Des paysans décident de se révolter contre le seigneur local en kidnappant sa fille, ils souhaitent que leur ras-le-bol se fasse enfin entendre aux yeux de cet homme qui se complait dans sa riche situation sans se poser des questions. La famine n'est pas son problème. Mais un rōnin de passage fait irruption chez les révoltés, Sakon Shiba est simplement porté par sa curiosité. Il ne peut que se joindre à ces hommes méprisés mais faibles face à la force d'un Seigneur. Le rōnin parvient vite à ramener un autre rōnin, d'une condition pauvre au point qu'il préfère coucher en prison. Le trio se complète par le garde du corps du Seigneur, qui comprend que son statut d'homme de sabre l'empêche de se prélasser dans une vie stable et calme. Et pendant les trois hommes unissent leurs forces pour affirmer la parole des paysans, ces derniers restent passifs et effrayés, ils sont enfermés dans la peur de mourir.
Au moment de la chute du Shogun, le samourai Kanichiro Yoshimura n'arrive plus à subvenir aux besoins de son épouse et de ses enfants. L'argent qu'il reçoit de son clan est insuffisant. Par amour pour les siens, Kanichiro est contraint de quitter son petit village. Il part à la recherche d'un clan plus important lequel pourrait le payer à hauteur de ses besoins en échange de ses services.
Sept ans après L'Affrontement final, Logan, l’éternel guerrier marginal, vit reclus dans les montagnes et fait difficilement le deuil de Jean Grey. Sur invitation donnée par Yukio, une mutante capable de lire l'avenir et de voir la mort des autres, il se rend au Japon où Yashida, un ancien officier japonais dont il a sauvé la vie en 1945 lors du bombardement de Nagasaki désormais mourant, lui propose un marché : en échange de sa capacité à guérir, il s'engage à le rendre mortel. Logan refuse.
L'action se déroule au tournant du XVII siècle (entre 1612 et 1630). Attaqué et blessé par un groupe de ninja japonais traîtres, un mercenaire samouraï nommé Yamada (Ozeki) est secouru et soigné par un groupe de guerriers siamois, au service du roi d'Ayutthaya.
Dans le Japon des samouraïs, Zatoïchi est un voyageur aveugle, dont les yeux restent fermés, qui gagne sa vie en tant que joueur professionnel et masseur. Mais son handicap dissimule un guerrier stupéfiant dont l'extrême précision et la rapidité au sabre font de lui, un combattant de kenjutsu hors pair. Au fil de ses pérégrinations, Zatoïchi arrive dans un village sous la coupe d'un chef local, Ginzo, qui fait régner la terreur en se débarrassant de quiconque osera se dresser sur son chemin, par l'intermédiaire d'un redoutable samouraï rōnin, Hattori. Zatoïchi rencontre dans un bar deux geishas aussi belles que dangereuses, qui se rendent de ville en ville pour rechercher le meurtrier de leurs parents. Leur seul indice est un nom : Kuchinawa. Alors que les hommes de main de Ginzo découvrent Zatoïchi, le combat s'engage et la légendaire canne-épée de celui-ci entre en action.
Zatôichi retourne dans son village natal, avec sa femme pour y mener une vie paisible. Seulement voilà, Zatôichi sera bientôt forcé de reprendre le sabre…
L'histoire raconte l'histoire d'un groupe de samouraïs qui se sont retrouvés sans chef (devenus ronin) après que leur daimyo (seigneur féodal) ait été forcé de commettre un seppuku (suicide rituel) pour avoir agressé un fonctionnaire de la cour nommé Kira Yoshinaka, dont le titre était Kōzuke no suke. Les ronin ont vengé l'honneur de leur maître après avoir patiemment attendu et planifié pendant plus d'un an pour tuer Kira. À leur tour, les ronin ont eux-mêmes été contraints de commettre un seppuku pour avoir commis le crime de meurtre.