Dans l'histoire, Peter Pan, un garçon magique qui refuse de grandir, emmène les enfants Darling (Wendy, John et Michael) depuis Londres jusqu’au Pays imaginaire, où ils connaissent des aventures au cours desquelles ils affrontent le capitaine Crochet et son équipage de pirates. Finalement, les enfants regrettent la maison et ont envie de rentrer chez eux. Wendy invite Peter et les Garçons perdus à venir avec eux afin qu'ils puissent être adoptés. Les garçons perdus ont envie de le faire, mais Peter refuse : il ne veut pas grandir. Wendy, ses frères et les Garçons perdus sont capturés par les pirates, mais Peter les sauve et il oblige le capitaine Crochet à marcher sur la planche pour être dévoré par le crocodile qui lui a autrefois mangé la main. Wendy et les garçons retournent chez les Darling, où Mme Darling rencontre Peter pour la première fois ; elle lui propose de l'adopter, mais il refuse pour la même raison qui lui avait fait refuser de retourner avec Wendy et les garçons - il n'a pas envie de grandir. Peter demande à Wendy de retourner avec lui au Pays imaginaire, et Mme Darling accepte qu’elle y retourne une fois par an aider Peter pour le grand nettoyage de printemps.
Les années ont passé depuis que Peter Pan a dit au revoir à Wendy. Devenue mère de famille, elle vit toujours dans la maison de son enfance, on ne sait ce que sont devenus ses parents ainsi que Jean et Michel, on peut supposer qu'ils ont fait leur vie de leur côté. Elle n'hésite jamais à raconter les aventures de Peter Pan à ses deux enfants Jane et Danny. Le film commence pendant la Seconde Guerre mondiale en 1940 alors que Londres est bombardé par la Luftwaffe. Edouard, le mari de Wendy doit partir pour la guerre, elle se retrouve donc seule avec ses deux enfants et la chienne Nana Junior, la fille de Nana. En raison des bombardements, les enfants sont évacués vers les campagnes et Jane et Danny doivent partir aussi. Wendy demande alors à Jane de raconter les histoires de Peter Pan à Danny, celle-ci refuse en prétextant qu'il s'agit d'enfantillages.
Pico, le petit charençon aventurier, va accompagner l'explorateur Christophe Colomb dans son voyage vers le bout du monde, à la recherche des Indes. Il tombera également amoureux de la belle Marilyn, une fée qui sera enlevée par le diabolique Roi des Essaims. Pico va alors profiter du voyage de Colomb pour sauver sa bien-aimée...
Dans un petit village, un vieux sculpteur sur bois nommé Geppetto vit seul avec son chat Figaro et Cléo, un poisson rouge. Fabricant de jouets, il crée une marionnette qu'il baptise Pinocchio. Son souhait le plus cher, n'ayant pas d'enfant, est que cette marionnette devienne un vrai petit garçon. Durant la nuit, son vœu est réalisé par une bonne fée nommée la Fée bleue, qui donne vie à la marionnette. Celle-ci propose à Pinocchio un marché : il ne deviendra un vrai petit garçon qu'à la condition qu'il se montre digne de l'être. Jiminy Cricket, un grillon ayant trouvé refuge chez Geppetto pour y passer la nuit, se voit attribuer la tâche d'être la bonne conscience du pantin pour l'empêcher de mal agir. En récompense, il demande à être gratifié d'une médaille. Mais la tâche de Jiminy s'avère compliquée.
Un fumeur s'endort et pendant son sommeil deux fées malicieuses s'amusent avec sa pipe. S'apercevant de cela, il les capture et les emprisonne dans une boîte à cigares ...
Alors que Mothra termine paisiblement sa vie à Infant Island en veillant sur son œuf, une compagnie forestière déterre un sceau antique au pouvoir maléfique. La méchante fée Belvera s'en empare et réveille Desghidora...
Le monstre Dagahra apparaît. Dragon sous-marin crée il y a des années par la civilisation disparue de Nilai Kanai, finalement détruite par sa création. Il se nourrit de pollution et produit des sortes d'étoiles de mer géantes et destructrices.
King Ghidorah attaque Tokyo et enlève les enfants qu'il enferme dans un dôme organique. Mothra tente de l'affronter mais est vite vaincu ; une seule solution émerge : remonter le temps jusqu'au crétacé et tuer King Ghidorah quand il était jeune…
Un couple de jeunes mariés s'approche d'une boutique pour le moins singulière puisque l'on y vend des bébés ! Une discussion s'engage entre eux au cours de laquelle le jeune homme se laisse convaincre. La marchande présente divers poupons mais aucun ne semble faire l'affaire. Il est temps de passer à la réserve : c'est un potager rempli de nombreux choux. La marchande se penche vers les légumes pour y récolter de nombreux bébés bien vivants : les clients sont difficiles à satisfaire. Le choix enfin fait, l'homme sortira son bas de laine (au sens propre) pour payer son dû.
Un magicien raté vole les pouvoirs d'une fée. Sammy et Scooby-Doo, informés par Mr Gibbles, doivent réagir au plus vite pour éviter que tout le monde soit transformé en monstre d'Halloween. Sammy et Scooby-Doo prennent au plus vite le train de la mort afin de récupérer le sceptre Goblin avant les 12 coups de Minuit…
Géninoir, un singe malveillant, tente de s'emparer de la baguette de la bonne fée qui veille sur le village des animaux. Pour y arriver, il intègre la fête foraine qui arrive dans le village et se fait passer pour un vendeur de sucreries. Pendant un soir de fête, Géninoir arrive à corrompre Chocolat — jeune chien musicien qui connaît la mélodie pour faire apparaître la baguette — avec quelques bonbons. Ayant enfin la baguette, Géninoir fait régner la terreur… C'est alors qu'intervient Saturnin, poète-canard, afin de sauver sa belle Barbara pétrifiée par le choc !
Willy est un garçon âgé de douze ans, il vit avec sa sœur Élisabeth plus jeune que lui et un chat Kitty qu'il malmène pour s'amuser. Willy s'imagine en héros de West-Earn et s'amuse à tirer sur les moineaux du square en bas de chez lui. Lorsque qu'il tire sur les moineaux pour les effrayer la fée des moineaux, Verbéna le remarque et monte le voir. Elle lui applique alors un spray magique censé le rendre gentil et aimable, mais Willy jouant de la situation parvient à se faire transformer en moineau. A court de produit magique, la fée Verbéna s'absente pour en retrouver, laissant involontairement Willy à la merci de Kitty. Élisabeth lui sauve la vie in-extremis et le libère dans la nature. Willy fera la connaissance d'un moineau rouge et de son compère bleu qui sont les chefs d'un groupe de moineaux (celui-là même que Willy avait attaqué étant Homme) ainsi que d'un vieux moineau Batch, qui lui apprendra la vie de moineau jusqu'à ce qu'il sache voler par lui-même, en échange, Willy lui apprendra à lire.
Les Trix sont de retour : elles veulent siéger sur le trône de l'Empereur pour obtenir son pouvoir. En essayant, elles libèrent sans faire exprès Politéa. Maudite, elle s'allie avec les Trix. Elle leur dit qu'il faut récupérer Tritannus pour activer le trône de l'empereur et qu'elles auront besoin de la force vitale d'un Roi. Les Trix penseront à Sky, le roi d'Eraklyon, mais surtout le petit ami de Bloom. Bloom et Sky passent une journée ensemble à Gardenia. Les Trix kidnappent Sky, Bloom ne peut rien faire toute seule contre les Trix. Les Winx aideront Bloom à sauver Sky mais aussi pour l'équilibre de tout l'Océan Infini.