Dans un Japon déchiré par la guerre, le shogun Tokugawa, désespéré de rétablir la paix à son peuple, ordonne l'assassinat des chefs de guerre hostiles. Une belle jeune femme, avec neuf autres orphelins, est élevée depuis sa naissance à devenir un assassin. Son nom est Azumi, l'assassin ultime.
Ogami Itto est l'ancien bourreau du shogun désormais tombé en disgrâce à l'instigation du clan Yagyu et devenu rōnin. Il parcourt le pays avec son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette.
Ogami Itto, toujours accompagné de son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette, est engagé pour tuer un traître à son clan qui veut vendre les secrets d'une teinture et qui est protégé par les redoutables frères Hidari. Mais il doit aussi faire face à Sayaka, une ninja qui dirige un groupe de femmes assassins travaillant pour le clan Yagyu.
Ogami Itto, toujours accompagné de son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette, rencontre un rōnin nommé Kanbei, contre qui il refuse de se battre en duel, avant de sauver une jeune fille destinée à la prostitution, ce qui lui vaut des ennuis avec le clan yakuza local dont il gagne finalement le respect. Itto est ensuite chargé par les yakuza d'assassiner un magistrat envers lequel ils ont une vengeance à accomplir et qui est protégé par deux habiles gardes du corps, une fine lame et un as de la gâchette, secondés par une nuée de sous-fifres. La poussette de Daigoro va révéler tous ses secrets à l'occasion du combat contre les hommes du magistrat.
Ogami Itto est engagé pour tuer Oyuki, une femme assassin tatouée. Pendant ce temps, son fils Daigoro, âgé de trois ans, se perd. Après avoir passé des jours à chercher son père, il est retrouvé par Genbei, le fils en disgrâce de Yagyu Retsudo, l'ennemi juré d'Ogami Itto.
Ogami Itto doit affronter cinq adversaires qui détiennent tous un indice sur la mission qu'il doit accomplir ainsi qu'un cinquième de ses gages. Après les avoir tous vaincus, Itto découvre qu'il doit tuer une jeune fille élevée comme un garçon pour succéder à un daimyō pendant que le véritable héritier est emprisonné. Pendant ce temps, Daigoro, le jeune fils d'Itto, est une nouvelle fois séparé de son père.
Ogami Itto, accompagné de son fils Daigoro, doit faire face une dernière fois à son ennemi juré, Yagyu Retsudo, qui lance contre lui les derniers membres de son clan : des pratiquants de la magie noire ; Kaori, une experte du couteau ; et Hyouei, son fils illégitime.
Une force spéciale de la police impériale constituée de samouraïs est mise sur pied pour lutter contre le crime. Son ennemi n° 1 : Nizaemon Kumokiri, un bandit de grand chemin dont personne ne connaît la véritable identité, qui multiplie les cambriolages audacieux dans les demeures des riches commerçants.
Le Japon entre 1543 et 1562. Kansuke Yamamoto rêve d'un pays unifié et apaisé. Il entre au service du chef de clan Shingen Takeda et devint son général et conseiller, prêt à parvenir à son but par tous les moyens.
Un agent secret, surnommé le Samourai Noir est chargé d’enquêter sur les activités d'un trafiquant de drogue, et décide d'éliminer le truand lorsque celui-ci fait enlever son amie.
Alors qu'une base militaire américaine est infectée par des créatures d'apparence humaine, peu de temps avant la guerre du Viêt Nam, une organisation gouvernementale secrète envoie Saya une demi vampire pour les éliminer. Elle prend l'identité d'une écolière et entre dans le collège de la base, afin de mener sa mission à bien.
Un mystérieux cowboy amateur de poker (Josh Hartnett) arrive dans une ville au même moment qu'un voyageur japonais (Gackt), lui en quête d'un médaillon volé. Mais la ville, sous le joug de dangereux criminels et rongée par la corruption et le racket, est peu accueillante. Guidés par la sagesse du barman du saloon, ils s'allient pour mettre fin au règne de l'infâme Nicola et de ses tueurs.