Dans les années 1950, un test nucléaire, Operation Experiment, est conduit au-delà du Cercle Arctique. Mais l'explosion réveille une créature gigantesque, endormie sous la glace depuis 100 million d'années, qui commence à se diriger vers la côte Est des États-Unis, coulant de nombreux navires et un phare sur son passage.
Dans son laboratoire mexicain de Zarpa Mesa, un savant fou nommé Arana a créé des nouvelles races d'araignées géantes et de nains. Désormais, son objectif est de donner naissance à une nouvelle espèce de superfemmes en utilisant le venin des araignées...
One night Chinami (Reiko Mishima), the daughter of Hyoue Toba (Reizaburo Ichikawa), is mysteriously kidnapped. Hyoue offers a large reward for his daughters rescue. Yuzuru Kawasaki (Noboru Takashima) and various other men employed by Hyoue set about searching for Chinami. However one of Hyoue's men, Magonojyō Gō (Eizaburo Matsumoto), doesn't partake in the search. Why? Because he was the one who had Chinami kidnapped. Magonojyō's father Senbei has a pet trained ape named "King Kong" (Ryūnosuke Kabayama) and Magonojyō used this creature to perform the kidnapping.
Dans les années 1930, le réalisateur Carl Denham envisage de tourner un film sur la mystérieuse « Skull Island » (l'île du Crâne) après être entré en possession d'une carte mentionnant son existence au large de Sumatra. Après avoir embauché à New York une jeune femme au chômage, Ann Darrow, Denham embarque avec son équipe sur le navire SS Venture commandé par le capitaine Englehorn, qui fait route vers l'Océan Indien. Durant le voyage, Ann tombe amoureuse du second de l'équipage, Jack Driscoll.
Santa (Isamu Yamaguchi) and his friend Koichi (Nagamasa Yamada) are jobless vagabonds. They make their living by picking up coins on streets. Santa has a girlfriend named Omitsu (Yasuko Koizumi), but her father Seizo (Kotaro Sekiguchi) does not like having his daughter date a penniless man. He breaks the lovers up and tries to marry his daughter off to a rich man. Desperate, Santa seeks employment and wanders the streets. He can’t find a job at all but has an inspiration. RKO’s King Kong has been released and is a big hit in Tokyo. He decides to capitalize on its success by dressing up as an ape and playing King Kong in a vaudeville theater! He approaches one theater owner to tell him of the idea and the owner is pleased with Santa’s plan, thus giving him the job. Santa’s King Kong show becomes an instant success, with Santa interacting amongst props on the theater stage in his gorilla suit (small buildings, toy airplanes, a doll etc.). One day while performing on stage, Santa sees that Omitsu and her new rich boyfriend are in the audience. Blinded with rage, Santa jumps down from the stage and runs after them - with his gorilla suit on! Santa creates chaos in the town, as firemen and hunters chase him thinking him an escaped gorilla that is running wild in the streets. Eventually Santa confronts the rich boyfriend and knocks him unconscious. He puts the gorilla suit on him and leaves him lying out cold in the street. Just then Koichi comes and tells Santa that the theater owner will give him a lot of money for his performances. Now that he has wealth, Santa gets married to Omitsu.
Un mois après la mort du gorille préhistorique géant Kong, Carl Denham est ruiné dans les procès pour la destruction et les victimes de celui qu'il a capturé sur une île lointaine et inconnue à l'ouest de Sumatra. Traqué par les journalistes, il décide de partir voir le capitaine Englehorn. Face à leur situation délicate (Englehorn étant impliqué dans l'arrivée de Kong à New York, craint que son bateau ne soit saisit), ils quittent New York avec un équipage pour rejoindre l'Extrême-Orient, le port de Dakang. Ils y rencontrent le capitaine Helstrom, qui avait vendu la carte de l'ile de Kong à Denham et celui-ci leur annonce qu'un trésor est caché dans l’île.