Dans un flash-back, Hiko Seijūrō découvre un jeune Shinta en train de creuser des tombes pour les bandits et les esclavagistes tués au combat. Shinta explique que toutes les personnes ne sont que des corps après la mort. Hiko décide de prendre Shinta comme élève et le nomme "Kenshin". Ce dernier se réveille chez Maître Hiko et demande si son ami (Kaoru) a également été tué. Il est inconscient depuis trois jours et son maître lui dit que son ami est probablement mort. Kenshin demande à connaître la dernière technique Hiten Mitsurugi, "Amakakeru Ryu no Hirameki", afin de vaincre Shishio Makoto et d'empêcher son assaut. Hiko accepte et les deux se lancent dans un duel pour commencer son entraînement.
Alors que la chute du Shogun plonge le pays dans le chaos, un assassin au service du gouvernement trahi par sa hiérarchie fomente une insurrection. Armé de son sabre à lame inversée, Kenshin prend part au combat que livrent les forces de police pour empêcher le despote de brûler Kyoto.
Dans l'État du New Jersey, plus précisément dans la ville de Jersey City, un tueur à gages afro-américain vit selon les préceptes du Hagakure, code d'honneur des samouraïs du Japon médiéval. Il vit seul, très simplement, en nourrissant ses pigeons, se faisant appeler « Ghost Dog », littéralement en français « chien fantôme » ou « chien invisible ». Son sauveur à la suite d'un incident survenu huit ans auparavant, qu'il considère comme son « Maître », fait partie de la mafia italienne locale. Quand la fille du « Parrain » devient le témoin d'un des contrats de « Ghost Dog », celui-ci semble alors bien gênant pour les mafieux qui décident de s'en débarrasser au plus vite.
Dans le Japon des samouraïs, Zatoïchi est un voyageur aveugle, dont les yeux restent fermés, qui gagne sa vie en tant que joueur professionnel et masseur. Mais son handicap dissimule un guerrier stupéfiant dont l'extrême précision et la rapidité au sabre font de lui, un combattant de kenjutsu hors pair. Au fil de ses pérégrinations, Zatoïchi arrive dans un village sous la coupe d'un chef local, Ginzo, qui fait régner la terreur en se débarrassant de quiconque osera se dresser sur son chemin, par l'intermédiaire d'un redoutable samouraï rōnin, Hattori. Zatoïchi rencontre dans un bar deux geishas aussi belles que dangereuses, qui se rendent de ville en ville pour rechercher le meurtrier de leurs parents. Leur seul indice est un nom : Kuchinawa. Alors que les hommes de main de Ginzo découvrent Zatoïchi, le combat s'engage et la légendaire canne-épée de celui-ci entre en action.
Gennosuke est un rônin (samouraï sans maître) en fuite pour avoir assassiné le Conseiller de son clan, ni plus ni moins qu'un manipulateur ayant joué avec le pauvre samouraï plein d'espérances. Miza, la fille de ce Conseiller, et son mari, Diazaburo, sont partis à la recherche de Gennosuke le fuyard afin de se venger et de redonner honneur au clan et aux membres.
Ogami Itto est engagé pour tuer Oyuki, une femme assassin tatouée. Pendant ce temps, son fils Daigoro, âgé de trois ans, se perd. Après avoir passé des jours à chercher son père, il est retrouvé par Genbei, le fils en disgrâce de Yagyu Retsudo, l'ennemi juré d'Ogami Itto.
Ogami Itto doit affronter cinq adversaires qui détiennent tous un indice sur la mission qu'il doit accomplir ainsi qu'un cinquième de ses gages. Après les avoir tous vaincus, Itto découvre qu'il doit tuer une jeune fille élevée comme un garçon pour succéder à un daimyō pendant que le véritable héritier est emprisonné. Pendant ce temps, Daigoro, le jeune fils d'Itto, est une nouvelle fois séparé de son père.
Ogami Itto, toujours accompagné de son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette, rencontre un rōnin nommé Kanbei, contre qui il refuse de se battre en duel, avant de sauver une jeune fille destinée à la prostitution, ce qui lui vaut des ennuis avec le clan yakuza local dont il gagne finalement le respect. Itto est ensuite chargé par les yakuza d'assassiner un magistrat envers lequel ils ont une vengeance à accomplir et qui est protégé par deux habiles gardes du corps, une fine lame et un as de la gâchette, secondés par une nuée de sous-fifres. La poussette de Daigoro va révéler tous ses secrets à l'occasion du combat contre les hommes du magistrat.
Au cours de son voyage, Zatoichi croise la route d'un vieux forgeron, qui le prévient de la prochaine "cassure" de sa fameuse épée. Le masseur prend al nouvelle comme un cadeau du ciel et décide de finalement tenter de se poser; mais l'appel aux armes ne se fait pas attendre très longtemps, ses employeurs étant menacés par un redoutable chef de yakuza prenant le contrôle de la région en collaboration avec un notable corrompu.
Zatoichi est poursuivi à travers la campagne par un groupe de mercenaires. Grâce à la complicité de voyageurs, aveugles comme lui, il parvient à les semer. Plus tard, il croise la route d'une femme, épuisée sous le fardeau de l'enfant qu'elle porte dans ses bras. Charitable, Zato lui donne sa place dans le palanquin qui le transporte. Mais ses ennemis surgissent et tuent l'innocente, croyant éliminer le masseur aveugle. Zatoïchi décide alors de prendre l'enfant sous sa protection, le temps de l'amener à son père. Le périple commence…
De passage dans une auberge, Zatoïchi se trouve fortuitement au chevet d'une femme à l'agonie et recueille ses dernières volontés: retrouver le géniteur de son enfant, un nommé Shokichi, artiste peintre au village de Maébara. Arrivé à destination, le masseur découvre bientôt que le père est mêlé contre son gré à un trafic d'œuvres d'art érotiques dirigé par le gouverneur local. Dès lors, deux défis attendent notre justicier aveugle : arracher Shokichi des griffes du clan yakuza à la solde de l'officier corrompu; et convaincre l'espion shogunal Jushiro Akatsuka, dépêché sur place pour étouffer l'affaire, de l'innocence de son protégé.
Après avoir participé à la guerre du Bakumatsu, Kenshin Himura erre dans la campagne japonaise, connu sous le surnom de Battosai, offrant aide et protection aux personnes dans le besoin pour expier les meurtres qu'il a commis.
Au moment de la chute du Shogun, le samourai Kanichiro Yoshimura n'arrive plus à subvenir aux besoins de son épouse et de ses enfants. L'argent qu'il reçoit de son clan est insuffisant. Par amour pour les siens, Kanichiro est contraint de quitter son petit village. Il part à la recherche d'un clan plus important lequel pourrait le payer à hauteur de ses besoins en échange de ses services.
Avant de devenir le légendaire samouraï qui s'appellera Musashi Miyamoto, le film s'intéresse au jeune homme encore appelé Takezo, impulsif, violent, inculte mais également fort, habile et désireux de s'illustrer au combat.