Le Japon en 1860, à l'aube de l'Ère Meiji. Un groupe d'assassins a pour but d'éliminer un personnage important du pays. Ils suspectent la présence d'un traître parmi eux, et leurs doutes tombent sur Niiro, un ronin, et son ami Kurihara l'aristocrate.
Dans le Japon du XIXe siècle, un jeune paysan arrive à bout de force dans un village pour se faire embaucher comme élève-samouraï. Il fait la rencontre d’un vagabond. Tous deux vont se trouver rapidement mêlé dans les complots et intrigues des seigneurs du village. Dans le genre des films de samouraï (genre aussi appelé « chambara » par les amateurs), Kill - La forteresse des samouraïs est assez méconnu ce qui semble assez injuste, au vu de sa qualité. Le film de Kihachi Okamoto est assez remarquable par le subtil équilibre entre dramatique et comique, s’appuyant sur ses deux personnages de premier plan, aux caractères et tempéraments franchement opposés. L’histoire est assez prenante. Il faut ajouter à cela une très belle photographie en noir et blanc et une mise en scène parfaitement maitrisée. De façon un peu surprenante, certains plans et effets, ou encore la musique, peuvent évoquer les westerns italiens de la même époque.
À la suite d’un ordre secret émanant d’un haut dignitaire du shogunat Tokugawa, 13 hommes ont un objectif commun : assassiner Matsudaira Nariaki, le daimyō du clan Akashi, un homme sanguinaire et despotique, devenu incontrôlable. Ils ont soixante jours pour réussir cette mission suicidaire…
Le film suit le voyage d'un samouraï et de deux de ses serviteurs, vers la capitale Edo. Au fur et à mesure de leur voyage, une série d'épisodes picaresques se succèdent, qui transforment le regard du maître sur la société, et permettent au spectateur de percevoir l'injustice des rapports sociaux dans le Japon médiéval. Ces épisodes culminent dans le meurtre du maître, devenu critique de la position sociale de sa classe, par des samouraïs soûls et brutaux, qui lui reprochent de laisser son serviteur boire avec lui.
Izo Okada, un samouraï sans maître, au rang inférieur au rōnin, cherche désespérément une façon de sortir de ses problèmes financiers. Il s'allie alors au clan Tosa dirigé par le chef sans pitié qu'est Takechi, et s'imagine qu'il est revenu au monde. Mais Takechi fait d'Izo un assassin et une marionnette, et Izo ne s'en rendra compte qu'après avoir touché le fond.
Un homme, plongé dans le malheur après le suicide de sa fiancée, se remémore après les atrocités endurées par ses ancêtres depuis le XVII siècle au nom du code d'honneur du bushido.
Hanshiro, un samouraï sans ressources, demande au clan Ii l'autorisation de commettre le suicide rituel des samouraïs (Seppuku) au sein de leur résidence. Il est reçu par l'intendant Kageyu qui tente de l'en dissuader en lui racontant l'horrible histoire d'un jeune rōnin qui s'était présenté à eux avec la même demande.
Musashi continue de rechercher les combats, sous forme de défis lancés aux champions d'autres écoles rivales. Mais il se rend compte de la violence et de la haine qui sont ainsi engendrées...
Ogami Itto, accompagné de son fils Daigoro, doit faire face une dernière fois à son ennemi juré, Yagyu Retsudo, qui lance contre lui les derniers membres de son clan : des pratiquants de la magie noire ; Kaori, une experte du couteau ; et Hyouei, son fils illégitime.
Plein de remords après ses précédentes aventures, Zatoichi décide de retourner dans son village natal. Il y retrouve son ancien maître d'armes, Banno, qui - loin de l'image classique du sage sifu émérite - est un fourbe personnage même enclin à extirper de l'argent à ses propres élèves. Zatoichi de son côté s'adonne aux flèches de Cupidon et en pince pour la belle Yayoi pour laquelle il fait même l'impossible promesse de disposer les armes. Malheureusement condamné à errer encore plus d'une vingtaine d'épisodes cinématographiques à venir, il est obligé d'aller à l'encontre de ses bonnes intentions et de se battre contre le frère d'un ennemi assassiné au cours du précédent épisode...
Dans une maison close de Shinagawa où se retrouvent marchands, artisans et samouraïs, un jeune conteur de rakugo qui ne peut pas régler ses dettes est pris en otage par le patron des lieux.
Le masseur aveugle Zatoichi se rend dans le village Itakura pour se recueillir sur la tombe d'un homme qu'il a tué dans des circonstances troubles, plusieurs années auparavant. Il est alors accusé à tort du vol de l'or destiné à payer les impôts de la communauté. Obligé de fuir, il trouve comme compagnon d'infortune un vieil ami, le chef yakuza Chuji, également considéré comme complice du forfait. Pour prouver leur innocence, les deux hommes vont devoir se monter rusés et démêler les fils d'une machination complexe où prend part un redoutable et énigmatique personnage, le samouraï Jushiro.
Zatoïchi est attaqué sur la route par deux brigands qu'il élimine. Puis il se rend dans un village dont le médecin (joué par Takashi Shimura, le chef des Sept Samouraïs) lui propose de masser ses patients ? la clinique. Mais Zatoïchi est ? plusieurs reprises agressé par le frère de l'une de ses deux victimes. Le "vengeur" fait partie d'une bande de criminels fugitifs qui ont trouvé refuge chez le parrain yakuza Matsugoro. Ce dernier accepte de les protéger ? conditions qu'ils l'aident ? se débarrasser de concurrents gênants. D'abord simple observateur, Zatoïchi va progressivement se mêler des affaires de Matsugoro, d'abord en le forçant ? libérer une jeune femme qu'il exploite de force, puis en s'opposant aux fuyards dont le chef, Shizu, n'est autre que le fils du médecin…