Le général Hummel est un héros militaire américain, couvert de médailles et aux états de service exemplaires. Mais selon lui, les soldats tombés au combat lors de missions classées secrètes ne reçoivent pas les honneurs qu'ils méritent, et leurs familles les pensions qui leur sont dues.
Quelques années après avoir vaincu l'escadron de la mort, Harry Callahan enquête sur un groupe terroriste appelé la Force de Frappe du Peuple, dont le chef Bobby Maxwell est vétéran du Vietnam, et rayé de l'armée à cause de sa schizophrénie. Cette organisation extrémiste réclame deux millions de dollars à la ville de San Francisco.
En 1962, quatre hommes essaient de s'évader de la prison de haute sécurité établie sur l'île d'Alcatraz au large de San Francisco. Trois y parviendront. Ils creusent chacun un trou dans leur cellule, montent sur les toits, descendent le long de gouttières, franchissent des grilles de 4 m et partent sur un radeau gonflable de leur fabrication. La découverte de leur échappée est faite le lendemain matin. Les recherches restent vaines, aucun corps n'est retrouvé.
Henri Young (Kevin Bacon), âgé de 17 ans, est arrêté pour avoir volé cinq dollars dans une épicerie, afin de nourrir sa sœur qu'il avait à charge depuis la mort de leurs parents. Comme cette épicerie est également un bureau du United States Postal Service, son crime est d'ordre fédéral. Young est alors emprisonné sur l'Île d'Alcatraz.
Alcatraz vient de rouvrir. C'est aujourd'hui une prison de haute sécurité, bénéficiant des toutes dernières techniques de surveillance. Alors que Sascha, un agent du FBI, s'y trouve enfermé pour une mission secrète, un commando prend d'assaut la célèbre prison afin de libérer un détenu condamné à mort. Sascha va devoir faire face à cette bande de criminels extrêmement dangereux.
Mal Reese (John Vernon), un voyou qui doit rembourser urgemment une somme importante à une « Organisation » mafieuse, convainc un ami robuste et taciturne, Walker (Lee Marvin), de l'aider à dévaliser des convoyeurs de fonds criminels qui utilisent l'ancienne prison d'Alcatraz déserte comme lieu de rendez-vous pour leur hélicoptère. La femme de Walker, Lynne (Sharon Acker), est également de la partie. Reese tue les convoyeurs puis, découvrant que sa part n'est pas suffisante, tire également sur Walker et le laissant pour mort, part avec Lynn qui s'avère être sa maitresse. Walker survit miraculeusement et parvient même à nager jusqu'à la côte.
Burk et Twitch sont deux taulards incarcérés dans une prison particulièrement violente où règne une terrible guerre des gangs. Lorsqu'une émeute éclate, ils décident de s'allier. Ils découvrent bientôt que celui qui a déclenché l'émeute détient en otage Cherise, la fiancée de Twitch, et Ellie, la fille de Burk...
Alex Gardner (Nicholas Celozzi), a college student suffers from reoccurring nightmares in which he experiences the deaths of the victims of a vicious killer who lived on Alcatraz, before it became a prison. When the nightmares begin manifesting in reality, and his friends see him hovering over his bed, his teacher (Donna Denton), an occultist, tells him to go to the island to face down the ghost of the killer. The friends become stranded on the island, and Alex's brother Richard (Tom Reilly) becomes possessed, killing some friends and raping one of the girls. Alex is aided in his quest by the ghost of Sammy Mitchell (Toni Basil), a singer for the band Bodybag. Sammy teaches Alex how to levitate and escape his body, and is also the subject of a dance routine, intercut into the film. The friends lure the ghost of the killer, and Alex's brother into the prison chapel, and blow it up, releasing the curse.