Juillet 1943, à Saint-Martin. Dans ce petit village enneigé des Alpes, en pleine Seconde Guerre mondiale, Sébastien (Félix Bossuet), un enfant de 8 ans orphelin et solitaire, rencontre et apprivoise une chienne abandonnée, soupçonnée par les villageois de tuer leurs moutons. Il la nomme Belle, alors que les bergers l'appellent « la bête » et essayent de s'en débarrasser.
Ce film évoque l'arrestation par des policiers français, le 16 juillet 1942 et leur détention au Vélodrome d'Hiver, dans des conditions épouvantables, des treize mille cent cinquante-deux victimes de la rafle du Vél' d'Hiv', avant leur déportation, au bout de quelques jours, vers le camp de transit de Beaune-la-Rolande (Loiret) puis le camp d'extermination d'Auschwitz-Birkenau.
L'action du film se situe en France pendant la Seconde Guerre mondiale. Héléna Bourdelle, dite « La Bourdelle », est une grande cantatrice et l'épouse du maestro André Bourdelle. Ce dernier, engagé dans la Résistance française, est tué par l'explosion d'une grenade. À la suite de la défaite des armées françaises, la famille Bourdelle voit très vite son hôtel particulier investi par les forces allemandes. Se plaignant à la Kommandantur des excès commis, M Bourdelle, ses filles et leur locataire Michel Taupin aident par hasard un soldat britannique à s'évader et sont ensuite obligés de le cacher chez eux.
Depuis que la moitié Nord de la France a été envahie par les nazis, les Parisiens passent leurs soirées dans les salles de spectacles, pour ne pas avoir froid. Marion Steiner ne pense qu'aux répétitions de la pièce qui va être jouée dans son théâtre, le théâtre Montmartre, dont elle assure la direction à la place de son mari juif. Tout le monde pense que Lucas Steiner a fui la France. En réalité, il s'est réfugié dans les sous-sols du théâtre. Chaque soir, Marion lui rend visite et commente avec lui le travail des comédiens, notamment celui du jeune premier de la troupe, Bernard Granger. Très vite, Lucas comprend, simplement en écoutant les répétitions depuis sa cachette, que sa femme est tombée amoureuse de Bernard Granger. Ce dernier, engagé dans la Résistance, sera le seul de la troupe à aider Lucas lors d'une perquisition de la Gestapo. La pièce est un succès mais le théâtre connaît des jours difficiles, du fait de la jalousie d'un critique de théâtre antisémite et hargneux. Alors que la France est libérée par les Alliés, Marion continue sa vie de comédienne, entre son mari, désormais réhabilité et acclamé, et Bernard.
Alternant les époques, le film explore un secret de famille et l'histoire d'une passion, à travers le voyage intérieur de Philippe (l'auteur du livre), un enfant solitaire qui s'invente un frère et s'imagine, en le magnifiant, le passé de ses parents.
Julia, une journaliste américaine vivant à Paris dans les années 2000, prépare un article lié à la rafle du Vél' d'Hiv' et recherche les traces d'une petite fille juive déportée en 1942 lors de cette rafle, Sarah.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, une autre « guerre » sévit entre deux clans d'enfants des villages de Longeverne et Velrans (noms fictifs), dans la Haute-Loire. L'enjeu est d'obtenir le plus grand nombre de boutons possible de l'autre camp. Violette, une jeune fille juive, est protégée par la mercière du village à la demande de ses parents déportés. Mystérieuse sur ses origines, la jeune fille ne tarde pas à être démasquée. Lebrac, le chef des Longeverne, tombe amoureux de Violette.
Dans la France occupée, Maurice et Joseph, deux jeunes frères juifs, sont envoyés par leurs parents dans la zone libre et font preuve de malice, de courage et d’ingéniosité pour échapper aux occupants et tenter de réunir à nouveau leur famille.
1944 : Justine est arrêtée tandis que sa sœur Juliette devient la maîtresse du colonel S.S Erik Schorndorf. Justine est déportée à la "Commanderie", en compagnie d'autres jolies filles, pour être les instruments de plaisir des chefs S.S.
1940, en France occupée par l'Allemagne. Après la défaite de mai-juin 1940, Lucille Angellier attend des nouvelles de son mari, Gaston, retenu prisonnier en Allemagne. Elle vit avec sa belle-mère dans la plus belle maison bourgeoise d'une bourgade du centre de la France. Dès l'arrivée des Allemands, le jeune lieutenant Bruno von Falk, homme de culture et musicien, y est logé. Petit à petit, Lucille se trouve attirée vers lui.
En juin 1940, à l'hôtel Splendid de Bordeaux sont réunis ministres, journalistes, grands bourgeois, demi-mondaines et espions de tous bords. Là, un jeune homme devra choisir entre une célèbre actrice et une étudiante passionnée, entre les politiques et les voyous, entre l'insouciance et l'âge adulte.
En août 1944, le colonel von Waldheim fait évacuer les tableaux de maîtres de la Galerie nationale du Jeu de Paume pour les envoyer en Allemagne. Paul Labiche, un cheminot résistant, est chargé de conduire le train transportant ces objets d'art. Avec l'aide de ses compagnons résistants, il va faire en sorte que le train et les tableaux n'arrivent jamais à destination.
Durant l'hiver 1943-1944, dans la France occupée. Julien qui a 12 ans, fils d'une famille bourgeoise, est pensionnaire au petit collège Saint Jean de la Croix, tenu par les pères carmes. Il retrouve le chemin de l'école sans joie après les vacances de Noël, pour le deuxième trimestre. Une rentrée presque comme les autres jusqu'à ce que le père Jean vienne présenter trois nouveaux élèves. L'un d'entre eux, le jeune Jean Bonnet, est le voisin de dortoir de Julien.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, le conflit entre les deux branches, l'une française et l'autre allemande, dont est issue une famille argentine, sur fond de nazisme et d'occupation de Paris.
Dans la nuit du 24 au 25 août 1944, le général Dietrich von Choltitz s'apprête à faire sauter la ville de Paris sur ordre d'Adolf Hitler. Raoul Nordling, un consul suédois, rencontre le général à l'hôtel Meurice pour tenter de le dissuader d'exécuter cet ordre.