En 1945, à New York, les Corleone sont une des cinq familles de la mafia. Don Vito Corleone, "parrain" de cette famille, marie sa fille à un bookmaker. Sollozzo, " parrain " de la famille Tattaglia, propose à Don Vito une association dans le trafic de drogue, mais celui-ci refuse. Sonny, un de ses fils, y est quant à lui favorable.
Afin de traiter avec Sonny, Sollozzo tente de faire tuer Don Vito, mais celui-ci en réchappe. Michael, le frère cadet de Sonny, recherche alors les commanditaires de l'attentat et tue Sollozzo et le chef de la police, en représailles.
Michael part alors en Sicile, où il épouse Apollonia, mais celle-ci est assassinée à sa place. De retour à New York, Michael épouse Kay Adams et se prépare à devenir le successeur de son père.
Kill Bill : The Whole Bloody Affair est une édition complète des deux films d'action d'arts martiaux Kill Bill : Volume 1 et Kill Bill : Volume 2. Le film était à l'origine prévu pour être publié comme une seule partie. Toutefois, en raison de la durée du film plus de 4 heures, il a été divisé en deux parties.
Le récit commence en 1901, dans la ville de Corleone en Sicile, aux funérailles du père du jeune Vito, Antonio Andolini, qui a été assassiné pour une insulte au seigneur local de la Mafia, Don Ciccio. Pendant la procession, le frère aîné de Vito est assassiné à son tour parce qu’il a juré de se venger du Don. La mère de Vito se rend auprès de Don Ciccio pour implorer sa clémence et jurer d'épargner son plus jeune fils, mais il refuse. La mère pointe alors un couteau sous la gorge de Don Ciccio, en intimant à son fils l'ordre de fuir. Celui-ci s'enfuit en courant et voit une dernière fois sa mère, abattue d'un coup de fusil. Les hommes de Don Ciccio fouillent la ville pour trouver le garçon en menaçant les habitants, mais il parvient à fuir la ville caché dans les bagages d'un ânier. Le jeune Vito finit par se retrouver sur un bateau en partance pour New York. À Ellis Island, un agent de l’immigration confond la ville natale de Vito, Corleone, avec son nom de famille : il est enregistré aux États-Unis sous le nom de « Vito Corleone ».
Chihiro Ogino (荻野 千尋, Ogino Chihiro), dix ans, boude à l’arrière de la voiture de ses parents ; ces derniers ont décidé de déménager à la campagne, et la petite fille regrette son ancienne école. En cherchant à rejoindre leur nouvelle maison, ils se perdent au bout d’une route tortueuse et arrivent devant un tunnel. Le traversant, malgré la réticence de Chihiro effrayée, ils arrivent dans ce qu’ils pensent être un parc à thèmes abandonné. Sentant une odeur de nourriture, ils rejoignent une échoppe vide regorgeant de victuailles, et les parents de la fillette s’installent ; prévoyant de payer en partant, ils commencent à manger goulûment. Agacée par leur comportement, Chihiro part explorer le village abandonné et se retrouve à l’entrée d’un pont menant à un palais des bains. Là, un jeune garçon l’avertit de partir vite avant le coucher du soleil.
En 1586, à l'époque Sengoku, dans un Japon médiéval ravagé par des guerres civiles, les paysans sont fréquemment opprimés par des brigands qui les rançonnent. Une troupe de bandits à cheval s'apprête à attaquer un village mais décide de reporter l'attaque en attendant la prochaine récolte. Un des paysans, Yohei, a surpris la discussion et court aussitôt avertir les autres villageois. Ces derniers sont effondrés, à l'exception de Rikichi, qui essaie de trouver une solution. Ils finissent par consulter Gisaku, l'Ancien du village, qui, à la surprise de tous, rejoint l'avis de Rikichi et conseille d'engager des samouraïs pour défendre le village.
Au début de la période d'Edo, le rōnin Hanshiro Tsugumo se présente au château du clan Ii, que dirige l'intendant Kageyu Saito en l'absence du maître. Le rōnin explique que réduit à la misère depuis la perte de son statut de samouraï, il souhaite qu'on lui propose un lieu adéquat pour mettre honorablement fin à ses jours en pratiquant le seppuku, un suicide rituel.
À Rome, à la fin des années 1980, Salvatore vient d'apprendre la mort de son vieil ami Alfredo. Par cette nouvelle, c'est toute son enfance qui remonte à la surface : son village natal, en Sicile, quand on l'appelait Totò et qu'il partageait son temps libre entre l'église (où il était enfant de chœur) et la salle de cinéma paroissiale, où régnait Alfredo, le projectionniste qui, au travers des films qu'il projetait, lui apprenait la vie.
En 1966, deux frères, Matteo et Nicola Carati, révisent pour leurs examens de fin d’études. Matteo, de son côté, devrait selon toute vraisemblance obtenir haut la main son diplôme de littérature. Nicola qui se destine à la médecine, a tout d’un homme qui s'épanouit, au caractère bienveillant. Dans le cadre d’un programme d’accompagnement, Matteo fait la connaissance d’une jeune fille aliénée mentale nommée Giorgia. Cette rencontre va durablement bouleverser la vie des deux frères.
Dans la scène d'ouverture du film, le personnage principal, Henry Hill, un citoyen américain d'origine italo-irlandaise, parle de son enfance à New York en 1955 et admet : « Autant que je me souvienne, j'ai toujours rêvé d'être gangster ». En effet, déjà à cette époque, Henry est fasciné par le train de vie qu'ont les truands de la mafia, notamment ceux de la famille Lucchese, une équipe de mafieux qui évolue dans son quartier ouvrier de Brooklyn, majoritairement peuplé de voisins d'origine italienne.
A Yokohama, Gondo, actionnaire principal d'une usine de chaussures apprend que son fils a été enlevé. Les preneurs d'otage réclament une rançon. Gondo dispose de cette somme qui devait servir ses intérêts dans l'entreprise. Mais le dilemme se complique lorsqu'il apprend que c'est en fait le fils de son chauffeur qui a été enlevé. Le commissaire Tokura est chargé de gérer la crise.
Dans le port de La Rochelle, à l'automne 1941, une flottille de sous-marins allemands se prépare à appareiller dans la liesse générale. Officiers, officiers mariniers et matelots fêtent leur départ, mais le commandant de l'U-96 reste calme, en retrait, dans l'appréhension du combat. Le capitaine Philip Thomsen, ivre, et qui fête sa dernière décoration, vient brailler dans un micro. Il commence par tenir des propos acides sur le chancelier Hitler, puis, sentant qu'il est allé trop loin dans sa critique, se met à insulter Churchill par le biais d'une pirouette.
Dans un futur proche, les États-Unis ont développé ce qui est appelé le « rêve partagé », une méthode permettant d'influencer l'inconscient d'une victime pendant qu'elle rêve, donc à partir de son subconscient. Des « extracteurs » s'immiscent alors dans ce rêve, qu'ils ont préalablement modelé et qu'ils peuvent contrôler, afin d'y voler des informations sensibles stockées dans le subconscient de la cible. C'est dans cette nouvelle technique que se sont lancés Dominic Cobb et sa femme, Mal. Ensemble, ils ont exploré les possibilités de cette technique et l'ont améliorée, leur permettant d'emboîter les rêves les uns dans les autres, accentuant la confusion et donc diminuant la méfiance de la victime. Mais l'implication du couple dans ce projet a été telle que Mal a un jour perdu le sens de la réalité ; pensant être en train de rêver, elle s'est suicidée, croyant ainsi revenir à sa vision de la réalité. Soupçonné de son meurtre, Cobb est contraint de fuir les États-Unis et d'abandonner leurs enfants à ses beaux-parents. Il se spécialise dans l'« extraction », en particulier dans le domaine de l'espionnage industriel ; mercenaire et voleur, il est embauché par des multinationales pour obtenir des informations de leurs concurrents commerciaux.
Le film suit les pérégrinations de Ric O'Barry, ancien dresseur de dauphins devenu activiste, qui enquête sur la chasse au dauphin à Taiji (Wakayama) au Japon.