Le film montre les douze travaux d'Hercule sous forme de personnages de papier découpé inspirés par le théâtre de marionnettes. Les personnages sont dessinés en noir et blanc dans des graphismes inspirés par la céramique grecque antique.
Hélène, reine de Sparte, s'ennuie, son mari Ménélas lui montrant peu d'intérêt. Elle s'enfuit à Troie avec Pâris. Ménélas déclare alors la guerre à Troie. Après la victoire, Hélène revient à Sparte. La coutume voudrait que son mari la tue lui-même, mais son charme opère et il la laisse en vie. Toutefois il ne s'occupe pas plus d'elle qu'auparavant et Hélène flirte avec le prince d'Ithaque.
Aux premiers temps du monde, les dieux de l'Olympe supplantèrent leurs créateurs, les Titans, grâce à l'aide du kraken créé par Hadès. Zeus, Poséidon et Hadès se partagèrent alors le monde, et Hadès, trompé par Zeus, fut relégué dans le monde souterrain.
Percy Jackson, fils de Poséidon, poursuit ses aventures épiques afin d'accomplir sa destinée. Aidé par ses amis demi-dieux, il part à la recherche de la légendaire Toison d’Or, cachée au cœur de la Mer des Monstres. Au cours de cette odyssée, ils devront affronter d'incroyables créatures afin de sauver le Camp des Sangs-Mêlés...
L'histoire se déroule dix ans après les événements du Choc des Titans. Persée est redevenu un simple pêcheur et élève seul son fils de dix ans, Héléos, après la mort de sa femme Io quelque temps auparavant. Pendant ce temps, le manque de dévotion des humains affaiblit les dieux de l'Olympe, qui sont sur le point de perdre le contrôle des monstrueux Titans, en particulier de leur chef, Cronos, vaincu et enfermé dans le Tartare par Zeus, Hadès et Poséidon dans un passé lointain. Reprenant ses complots contre Zeus, Hadès passe un pacte avec le dieu de la guerre, Arès, et Cronos en personne. Tous trois parviennent à capturer Zeus et à l'enfermer dans les Enfers. Les Titans libérés sèment la désolation dans le monde. Persée est alors contraint de sortir de sa retraite ; avec l'aide d'Andromède, d'Agénor fils de Poséidon, et du dieu Héphaïstos, il se met en devoir de libérer Zeus et de sauver l'humanité.
Ulysse approche de la grotte du cyclope Polyphème. Fatigué, il s’endort devant. Des nymphes musiciennes sortent alors de la grotte, jouent de la musique et jettent des fleurs sur le héros endormi. Calypso arrive, le réveille, alors que les jeunes filles s’éclipsent. Elle l’attire devant la grotte, puis disparaît, laissant la place à la main du cyclope qui essaie d’attraper Ulysse. Le géant sort ensuite sa tête et le héros lui transperce son seul œil avec une lance. Ulysse part alors, Calypso tente en vain de le retenir et pleure au milieu de ses amies.
Le maître de l'Olympe, le divin Zeus, a décidé de s'intéresser à Alcmène, la mère d'Hercule, qu'il attire auprès de lui. Le héros pense qu'elle a été enlevée et organise une expédition pour la retrouver. Mais la femme de Zeus nourrit des ambitions d'envergure et espère accaparer la direction de l'univers. Les mésaventures d'Hercule pourraient fort bien l'aider à réaliser ses plans...
Méduse a perdu la mémoire, victime d'un sort que lui a jeté sa sœur Euryale. Elle erre dans des lieux dont elle se souvient par bribes et finit par arriver au Théâtre du Grand Guignol, où se cachent Euryale devenue aveugle et Sthéno, la plus jeune des trois gorgones, réduite à l'état animal. Le gardien du théâtre et le collectionneur vont assister au dernier combat des deux sœurs. Sthéno, seule survivante, recouvre la parole et s'installe dans les sous-sols du Cimetière du Père-Lachaise. Mais elle s'ennuie et se prend d’amitié pour Cornelius, une jeune promeneuse.
Après avoir affronté le lion de Némée qui terrorisait la région, Hercule s'embarque avec Jason à la recherche de la Toison d'or pour permettre à ce dernier de reconquérir le trône de Thessalie.
Mario et Raymond, les dirigeants d'une petite compagnie de théâtre, essayez de faire fortune à l' aide d' une machine à temps , cependant, une mauvaise date et les met il y a 7000 ans. Ils se trouvent à la cour Euristeo qui les prend comme augures pour aider Hercules dans son combat contre Maciste qui veut se marier Déjanire . Strongman, elle - même d' abord trouvé un désavantage, il a retrouvé sa force qui avait été retiré de Circé par l'intervention de Eco . Il effectue ainsi un combat entre Hercule et Maciste; Mario Raimondo et parviennent à échapper à remonter dans le temps de leur vie moderne.
Le colosse Ursus, de retour chez lui après avoir livré bataille, découvre que sa fiancée Attea a été déportée sur une île lointaine par des prêtres païens. Il part à sa recherche avec Doreide, une esclave aveugle qui devine qu'Attea a été enlevée par Setas, un ancien ami d'Ursus. Ce dernier se met en travers de leur chemin et capture Ursus qui arrive à briser ses liens et réussit à s'enfuir avec Doreide. Ils rencontrent la belle courtisane Magali qui se propose de les aider à traverser une zone désertique. Magali essaie de séduire Ursus et, ulcérée par son refus, tente de le piéger avec la complicité de Setas, mais elle meurt dans leur affrontement dont Ursus et Doreide sortent victorieux. Le couple arrive enfin dans l'île et découvre qu'Attea, soumise à l'emprise maléfique de Setas, est devenue la malfaisante prêtresse de l'île. Ursus essaie sans succès de la soustraire au pouvoir occulte de Setas et se retrouve dans une arène pour combattre un monstrueux taureau qu'il finit par tuer. Ursus dresse alors une révolte au cours de laquelle Attea et Setas trouvent la mort tandis que Doreide recouvre la vue à la suite d'une violente commotion. Elle s'embarque avec Ursus sur le chemin du retour.