Une organisation appelée le Syndicat projette de fabriquer génétiquement des agents surpuissants, capables de tuer n'importe qui. Pour ce faire, ils veulent retrouver le scientifique ukrainien qui est à l'origine des premiers agents, vingt-cinq ans auparavant. Dans ce but, ils essayent de mettre la main sur la fille du scientifique. L'agent 47, envoyé par la mystérieuse Diana, est là pour empêcher la création de ces nouveaux surhommes.
Le père d'une fillette disparaît mystérieusement lors de fouilles archéologiques. En jouant avec les fouilles, la fillette libère les Zarbi. Ils lui redonnent un père (Entei) et transforment sa maison en cristal. Entei décide d'enlever la mère de Sacha, celui-ci par à son secours.
En 2026, on découvre dans le désert du Nevada un portail de téléportation menant à une ville antique sur la planète Mars. Vingt ans plus tard, en 2046, les installations martiennes de recherche de l'Union Aerospace Corporation (UAC) sont attaquées par un assaillant inconnu. À la suite d'un appel de détresse envoyé de Mars par le docteur Carmack, un groupe de Marines dirigé par le sergent-artilleur Asher « Sarge » Mahonin est envoyé en mission de sauvetage, l'escouade utilisant le portail de téléportation de la base du Nevada pour se rendre là-bas.
La légende raconte qu'autrefois existait un Pokmon unique divin. Mais un jour, il s'est divisé alors que deux jumeaux se faisaient la guerre. Le premier avait soif de réalité, le deuxième, soif d'idéal. L'un avait dans son camp Zekrom, le Pokémon Noir Idéal, l'autre, Reshiram, le Pokémon Blanc Réalité. Depuis longtemps demeuraient deux légendes à propos de la création d'Unys, mais chacune d'elles se complétaient Sacha, Iris et Rachid arrive à Eindoak, endroit où se trouve un château à présent en ruine que l'on nomme "L'épée de la Terre". Nos héros participeront au festivité de la ville. Par la suite, ils rencontreront un Pokémon, Victini, lequel possède un pouvoir qui peut agir sur les humains et les Pokémon. Ce même jour, Dread Grangil, un descendant du royaume, essaye de réaliser les désires du royaume en s'emparant des pouvoir de Victini, ce qui causera aussi la perte d'Eindoak. Tout ceci était sans compter l'arrivée de Reshiram et Zekrom.
Depuis six ans, Heather Mason (Adelaide Clemens) fuit, sans vraiment savoir quoi. Elle et son père, Harry Mason (Sean Bean), déménagent souvent. Seulement cette fois, elle est piégée. À la veille de ses 18 ans, Heather est en proie à de terribles cauchemars. Elle doit par la suite faire face à la mystérieuse disparition de son père et apprendra même ce qui est arrivé à sa mère qui, d'après son père, est morte dans un accident de voiture six ans plus tôt. Heather n'est pas celle qu'elle croyait être… Cette révélation la plongera dans son plus obscur cauchemar : Silent Hill.
Le seigneur Raiden, Liu Kang, Johnny Cage, le lieutenant Sonya Blade et la princesse Kitana sont revenus victorieux du Mortal Kombat. Selon le règlement du tournoi, la Terre est sauve pendant une génération grâce à leur victoire. Mais l'empereur d'Outremonde, Shao Kahn, décide d'enfreindre le règlement en envahissant immédiatement la Terre, ouvrant ainsi des portes dimensionnelles qui permettent la fusion de la Terre avec Outremonde. Raiden et ses amis n'ont que six jours pour vaincre Shao Kahn et ses guerriers, et ainsi empêcher la fusion avec Outremonde...
Ce film met en avant pour la première fois à l'écran le Pokémon légendaire Arceus, qui serait à l'origine du monde. Nos 3 héros arrivent dans la région de Michina et s'arrêtent pour faire une pause dans la rivière en se baignant. Des pastèques apparaissaient, alors que Aurore et Sacha tentaient de les prendre, deux dresseurs arrivaient et leurs confirmait que les pastèques leurs appartiennent mais qui ont été égarées par le courant de l'eau.
L’intrigue met en scène Celebi, qui revient du futur pour tenter d’empêcher l'affrontement entre les légendaires Pokémon Raiku, Entei et Suicune. Pendant ce temps, Sasha, Pierre et Aurore se dirigent vers la ville de La Couronne pour assister à la compétition mondiale de cuisine. Ils rencontrent alors Zorua, un Pokémon à la recherche de sa maman lorsque la ville se fait attaquer…
Lors d'un voyage en train, Sacha et Pikachu, accompagnés de leurs amis Iris et Rachid, aperçoivent un Pokémon blessé. Alors que Sacha tente de lui porter secours, le train est attaqué par un Pokémon légendaire de type dragon, le redoutable Kyurem. Sacha et ses compagnons parviennent à lui échapper. Une fois en sécurité, ils découvrent l'histoire du Pokémon blessé. Celui-ci n'est autre que le Pokémon fabuleux Keldeo, qui doit sauver ses amis Cobaltium, Terrakium et Viridium, trois Pokémon légendaires connus comme les Lames de la Justice, prisonniers de Kyurem. Mais Kyurem, qui peut se transformer en Kyurem Noir ou en Kyurem Blanc, n'a pas renoncé à avoir le dernier mot. Keldeo trouvera-t-il le courage d'affronter tous ces dangers ?.
Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie.
Sacha et Pikachu s'apprêtent à vivre le plus grand combat Pokémon de tous les temps. Palkia et Dialga s'affrontent, créant de terribles dégâts et le mystérieux Darkrai rode.
Pour chaque monstre, il y a un héros. Un homme avec un emploi sans perspective d'avenir, découvre qu'il est le descendant d'un ancien héros. Il doit voyager jusqu'à un monde mystique pour devenir un Chasseur de Monstres, avant que ces créatures mystiques ne détruisent le monde...
Il s'agit d'une réinterprétation des débuts de Sacha. Ainsi, si celui-ci choisit bien Pikachu, rencontre Ho-Oh et revit des événements connus comme sa fuite face à une horde de Piafabec, il est ici accompagné de Justine de la ville de Bonaugure et de son Pokémon Tiplouf ainsi que d'Honoré de la ville de Voilaroc et de son Lucario. Une rivalité apparaît avec Corix qui possède un Félinferno et le groupe fait également la connaissance de Bonji, un vieil homme ayant consacré sa vie à chasser Ho-Oh.
La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel.
Une météorite s'écrase sur la Terre, libérant Deoxys, visiteur de l'espace. Rayquaza, gardien de la Terre, descend exceptionnellement sur notre planète pour tenter désespérément de détruire Deoxys... Sacha et ses amis vont se retrouver malgré eux au beau milieu de cette bataille de titans !