Ichiro, un jeune Japonais solitaire, dont ses parents travaillent beaucoup, est d'habitude seul à la maison avec son ami, un inventeur local, qui lui sert de baby-sitter. Dans ses rêves, il visite l'archipel d'Ogasawara, où il joue et explore l'île avec Minilla, qui est attaqué par le monstre Gabara. Cependant, quand il n'est pas endormi, Ichiro se promène dans une usine abandonnée dans laquelle il rencontre deux braqueurs de banque qui le capturent. En utilisant les leçons que Minilla et Godzilla lui ont apprises, Ichiro échappe aux voleurs et aide la police à les capturer, il obtient ensuite la victoire sur ses assaillants, leur montrant qu'il ne prendra plus leurs coups désormais.
Des scientifiques mènent des expériences climatiques sur l'île de Solgell, ce qui a pour effet de déclencher une tempête et de transformer les mantes locales en monstres géants : les Kamacuras. Alors que celles-ci découvrent un œuf géant et s'apprêtent à tuer le bébé, Godzilla arrive et lui sauve la vie avant d'entreprendre son éducation...
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.
Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés à la suite du réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.
À la fin du XX siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
Les extraterrestres de la troisième planète du trou noir ont réussi à rebâtir Mechagodzilla, pour envahir la Terre. Ils se sont associés au Dr Mafune un savant rejeté par la communauté scientifique et capable de contrôler un dinosaure géant marin : Titanosaurus. Pour contrer la menace, Interpol se lance à la poursuite des extraterrestres tandis que Godzilla affronte les deux monstres.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance.