Zatoïchi est attaqué sur la route par deux brigands qu'il élimine. Puis il se rend dans un village dont le médecin (joué par Takashi Shimura, le chef des Sept Samouraïs) lui propose de masser ses patients ? la clinique. Mais Zatoïchi est ? plusieurs reprises agressé par le frère de l'une de ses deux victimes. Le "vengeur" fait partie d'une bande de criminels fugitifs qui ont trouvé refuge chez le parrain yakuza Matsugoro. Ce dernier accepte de les protéger ? conditions qu'ils l'aident ? se débarrasser de concurrents gênants. D'abord simple observateur, Zatoïchi va progressivement se mêler des affaires de Matsugoro, d'abord en le forçant ? libérer une jeune femme qu'il exploite de force, puis en s'opposant aux fuyards dont le chef, Shizu, n'est autre que le fils du médecin…
A bord du navire qui l'emporte vers la région du Mont Fuji, Zatoïchi s'immisce dans une partie de dés. Avec sa ruse habituelle, il dépouille une bande de yakuzas. Sitôt débarqué, ces derniers vont tendre un piège au masseur roublard. L'affrontement tourne court mais blesse accidentellement la fillette d'une artiste ambulante. Embarrassé, Zatoïchi promet à la mère de gagner l'argent nécessaire à l'achat du coûteux remède qui pourra sauver l'enfant de la gangrène. Il est aidé en cela par Tadasu Jumonji, un samouraï errant pour lequel il s'est pris d'amitié au cours de la traversée : car celui-ci est amateur d'échecs, jeu qu'affectionne aussi le masseur. Leur mission accomplie, les deux hommes continuent de cheminer ensemble vers le Mont Fuji, prétextant la moindre halte pour tâter de l'échiquier.
Dix années après leur séparation, Ichi rend visite à Hikonoichi, le professeur qui lui apprît l’art du massage. Arrivé en ville, il apprend que ce dernier a été assassiné et que sa fille, Sayo, a été contrainte de se prostituer pour le compte du parrain local, Tatsugoro, afin de payer les dettes de son père. En fait Tatsugoro a trouvé un moyen efficace d’amasser fortune en prêtant de l’argent puis en faisant tuer l’emprunteur, reportant ainsi le remboursement de la dette sur les filles qui vont grossir les rangs des prostituées de ses maisons de passe. Ichi, en fréquentant une maison du jeu du clan yakuza, démasque la tricherie opérée par les croupiers. L’un d’eux, Denroku, est désigné comme bouc émissaire par le parrain avant d’être expulsé du village, devant laisser sa fille Tsuru aux mains du gang.
Au cours de ses nombreux périples, Zatoichi croise la route d'un prêtre aveugle, qui va remettre en question la philosophie même du bretteur aveugle et lui reprocher d'avoir donné "le mauvais exemple" à un jeune garçon en ripostant aux railleries d'un groupe de yakuzas par la violence. Les tentatives de rachat se soldent malheureusement par un échec, renvoyant péniblement le masseur à sa malédiction de ne vivre que pour combattre…
Après l'injuste condamnation à se faire hara-kiri infligée à un jeune samouraï, quarante-sept de ses compagnons le vengent en se faisant à leur tour hara-kiri sur sa tombe.
Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que ce terrible secret ne puisse être ébruité. Aidé par Osetsu, jeune femme qui lui rappelle étrangement son prime amour Ochiyo, il gagne Lioka dans l'intention de se rendre sur la tombe d'Hiraté au temple de Sasagawa, tenant la promesse de venir lui rendre hommage un an après sa mort...
Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés par l'argent, n'hésitent pas à s'en prendre à lui et à périr sous sa lame. Cependant, obligé de tuer un jeune yakuza attiré par la prime, Ichi décide de se rendre au village du défunt afin de présenter ses excuses à la mère de celui-ci ainsi que pour trouver qui a mis sa tête à prix...
Ichi arrive dans une ville où il est rapidement pris à partie par Tobei, un parrain local qui lui demande de l’aider à combattre le clan rival de Doyama. Ichi trouve sur son chemin un vieil homme mourant qui lui confie la jeune Mitsu, et lui fait promettre de la ramener chez son père. Mitsu appartient à une riche famille de commerçants d’Edo, et bientôt les deux clans yakuzas voient en sa capture le moyen de toucher une confortable rançon. Ichi va devoir se frayer son chemin entre les deux gangs et échapper aux griffes vengeresses d’Hisa, la veuve d’un samouraï qu’Ichi fut amené à tuer en combat.
Rannosuke Kazamatsuri, un ronin redoutable, vient de voler le sabre ornemental offert par le shogun au clan Nagashima qu'il était pourtant supposé garder. Le premier vassal du clan, Hanzen Inukai, envoie un homme récupérer le sabre. Son fils, Hensei Inukai, récemment revenu d'Ido où il a appris le maniement du sabre et désireux de montrer ses talents, décide de partir aussi à la recherche du sabre. Il est accompagné par ses deux amis d'enfance : Tadasuke Kurosawa et Shintaro Suzuki. Hanzen, qui n'a aucune confiance dans l'habileté de son fils, envoie alors deux ninjas sur ses traces.
Atteint d'une balle dans le dos, Ichi se voit prodigué des soins à titre gratuits, après qu'une femme ait payé pour lui. En la retrouvant pour la remercier, il se retrouve - une fois n'est pas coutume - pris dans une guerre entre deux clans; mais contrairement à d'autres fois, il choisit d'aider celui de sa bienfaitrice, son père étant soumis à un terrible chantage par le chef de gang adverse. Outre des hordes de gardes de corps, Zatoichi devra également affronter des mercenaires enrôlés par le camp ennemi - et le fils de son protecteur, qui n'est autre que celui qui avait tenté d'intenter à sa vie...
La prière adressée en début d'épisode par Zatoichi de ne plus avoir à tuer ne semble pas arriver aux oreilles des Dieux, un inconnu confrontant le bretteur en un duel à la vie et à la mort. En suivant le cheval de son adversaire défait, Zatoichi arrive dans un village sous l'emprise d'un gang de yakuzas. Le chef, un habile archer, avait sciemment envoyé un homme lui devant de l'argent pour affronter Zatoichi, sachant qu'il n'allait pas faire le poids face au légendaire bretteur. Blessé par la sœur de l'homme défait, Ichi va se reposer quelque temps auprès d'elle – et finit par confronter le chef de gang, avide de prendre l'entier contrôle des champs du village. En revanche, le bretteur ne saura – une fois de plus – compter que sur sa seule personne pour faire face à l'ennemi, la lâcheté des hommes les empêchant de faire face à la menace.
Sur son éternelle route, Ichi est chargé par un mystérieux homme de remettre une lettre à une jeune femme. Arrivé à sa destination, une ville tenue par le corrompu Jinbei, il apprend que son commanditaire n'était autre qu'un assassin en fuite, cherchant à recontacter sa soeur. Ordonné par Jinbei, il a tué un homme avant d'être trahi et exilé sur une île. Ayant juré vengeance, Zatoichi aura une nouvelle fois fort à faire pour sauver la vie de l'homme, s'occuper de l'enlèvement de sa colocatrice, croiser les fantômes de sa jeunesse et rétablir la justice.
Lors d’une chasse au cerf, un haut dignitaire royal venant d’Edo, tue d’une flèche dans le dos un fermier trop lent à s’écarter de son chemin. Puis il blesse grièvement d’une flèche dans l’œil le daimyo local (seigneur du fief) venu protester contre la première agression. La rudesse et la cruauté du tyran va susciter la haine chez certains membres du clan, qui vont s’organiser pour le piéger et le tuer. Son fidèle serviteur, commandant des troupes, va se battre jusqu’au bout pour défendre ce chef qu’il juge pourtant bien inhumain.
Japon, fin de la période Edo. Le bandit Kunisada Chuji et sa suite, traqués par la police sont en fuite. Au cours de ce long périple, Chuji tombe malade et est trahi par certains de ses partisans.