En 1943, sœur Luce (Céline Sallette) est une religieuse dévote, servant comme infirmière dans un hôpital de Périgueux (Dordogne). Sa vie est ébranlée quand elle tombe amoureuse de Martial (Éric Caravaca), un résistant, ancien aumônier devenu athée. Cependant Martial trahit ses sentiments. Désespérée, Luce dénonce son groupe à la Kommandantur.
Le 21 octobre 1941, trois militants des jeunesses communistes abattent un officier allemand dans le centre de Nantes. En représailles, Hitler exige aussitôt l'exécution de cent cinquante otages français. À Paris, le général Otto von Stülpnagel tente de négocier le nombre des exécutions et demande à l'officier Ernst Jünger, par ailleurs écrivain, de noter le cours des événements. À Châteaubriant, en Loire-Atlantique, le sous-préfet Lecornu est chargé de désigner les otages qui seront fusillés au sein des prisonniers politiques internés au camp de Choisel. Parmi eux, l'adolescent Guy Môquet, 17 ans.
1940. La France vient de perdre la drôle de guerre et les Allemands entrent dans Paris, installant leurs QG dans les différents Palaces de la ville. Bien contre son gré Maxime Verdier, le directeur du Royal Palace, doit supporter cette occupation et met tout son personnel à la disposition de "D'Artagnan" dont le réseau de résistants récupère des informations dans tous les Palaces occupés. Cela, pendant que Marion Verdier, sa fille, multiplie les 400 coups pour mener la vie dure aux Allemands et que son frère François, qui collabore, vient passer le réveillon de Noël au Royal Palace avec son groupe, ce qui n'arrange pas Maxime Verdier ni leur mère à tous deux, Hortense. Commence alors un chassé-croisé ahurissant et drôle, les Allemands cherchant à découvrir qui se cache sous le nom de code D'Artagnan et les Français à récupérer la machine à coder Enigma sur ordre des Alliés, et où tout le monde n'est pas forcément ce qu'il prétend être alors que le Führer est annoncé pour le soir du réveillon de Noël.
Deux jeunes Alsaciennes, Alice et Lisette, sont incorporées de force pour fabriquer des obus dans une usine allemande. Soupçonnées de sabotage, elles sont déportées dans un établissement de Lebensborn. Elles y servent d'aide ménagère. Aryenne, Lisette est violée par un SS allemand dans le cadre d'un programme nataliste. Alice échappe à ce traitement car elle est brune et ne correspond pas aux critères racistes de sélection. Lisette enceinte et Alice réussissent à s'enfuir. Lisette accouche d'une fille dans un couvent et se suicide. Alice adopte l'enfant et se marie avec un officier allemand bienveillant.
L'aventure d'un secouriste de dix-neuf ans, plus intéressé par son amoureuse que par la guerre. Il monte au maquis pour impressionner la jeune fille, mais se retrouve rattrapé par les évènements. Au milieu d'un groupe de jeunes maquisards, il passe de l'adolescence à l'âge adulte, découvrant de plein fouet l'amour et la survie.
Durant la Seconde Guerre mondiale, dans Paris occupé par l'ennemi, le jeune Algérien Younes est appréhendé par la police française parce qu'il pratique le marché noir. Mais au lieu de l'incarcérer, la police lui demande d'espionner les faits et gestes de Si Kaddour Benghabrit, recteur de la Grande Mosquée, soupçonné de procurer de faux papiers aux résistants et aux Juifs. C'est dans ces circonstances qu'Younes fait la connaissance du chanteur Salim Halali, un juif algérien qui se fait passer pour un musulman. Impressionné par la voix et le charisme de Salim, Younes se prend d'amitié pour lui et cette rencontre change sa vie. Non seulement il renonce à la mission confiée par la police, mais s'élève spirituellement et devient un fervent défenseur des libertés.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, une autre « guerre » sévit entre deux clans d'enfants des villages de Longeverne et Velrans (noms fictifs), dans la Haute-Loire. L'enjeu est d'obtenir le plus grand nombre de boutons possible de l'autre camp. Violette, une jeune fille juive, est protégée par la mercière du village à la demande de ses parents déportés. Mystérieuse sur ses origines, la jeune fille ne tarde pas à être démasquée. Lebrac, le chef des Longeverne, tombe amoureux de Violette.
À la fin des années 1970, quand il est accusé par une interview dans L'Express d'être responsable de la tristement célèbre rafle du Vélodrome d'Hiver, le passé rattrape René Bousquet, ancien secrétaire général de la police du régime de Vichy reconverti dans la finance. Pendant quinze ans, il tente de se défendre d'avoir commis un crime contre l'humanité, avec l'aide de ses proches et surtout de ses relations bien placées.
Quelques mois après la débâcle française, le lieutenant Pierre Mendès France est conduit à la prison de Clermont-Ferrand. Arrêté au Maroc comme déserteur, le député de l'Eure prépare sa défense avec ses avocats, expliquant pourquoi il a quitté le pays (affaire du Massilia). En juin 1940, désespéré de ne pas avoir reçu de mission sur le front, il se rend au ministère de la Guerre, où il a l'ordre de rejoindre Mérignac, près de Bordeaux...
Ce film évoque l'arrestation par des policiers français, le 16 juillet 1942 et leur détention au Vélodrome d'Hiver, dans des conditions épouvantables, des treize mille cent cinquante-deux victimes de la rafle du Vél' d'Hiv', avant leur déportation, au bout de quelques jours, vers le camp de transit de Beaune-la-Rolande (Loiret) puis le camp d'extermination d'Auschwitz-Birkenau.
Julia, une journaliste américaine vivant à Paris dans les années 2000, prépare un article lié à la rafle du Vél' d'Hiv' et recherche les traces d'une petite fille juive déportée en 1942 lors de cette rafle, Sarah.
Paris 1944. Jeanne Devère, femme libre, s’est engagée aux côtés de son mari dans la résistance. Elle écrit dans le journal clandestin Action, que son amant Marc Hétier distribue en risquant sa vie. Victor Devère et d’autres membres du réseaux, vont être arrêtés, puis, pour certains d’entre eux déportés et tués. Jeanne apprend alors que c’est son amant qui les a dénoncés… Elle n’a plus qu’une idée en tête, celle de se venger. Jeanne Devère continue à écrire, mais un roman cette fois, pour raconter son histoire.
En juillet 1942, la France met en œuvre des rafles à l'encontre des Juifs. Un enfant prend la fuite en pleine nuit, il trouve refuge à la mosquée de Paris. Les SS qui assistent l'opération ne veulent pas de fuite et se décident à traquer tous les fuyards, ils vont mettre au jour un réseau d'entraide mis en place à la mosquée de Paris, les musulmans aident les Juifs et ils ne vont pas laisser passer cela.