Au XVII siècle dans les Caraïbes, une pirate du nom de Morgan Adams (Geena Davis) essaie de sauver son père Harry le Noir. Ce dernier est aux mains de son oncle, pirate lui aussi, nommé Dawg. Morgan n'empêche pas le meurtre de son père mais hérite de celui-ci un morceau d'une carte indiquant où se trouve le trésor amassé par son grand-père jadis.
Au XVIII siècle, une bande d'individus venus d'horizons différents, parmi lesquels un méchant pirate, une aristocrate joueuse ainsi qu'un chirurgien, entament un périple en bateau à la recherche d'un trésor. Pour chacun, l'ambition secrète de s'emparer du trésor ; mais la soif de l'or nuit gravement à la santé.
Dans un orphelinat qui ressemble à un bagne, un jeune garçon rêve du pirate Black Mór, dont un professeur raconte la vie au lieu d'apprendre aux orphelins la morale et la religion. L'enfant a eu le temps de récupérer une étrange carte.
Jack Carlisle est un garçon désabusé vieux de 13 ans. Sa mère est toujours loin au travail depuis que son père a quitté. Il décide de fuir, comme sa mère ne lui manquer. Comme il est prêt à partir, sa nourrice, le convainc de lire ce « livre magique ». Le livre est-il une aventure de pirates sur l'île magique. Comme Jack lit le livre, il est aspiré dans le monde et se poursuit de nombreuses aventures avec le prince Morgan, en fuyant le mal Blackbeard le pirate. Il est même sauvé par Lily, une belle sirène, dont il tombe amoureux.
Le Comte Dakkar, un scientifique et dirigeant bénévole qui a ôté toute distinction de classe sociale parmi les habitants de l'île, gouverne sur une île volcanique proche du royaume Hetvia. Dakkar, sa fille Sonia et son fiancé, l'ingénieur Nicolai Roget, ont dessiné un sous-marin que Roget pilote. Jusqu'au jour où l'île est envahie par le Baron Falon, gouverneur despotique d'Hetvia. Falon poursuit Roget dans un second sous-marin. Les deux équipages découvrent sous les fonds de l'océan un étrange pays peuplé de dragons, de calamars géants et d'une étrange race humanoïde encore inconnue.
Durant la guerre civile américaine, des soldats de l'Union s'enfuient à bord d'un ballon d'un fort où ils étaient prisonniers ; par un concours de circonstances, un soldat sudiste se retrouve avec eux dans la nacelle. Ne sachant comment piloter l'engin, ils partent à la dérive, portés par les vents violents d'une gigantesque tempête. Ils finissent par s'échouer sur une île qui semble déserte. Bientôt, deux autres naufragés les rejoignent et, alors que la vie commence à s'organiser, ils font connaissance avec les créatures qui peuplent l'île : un crabe, des guêpes, des oiseaux..., mais tous d'une taille démesurée !
Tandis que la guerre de Sécession fait rage, cinq hommes se retrouvent derrière les barreaux à Lincoln, et ne doivent leur salut qu'au serviteur émancipé de l'un d'eux, Nab, qui organise une révolte des esclaves pour sauver son maître et ses compagnons d'infortune. Les hommes s'évadent de leur prison grâce à une montgolfière mais une tempête gigantesque éclate alors qu'ils sont en vol. Après avoir parcouru des distances inouïes, la toile se déchire, le ballon perd de l'altitude, et ils risquent de s'abîmer en mer. Le délestage ne sert plus à éviter la catastrophe. Le ballon s'échoue, mais heureusement, une terre est en vue.
À l'extérieur d'une prison confédérée de Virginie, la nuit tombe, une tempête se prépare et cinq individus qui n'ont rien en commun - outre le désir de s'échapper - préparent leur évasion. Le groupe est hétéroclite. Il comprend le capitaine unioniste Cyrus Smith ; Neb, un esclave afro-américain; Jane Spillet, une infirmière qui a perdu son mari; sa fille adolescente Helen ainsi que Pencroff et LeMay, deux soldats confédérés prêts à tout pour fuir le camp. Emportés au loin dans une montgolfière portée par les vents violents d'un orage, ils échouent sur une île du Pacifique qui à première vue, semble tout ce qu'il y a de plus paisible. Au cœur de cette jungle étrange, ils se retrouvent bientôt faibles, affamés et craignant pour leur survie. C'est alors qu'un étrange individu leur porte secours, le capitaine Nemo qui habite cette île afin de se livrer à d'étranges expériences.
Le journaliste Blair Maynard enquête sur les mystérieuses disparitions de bateaux dans le célèbre triangle des Bermudes. Assurant la garde de son fils lors d'un week-end, avec qui il entretient des rapports compliqués, il se rend à bord d'un vieux coucou sur l'île de Navidad, lieu proche des derniers signes de vie des navires disparus. Ils font la connaissance du docteur Windsor qui leur offre l'hospitalité. Ils sont rapidement attaqués par des pirates et emmenés sur leur île, où la population, coupée du monde, vit encore comme au XVII siècle.
Jim Hawkins est seul avec sa mère dans l'auberge de la famille depuis la mort de son père. Ils reçoivent un hôte étrange qui meurt devant eux, en possession d'un anneau coupé en deux et surtout de la carte d'une île où un trésor est caché, ce qui attire la convoitise de diverses sortes de gens : le nobliau du lieu, le médecin qui aspire aussi à épouser la mère de Jim, des pirates, et une jeune fille en possession elle-même de l'autre moitié de l'anneau. Tout ce beau monde s'embarque pour l'île, sans bien savoir qui est qui, ce qui réserve bien des surprises aux divers personnages.
Au XVIe siècle. Nadir El Krim, qui se prétend astrologue, vagabonde de château en château à la recherche de l'homme qui causa autrefois la perte de sa famille. Il réussit à se faire inviter à la cour du baron Alfonso grâce à Angela, la nièce de celui-ci, curieuse d'entendre la bonne aventure. La jeune femme est promise au capitaine de la garde, qu'elle déteste.Déguisé en troubadour, le corsaire Nadir El Krim s'introduit dans le château du baron de Camerlata pour kidnapper la duchesse Catherine. Angela, nièce du baron, fiancée contre son gré à l'ignoble chef des gardes Carmina, prend la place de celle-ci. Sur son bateau, Nadir révèle ; à celle qu'il croît être la Duchesse, qu'il est en réalité Paul de Vallenera et qu'il cherche à se venger de Carmina qui ruina jadis sa famille. Alors que le siège du château se poursuit, le frère de Nadir est tué peu avant que les corsaires arrivent à s'en emparer.
Au XIV siècle, en Europe. La vie du jeune Klaus Störtebeker, le fils d'un pêcheur, bascule de manière dramatique lorsque ses parents sont tués par l'impitoyable clan Wallenrod. Depuis ce jour, le garçon décide de faire régner la justice contre le despotisme. Quelques années plus tard, Störtebeker retrouve son amour d'enfance, Elisabeth. Sa joie de la revoir retombe rapidement lorsqu'il apprend qu'elle va être mariée de force à son principal ennemi, Simon de Wallenrod.
Dans la Vallée des fées (Pixie Hollow en VO) que dirige la reine Clarion, naît la Fée Clochette. Désignée par la magie des lieux comme une fée « bricoleuse », elle souhaite aller dans l'autre monde, celui des humains. Mais la règle de la vallée n'autorise à s'y rendre que les fées de la nature : les fées des eaux, des jardins, des animaux, de la lumière et voltigeuses. À l'image de ses amies Rosélia (Rosetta en VO), fée des jardins, Iridessa, fée de la lumière, Ondine (Silvermist en VO), fée de l'eau et Noa (Fawn en VO), fée des animaux, Clochette tente de devenir une fée de la nature mais crée beaucoup trop de problèmes et saccage la préparation du printemps. Mais elle se rappelle qu'elle est bricoleuse et fabrique des machines qui permettent de travailler plus vite et de tout réparer. Elle va alors aider ses amies et sauver la préparation du printemps. Grâce à cette aide précieuse sans laquelle le printemps dans l'autre monde aurait été retardé, la Reine Clarion donne l'autorisation exceptionnelle à Clochette de se rendre dans l'autre monde pour le printemps.