Pologne, 1962, sœur Anna, orpheline très pieuse, s'apprête à prononcer ses vœux définitifs. La Mère supérieure l'incite à sortir quelques jours de l'austère couvent où elle vit une existence de silence depuis qu'elle y a été recueillie enfant, afin de retrouver une tante inconnue, Wanda, sa seule famille.
Le parcours d'un jeune étudiant, Franciszek, qui choisit d'abord d'étudier la physique, puis, peu à peu, en proie au doute et confronté à la mort, abandonne ses certitudes tout en cherchant un sens à sa vie.
Ian, un éducateur aveugle, est embauché par une modeste institution de Lisbonne au Portugal pour apprendre à des jeunes atteints de cécité à se déplacer par écholocation grâce à l'écho des sons qu'il émet, par exemple par le claquement de langue. Un des objectifs qu'il se fixe est d'apprendre aux jeunes aveugles à se déplacer sans leur cane blanche. La jeune et belle Eva, qui ne sort plus parce qu'elle ne supporte plus la pitié que les passants dans la rue ont à son égard à cause de sa canne blanche, entre en résonance avec ce que propose Ian. Cependant, le directeur de l'institution estime que cette pratique est dangereuse et met des conditions très stricte à l'enseignement que propose Ian. L'intrépide Serrano, un autre aveugle de l'institution, met en doute la parole de Ian et va même jusqu'à penser que ce n'est pas un véritable aveugle. Une fois convaincu, il s'aventure la nuit tombée avec son professeur sur les quais du port de Lisbonne à la recherche d'un bateau dont Ian soutient l'existence, mais que tout semble montrer qu'il est le fruit de son imagination. Les méthodes employées par Ian accroit la tension dans ses relations avec le directeur qui congédie finalement Ian, à la suite d'un grave accident dont est victime un des pensionnaires écrasé par un tramway.
A la suite de la répression des manifestations ouvrières de Gdansk, un officier de l'armée polonaise prend contact avec les américains en vue de leur transmettre des informations sur les opérations envisagées par l'URSS pour conserver sa main-mise sur sa zone d'influence et faire triompher le communisme. Lorsque la présence d'un espion est soupçonné au sein de l'état-major polonais, l'étau de resserre et l'officier demande à être exfiltré par la CIA avec sa famille.
Inspiré de fait réels. Le tueur en série Zdzisław Marchwicki (1927–1977), surnommé « le Vampire de Zagłębie », sévit en Pologne entre 1964 et 1970. Sa dernière victime s'avère être la nièce du premier secrétaire du parti communiste. Un jeune et ambitieux lieutenant, Janusz Jasinski, est chargé de cette affaire brûlante et il est prêt à tout pour l'arrêter. Pourtant, lorsqu'il réussit à capturer l'assassin présumé, il connaît un moment de gloire et obtient les bonnes grâces de ses supérieurs. Il fera tout pour ne pas les perdre même si cela veut dire garder en prison un homme innocent...
Un Polonais, interné pendant la Seconde Guerre mondiale dans un camp d'internement à la frontière entre la Suisse et l'Allemagne. Des années plus tard il revient dans la région. Les souvenirs de cette période reviennent. Il rencontre également quelques femmes qui l'intéressaient à cette époque.
Fin septembre 1944, l'insurrection de Varsovie dure depuis bientôt deux mois. Prise entre deux fronts, une compagnie déjà très éprouvée doit s'enfuir par les égouts (qui donnent au film son titre original). Désorientés, étouffés par un air irrespirable, les hommes et les femmes de la compagnie cèdent peu à peu au découragement ou à la folie. Le film de guerre devient film intimiste, s'attachant à des personnages singuliers (deux couples, un compositeur, l'officier qui commande la compagnie) et montre les égouts varsoviens, pourtant célébrés comme le lieu des exploits de la résistance polonaise, comme un enfer dont aucun personnage ne peut sortir vivant ou libre. Alors que le gros de la compagnie est fait prisonnier après être sorti derrière les lignes allemandes, que nombre de personnages sont morts dans les galeries, le lieutenant, qui sort sain et sauf mais seul, décide dans le plan final de retourner dans les égouts.
Le film nous présente le massacre de Katyń du point de vue des vivants, c'est-à-dire du point de vue des épouses et des mères qui ont attendu des années avant de savoir ce qu'étaient devenus les officiers polonais arrêtés par l'armée soviétique en 1940. Il s'arrête aussi sur l'après-guerre, montrant l'entreprise de falsification de l'histoire menée par le pouvoir communiste et les tentatives de certains proches des victimes pour défendre la vérité. Ce n'est que dans la dernière scène que Wajda met un terme à toutes altérations de l'histoire en montrant les assassinats du point de vue des victimes.
Le film se passe pendant la Seconde Guerre mondiale, en 1942, dans le ghetto de Varsovie. Janusz Korczak a la charge de plusieurs centaines d'orphelins : il doit subvenir à leurs besoins dans des conditions très difficiles. On peut voir, par exemple, sur des photos d'époque prises dans ces orphelinats, que les enfants étaient pieds nus.