Clarissa « Clary » Fray, quinze ans, est une jeune adolescente qui vit à New York. Lors d'une soirée dans un club new-yorkais, le Pandemonium, elle découvre un spectacle effrayant : trois personnes habillées en noir tuent une autre personne. Quand sa mère disparaît, capturée par de ténébreuses créatures, Clary découvre le monde des Chasseurs d'Ombres et des Créatures Obscures telles que les vampires, les loups-garous et les démons. Accompagnée de Jace et d'autres Chasseurs d'Ombres de l'Institut, Clary va tenter de comprendre ce monde particulier et de sauver sa mère, découvrant au fil du temps des révélations de plus en plus surprenantes.
Thomas Dagget est inspecteur de police après avoir failli devenir prêtre. Il a perdu la foi après avoir eu des visions d'anges se faisant la guerre. Dagget commence une enquête sur le corps d'un homme qui a été retrouvé et ne semble pas humain (il est hermaphrodite et certains organes sont absents). Parmi ses effets personnels, il trouve un chapitre inconnu de l'Apocalypse qui parle d'une révolte de certains anges qui n'acceptent pas que l'homme soit élevé plus haut qu'eux. Ces anges, dont le chef est Gabriel, cherchent une âme particulière qui pourrait leur faire gagner leur guerre. Simon, un ange resté fidèle, a caché cette âme dans le corps d'une fillette, Mary, et Gabriel et Dagget se lancent chacun de leur côté à sa recherche. C'est Katherine, sa maîtresse de classe, qui a recueilli Mary, laquelle commence à être possédée par l'âme qui lui a été implantée.
Une bataille se joue entre Dieu et Lucifer et, tant que cette guerre dure, les âmes ne peuvent quitter le corps des morts. Ainsi, Gabriel descend sur Terre afin de chercher des combattants tandis que Dieu envoie Simon pour l'arrêter. Il va être aidé par un prêtre devenu policier.
Danyael Rosales, fils de l'ange portant le même prénom et d'une humaine, est un prêcheur des rues qui est recherché par des anges renégats mais est protégé par Gabriel, un ancien ange désormais humain qui fait pénitence pour ses mauvaises actions passées.
Allison est désormais la protectrice du manuscrit. Une fois encore, une bande d'anges renégats arrive sur Terre pour détruire l'humanité et reprendre le manuscrit....
Gabriel retourne sur Terre pour empêcher la naissance d'un enfant, fruit des amours d'un ange et d'une humaine, qui a été prophétisée par Thomas Dagget et qui doit mettre fin à la guerre entre les anges. Valerie Rosales fait la rencontre de l'ange Danyael en le renversant avec sa voiture et tombe sous son charme. Elle est enceinte peu de temps après. Danyael et Valerie vont devoir défendre l'enfant à naître contre Gabriel et ses anges renégats.
Alors que le combat entre le Paradis et les Enfers continue, la jeune Allison est amenée à protéger un ancien manuscrit d'une bande d'anges renégats. Dans un même temps, un nouvel ennemi fait son apparition sur Terre....
Pendant la Seconde Guerre mondiale, alors que son bombardier Lancaster est en feu au dessus de la Manche, le commandant Peter Carter envoie un ultime message à la tour de contrôle. June, une jeune Américaine de garde cette nuit-là, est la dernière voix qu'il entendra avant le crash.
Celine, la fille du patron, est enlevée par un technicien de surface (Robert) qui vient d'être licencié, que sa petite amie vient de quitter et qui écrit un roman auquel personne ne croit.
Joshua Beal (Joseph Cross), dit Josh, étudie à la Weldron Mercy Academy, une école catholique privée réservée aux garçons. Après la mort de son grand-père (Robert Loggia) et malgré les dires de ses proches, Josh se convainc qu'il doit trouver Dieu. Pour réussir sa mission, il est aidé par Dave, un de ses meilleurs amis.