de Thomas. Celui-ci, apitoyé par la jeune femme, l'aide à s'échapper après avoir abattu Amério.
Paris, été 1960. Michel doit bientôt partir en Algérie pour le service militaire. En attendant, il est machiniste à la télévision et fait la connaissance de Liliane et Juliette, deux amies inséparables comme des amandes « philippines ». Michel songe à ses derniers jours de liberté, quitte son travail et part en vacances sur les routes de Corse où les deux filles décident de le rejoindre.
Atteint d'un cancer du poumon, un officier de la marine nationale française se voit confier un ultime commandement après l'avoir expressément réclamé, celui de l'escorteur d'escadre Jauréguiberry dont c'est également la dernière mission avant son désarmement. Il est chargé de l'assistance et de la surveillance de la grande pêche sur les bancs de Terre-Neuve. Le commandant mène aussi une quête personnelle, enracinée dans les guerres coloniales françaises depuis un évènement sur le Mékong en 1948 : croiser une dernière fois un homme qu'il a connu, devenu patron d'un chalutier. Le déroulement du film révèle qu'il avait donné sa parole à cet homme, parole qu'il n'avait pas pu tenir en raison de divers événements politiques. On peut supposer que, durant toute sa vie qui maintenant s'achève, il a souffert de ce manquement.