Il y a 5 000 ans, des tribus libres d'Égypte ont résisté contre les armées d'un tyran sanguinaire et invincible, l'impitoyable Memnon, conseillé par Cassandre, une prophétesse aux prémonitions infaillibles. Les chefs des tribus font appel au guerrier akkadien Mathayus.
En 1625, Louis XIII règne sur le Royaume de France. Le cardinal-duc de Richelieu profite de son influence sur le Roi pour s'emparer progressivement du pouvoir. Avec l'appui de Fèbre, son machiavélique homme de main, il évince les mousquetaires de Louis XIII et les fait remplacer par sa garde personnelle.
Paris, 1662. Athos, Porthos et Aramis sont désormais à la retraite. Seul D'Artagnan est encore au service des mousquetaires du roi Louis XIV. Or, ce dernier est un monarque au caractère froid et impitoyable, se préoccupant davantage des frivolités de la Cour que de la misère de son peuple. Afin de mieux séduire Christine, la fiancée de Raoul, le fils d'Athos, le roi n'hésite pas à envoyer le jeune homme à la guerre où ce dernier trouve la mort. Les trois anciens mousquetaires décident alors de se venger du souverain. Pour ce faire, Aramis a fomenté un plan.
« Si tu ne viens pas à Lagardère, Lagardère ira à toi ! » : tel est le serment lancé par Lagardère au comte de Gonzague, qui a assassiné son ami, le duc de Nevers, pour capter la fortune de son riche cousin.
Au XVII siècle dans les Caraïbes, une pirate du nom de Morgan Adams (Geena Davis) essaie de sauver son père Harry le Noir. Ce dernier est aux mains de son oncle, pirate lui aussi, nommé Dawg. Morgan n'empêche pas le meurtre de son père mais hérite de celui-ci un morceau d'une carte indiquant où se trouve le trésor amassé par son grand-père jadis.
L'histoire se déroule au XVIII siècle, dans les Highlands. Robert MacGregor, dit Rob Roy, chef d'un clan de deux cents villageois, a été escroqué et volé par l'intendant du marquis de Montrose. C'est alors que débute sa lutte contre une aristocratie félonne et corrompue.
En automne 1654, la jeune et fougueuse Éloïse, fille de l'héroïque capitaine gascon d'Artagnan, digne de son père au maniement de l'épée, assiste dans son pensionnat-couvent au meurtre de la mère supérieure par l'odieux duc de Crassac et la femme en rouge, Églantine de Rochefort, qui se livrent à la traite des Noirs de l'Afrique vers les Amériques et au commerce du café. Elle croit deviner un complot contre le jeune roi Louis XIV et court vers Paris demander de l'aide à son père et avertir le jeune roi et son premier ministre, le cardinal Mazarin.
Avec la bénédiction de son père, le jeune D'Artagnan quitte sa Gascogne natale. Il part à Paris, afin d'intégrer la célèbre compagnie des Mousquetaires du roi. Or, une fois dans la capitale, il apprend la triste nouvelle : le cardinal de Richelieu vient de dissoudre la célèbre garde. Mais trois hommes, répondant aux noms de Athos, Porthos et Aramis subsistent et s'organisent contre Richelieu, très vite rejoints par D'Artagnan. Ensemble, ils vont tenter de déjouer le complot contre le roi, ourdi par le fourbe cardinal et son âme damnée, la perfide Milady de Winter.
En Angleterre, en l'absence du roi Richard Cœur de Lion, retenu prisonnier en Autriche, au retour de la troisième croisade, le shérif de Nottingham règne en tyran sur l'Angleterre, aidé par son cousin Guy de Gisbourne et de la sorcière Mortianna, ainsi que du corrompu évêque de Hereford. Lors de son retour en Angleterre aux côtés d'Azeem, évadé avec lui des geôles de Terre sainte, Robin revient au château de son père, mais ce dernier a été tué par les hommes du shérif après avoir refusé de se joindre à eux. Robin jure alors de le venger. Il retrouve également sa cousine, Lady Marianne, qui dans un premier temps, ne le reconnait pas, avant de devoir s'enfuir devant les hommes du shérif avec qui il a eu maille à partir en défendant un enfant qui braconnait.
Au XII siècle, en Angleterre. Le seigneur normand Folcanet et ses hommes exercent leur tyrannie sur les Saxons en l'absence du roi Richard, parti en croisade. Robert Hode, comte de Huntingdon, va organiser la résistance avec un groupe de Saxons rebelles cachés dans la forêt. Il se fera appeler Robin des Bois.
À Paris, en 1649, la Fronde gronde contre le Cardinal Mazarin, premier ministre de la régente Anne d'Autriche. Mazarin demande à D'Artagnan de rallier à sa cause les trois mousquetaires Athos, Porthos et Aramis. Porthos, désormais veuf, est ravi de renouer avec les aventures.
Pendant la Première Révolution anglaise, en 1649, Charles II et ses Cavaliers tentent de reprendre le pouvoir à l'infâme Cromwell. Au cours d'une expédition de reconnaissance en Angleterre, alors qu'il est pris en chasse par un parti de têtes rondes, il confie sa bague à Lucius Vyne afin qu'il puisse se faire reconnaître s'il a besoin d'aide, puis ils échangent de chapeau pour égarer leurs poursuivants. Charles et le cousin de Lucius, le duc Lord Richard Vyne, prennent le bateau pour la France et Lucius Wyne perd les têtes rondes dans une carrière au pied d'une falaise de craie.
En 1672. Perdus au beau milieu de l'Atlantique sur un radeau de fortune après le naufrage de leur navire, le capitaine Red et son comparse La Grenouille sont recueillis par un galion espagnol, le Neptune, commandé par Don Alfonso Felipe Salamanca de la Torré. Immédiatement enfermés à fond de cale, ils découvrent dans les soutes du navire un trône en or massif du roi Inca Capatec Hanahuac : le capitaine Red ne pense plus qu'à une chose, s'en emparer ! Il fomente donc une mutinerie dans l'équipage en convainquant les marins des mauvais traitements que leur font subir leurs officiers et réussit à s'emparer du galion.
Un enfant, Frédéric, avait été placé en apprentissage auprès d'une bande de pirates au bon cœur. Son sens aigu du devoir le pousse à rester fidèle à ces pirates jusqu'à la fin de son apprentissage, à 21 ans, alors que sa morale réprouve ce mode de vie. À 21 ans, libéré de ses obligations, il les quitte, se jurant de les exterminer en rédemption de tous les mauvais actes qu'il avait été amené à accomplir à leurs côtés. Mais le chef des pirates découvre une ambigüité dans le contrat d'apprentissage de Frédéric : celui-ci précise qu'il doit rester en apprentissage jusqu'à son 21e anniversaire et non jusqu'à ses 21 ans. La différence est de taille pour Frédéric, vu que celui-ci est né un 29 février, ce qui le pousse à rester au service des pirates 63 ans de plus…