Kill Bill : The Whole Bloody Affair est une édition complète des deux films d'action d'arts martiaux Kill Bill : Volume 1 et Kill Bill : Volume 2. Le film était à l'origine prévu pour être publié comme une seule partie. Toutefois, en raison de la durée du film plus de 4 heures, il a été divisé en deux parties.
En 1586, à l'époque Sengoku, dans un Japon médiéval ravagé par des guerres civiles, les paysans sont fréquemment opprimés par des brigands qui les rançonnent. Une troupe de bandits à cheval s'apprête à attaquer un village mais décide de reporter l'attaque en attendant la prochaine récolte. Un des paysans, Yohei, a surpris la discussion et court aussitôt avertir les autres villageois. Ces derniers sont effondrés, à l'exception de Rikichi, qui essaie de trouver une solution. Ils finissent par consulter Gisaku, l'Ancien du village, qui, à la surprise de tous, rejoint l'avis de Rikichi et conseille d'engager des samouraïs pour défendre le village.
Au début de la période d'Edo, le rōnin Hanshiro Tsugumo se présente au château du clan Ii, que dirige l'intendant Kageyu Saito en l'absence du maître. Le rōnin explique que réduit à la misère depuis la perte de son statut de samouraï, il souhaite qu'on lui propose un lieu adéquat pour mettre honorablement fin à ses jours en pratiquant le seppuku, un suicide rituel.
Au cours de l'époque d'Edo au Japon. Un chef de fief décide de marier sa femme, qu'il vient de répudier, au fils du samouraï Isaburo Sasahara. Hostile à cette union forcée, la famille Sasahara se voit contrainte d'accepter et va se retrouver mêlée à des intrigues de cour qui vont amener Isaburo à affronter son propre clan.
Japon, XIX siècle. Un samouraï errant fait étape dans un village terrorisé par deux clans rivaux. En se ralliant successivement à l'un et à l'autre, il va précipiter leur chute et sauver les villageois de leur joug.
Au XVI siècle, dans un Japon ravagé par la guerre, le vieux daimyo Hidetora Ichimonji décide de céder le contrôle de son fief à ses trois fils, Taro, Jiro et Saburo, afin de finir ses jours heureux et en paix. Mais les dissensions entre les trois frères plongent rapidement leurs familles, leurs foyers et la région dans le chaos.
Dans le Japon du XVI siècle, une guerre oppose deux clans rivaux. Deux paysans pauvres, Tahei et Matashichi cherchent à contourner la ligne de front pour retourner chez eux. En chemin, ils découvrent un morceau d'or dans une branche d'arbre et pensent être sur la piste du trésor du clan des Akizuki, vaincu. Ils se mettent en chasse de ce trésor, mais sont surpris par un homme. Cet homme leur dissimule sa véritable identité, car il s'agit du général Rokurota Makabe, l'un des derniers survivants des Akizuki. Lui aussi cherche à aller dans le même territoire que les deux paysans, mais sa tâche est ardue. En effet, il doit y accompagner la princesse Yuki, l'héritière du clan, ainsi que son trésor, pour refonder son clan. Il décide d'utiliser la naïveté et la cupidité des paysans pour l'accompagner et l'aider à transporter l'or, tout en cachant son secret.
Alors qu'ils traversent une forêt après une bataille, les généraux Washizu et Miki rencontrent un esprit. Celui-ci prédit que Washizu deviendra seigneur du Château de l'araignée, mais que ce seront les descendants de Miki qui lui succéderont.
Samouraï quelque peu hors du rang depuis que sa femme est décédée d'une terrible maladie, Seibei élève avec ses très maigres moyens ses deux jeunes filles et s'occupe comme il le peut de sa mère, une vieille femme qui n'a plus toute sa tête. Déconsidéré par l'ensemble des membres de sa classe, Seibei demeure un incompris : comment un samouraï pourrait-il en effet se contenter d'une vie aussi morne et difficile ?
Neuf jeunes samouraïs décident de s'attaquer à la corruption dans leur clan. Leur candeur et leur naïveté interpelle un samouraï vagabond, expérimenté mais d'une nature terre-à-terre et cynique. Celui-ci va leur éviter une mort certaine en leur offrant son aide.
Après s'être débarrassée de ses anciennes collègues Vernita Green et O-Ren Ishii, la Mariée poursuit sa quête vengeresse. Il lui reste à régler le sort de Budd puis de Elle Driver avant d'atteindre le but ultime : tuer Bill.
Au cours d'une cérémonie de mariage en plein désert, un commando fait irruption dans la chapelle et tire sur les convives. Laissée pour morte, la Mariée enceinte retrouve ses esprits après un coma de quatre ans. Celle qui a auparavant exercé les fonctions de tueuse à gages au sein du Détachement International des Vipères Assassines n'a alors plus qu'une seule idée en tête : venger la mort de ses proches en éliminant tous les membres de l'organisation criminelle, dont leur chef Bill qu'elle se réserve pour la fin.
Le film s'ouvre sur un plan statique de six minutes dans lequel on voit le frère de Shingen, Nobukado, lui présenter un voleur qui vient d'échapper au crucifiement. Nobukado pense que la ressemblance du voleur avec Shingen pourrait s'avérer utile. Ce plan est en fait un montage dans lequel le même acteur joue les rôles de Shingen et du voleur. C'est la seule fois où on les voit ensemble, à part une brève scène de rêve.
Ogami Itto, toujours accompagné de son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette, est engagé pour tuer un traître à son clan qui veut vendre les secrets d'une teinture et qui est protégé par les redoutables frères Hidari. Mais il doit aussi faire face à Sayaka, une ninja qui dirige un groupe de femmes assassins travaillant pour le clan Yagyu.