À une époque où les monstres parcourent la Terre, et alors que l’humanité lutte pour son avenir, Godzilla et King Kong, les deux forces les plus puissantes de la nature, entrent en collision dans une bataille spectaculaire inédite. Alors que Monarch se lance dans une mission périlleuse en terrain inconnu, et qu’il découvre des indices sur les origines des Titans, un complot humain menace d’éradiquer ces créatures – qu’elles soient bonnes ou mauvaises – de la surface de la planète.
Depuis les premières apparitions de monstres géants, la Terre s'est dotée d'une force armée spécialement entraînée pour lutter contre cette nouvelle menace, dont le fer de lance est une équipe de mutants. Un jour cependant, diverses créatures attaquent de façon simultanée les grandes capitales et l'armée se retrouve totalement dépassée. Un vaisseau spatial apparaît alors et fait disparaître tous les monstres. À son bord, des extraterrestres de la planète X qui viennent prévenir les terriens qu'une comète géante est sur le point de rentrer en collision avec la Terre. Godzilla, libéré de sa prison de glace, n'a d'autre choix que d'affronter les aliens, mais un ennemi plus fort que tous les autres apparaît sur Terre : Monster X, qui deviendra Keizer Ghidorah. Godzilla doit stopper le dragon tricéphale ainsi que le météore.
Des bateaux disparaissent mystérieusement sur les côtes du Japon. Steve Martin, un reporter américain, décide d'enquêter sur l’affaire. Au même moment, les insulaires de la petite île Odo redoutent la colère de Godzilla, un monstre marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Leur village est complètement détruit. Le professeur Yamane découvre des traces de radioactivité dans le sol et en conclut que le monstre a été irradié par l'arme atomique...
En 1912, un œuf de ptérodactyle, vieux de 136 millions d'années, conservé dans une vitrine du Jardin des Plantes, a éclos et la créature s'envole dans le ciel, semant la terreur dans Paris. Une jeune romancière-détective, Adèle Blanc-Sec mène une enquête qui la mène jusqu'à l'Égypte. La jeune femme veut en effet tout faire pour sortir de son état végétatif sa sœur victime d'un improbable accident de tennis (lors d'une chute, son aiguille à chapeau lui a transpercé la tête), et, pour cela, elle cherche à ressusciter le médecin momifié d'un pharaon. Dans cette épopée fantastique et quelque peu loufoque, elle va rencontrer des ennemis, mais aussi de nombreux amis.
Pendant trois cent mille ans, les Néandertaliens ont occupé l'Europe, mais leur espèce tend à disparaître : elle ne compte qu’un seul représentant, Ao. Son clan ayant été anéanti par des Homo sapiens, Ao commence à errer, sans cesse poursuivi par la vision de son frère Oa et décidé à revenir dans son vieux clan paternel. Il est capturé par une tribu d’Homo sapiens hostiles et fait la connaissance d’Aki, une femme Homo sapiens prisonnière. Tous les deux réussissent à s'échapper et avec le temps, après la méfiance et la suspicion que la femme avait initialement éprouvé envers cet homme différent, Ao et Aki commencent à se connaître et à se comprendre. À la fin Ao découvre qu'il est le dernier des Néandertaliens, mais il lui reste sa compagne, Aki, et les fruits de leur amour : sa petite fille et un nouvel enfant qui s’annonce.
Trois vaisseaux spatiaux soviétiques partent pour Vénus. Un seul arrive à se poser sur la planète. Tandis qu'une femme reste en orbite afin de faire la liaison avec la terre, cinq cosmonautes, accompagnés d'un robot, vont de surprise en surprise : animale, végétale, la vie y est présente, avec son lot de dangers imprévisibles. Alors qu'ils rencontrent d'étranges créatures, survient une gigantesque éruption volcanique.
Godzilla est libéré accidentellement d'un iceberg par un sous-marin nucléaire et se dirige vers Tokyo. Une expédition découvre l'île de Faro où vit une tribu indigène vénérant le dieu Kong. Après de nombreuses péripéties, l'expédition ramène King Kong au Japon mais il réussit à s'échapper. Il se met à détruire Tokyo. Les militaires construisent un barrage de pylônes électriques à haute tension mais il résiste, car il absorbe l'électricité. Il est donc invulnérable. De son côté, Godzilla reste indestructible mais montre une vulnérabilité à l'électricité. Les autorités dépassées décident d'opposer les deux monstres. Ils capturent King Kong et l'amènent au mont Fuji où se trouve Godzilla. Les deux monstres s'affrontent. King Kong subit les attaques de Godzilla jusqu'à ce que, lors d'un orage, la foudre lui redonne la force de combattre. Il électrocute Godzilla qui tombe et disparaît sous les flots tandis que King Kong retourne vers son île, Faro. Finalement, Godzilla se relèvera des flots et se dirigera vers Tokyo.
Kenaï, après avoir choisi de rester sous la forme d'un ours à la fin de "Frère des ours", vit maintenant paisiblement avec Koda le jeune ourson dans la forêt. Nita, une jeune femme amie d'enfance de Kenaï est prête à se marier. Mais lors de ce mariage, les esprits interviennent. Nita va voir la shaman du village, qui l'informe que l'amulette que lui a offerte Kenaï, il y a des années, les relie, et que pour briser ce lien et se marier, elle doit détruire l'amulette. Elle se met donc en quête pour retrouver son ami...
À la fin du XIX siècle, aux États-Unis, un groupe de cow-boys découvre et part explorer une mystérieuse vallée peuplée de créatures préhistoriques (animées par Ray Harryhausen), notamment un Eohippus, un Styracosaurus, un Ptéranodon (appelé "pterodactyle") et un Ornithomimus. Après de nombreuses péripéties, les aventuriers parviennent à capturer au lasso un Allosaurus nommé Gwangi et le ramènent en ville dans une cage improvisée et l'exposent dans un cirque. Mais le dinosaure parvient à s'échapper, se bat contre un éléphant et sème la panique jusqu'à ce que l'on parvienne à l'enfermer dans une cathédrale où il meurt au cours d'un incendie.
Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...
Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour chasser King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.
Un voyage sans précédent à travers le temps pour découvrir l'histoire incroyable des plus grands dinosaures du monde, de leur apparition à leur extinction, et des découvertes paléontologiques les plus impressionnantes. Créées en collaboration avec les meilleurs scientifiques, des images de synthèse à couper le souffle donnent vie aux animaux les plus extraordinaires : Tyrannosaurus Rex, Giganotosaurus, Argentinosaurus et bien d'autres...
Des mineurs sont attaqués dans un chantier près du Mont Aso. Les policiers envoyés les chercher sont retrouvés déchiquetés. On identifie les coupables : des Meganulons, des larves de libellules préhistoriques géantes. Un des mineurs est retrouvé amnésique et en état de choc ; il déclare avoir vu un œuf géant éclore dans les mines. Quelque temps plus tard des avions sont détruits par un mystérieux objet volant...
Ne voyant pas son papa revenir de voyage, Petit Pied, accompagné de ses fidèles amis, Céra, Becky, Pétri et pointu décident de partir tous ensemble à sa recherche mais seront confrontés a un dent tranchante a corne redoutable…