Scooby-Doo, Sammy, Fred, Daphné et Véra sont à nouveau réunis afin de débusquer un virus fantôme. Pendant leur enquête, la bande se retrouve prisonniers d'un jeu vidéo basé sur leurs propres aventures passées. Les cinq amis sont alors transportés dans un voyage à travers le temps, passant de l'époque préhistorique à la vie dans l'espace. Ces expéditions riches en rebondissements les conduisent à rencontrer, à chacune des époques traversées, leurs doubles, risquant ainsi à tout moment, de changer le cours des événements...
Kevin Mitnick, est un génie de l'informatique, expert en ingénierie sociale et en piratage. Sa curiosité et son goût du défi le conduisent à se confronter à Tsutomu Shimomura, un expert mondialement reconnu de la sécurité informatique. Kevin et Tsutomu se livrent alors à une bataille d'intelligence et de ruse.
Les Pirates de la Silicon Valley relate les débuts de la micro-informatique individuelle aux États-Unis du début des années 1970 à la fin des années 1980 et met en scène la rivalité entre les célèbres duos Steve Jobs et Steve Wozniak, et William Henry Bill Gates III et Paul Allen. Les premiers étaient les cofondateurs et PDG d'Apple, qui ont lancé les premiers Apple I et puis les Macintosh, largement basé sur les recherches du Palo Alto Research Center de Xerox. Les seconds étaient les cofondateurs de la société Microsoft, programmeurs du premier Altair Basic sur Altair 8800 puis diffuseur de MS-DOS puis de Windows et de logiciels de bureautique, comme Word et Multiplan et de nombreuses implémentations du langage BASIC sur IBM PC puis compatible PC.
Ils peuvent forcer n'importe quel code et pénétrer dans n'importe quel système. Ils sont souvent encore adolescents et déjà mis sous surveillance par les autorités. Ce sont des hackers. « Zero Cool » - de son vrai nom Dade Murphy - est une légende parmi ses pairs. En 1988, il a, à lui tout seul, cassé mille cinq cents sept ordinateurs de Wall Street et la justice lui a interdit de s'approcher d'un clavier avant d'avoir 18 ans. Il est resté sept ans sans ordinateur. Kate Libby, autrement dit « Acid Burn », a un ordinateur portable gonflé, qui peut passer de zéro à soixante sur l'autoroute de l'information en une nanoseconde. Lorsqu'ils entrent en collision, la guerre des sexes prend un tour particulièrement grave. Mais il devient impossible de dire ce qui va se passer lorsque le maître hacker « La Peste » utilise Dade, Kate et leurs amis dans une diabolique conspiration industrielle. Maintenant eux seuls peuvent éviter une catastrophe comme le monde n'en a jamais vu.
Angela Bennett, brillante analyste informatique chez Cathedral Systems, est spécialiste dans la sécurité informatique, traquant les virus, quels qu’ils soient. Ne sortant jamais de chez elle, elle correspond avec son employeur par téléphone. Ses seuls contacts à l’extérieur sont sa mère souffrante d’Alzheimer et ses contacts sur le 'chat'.
À la fin des années 1960, Martin Brice et son ami Cosmo, deux jeunes génies de l'informatique, s'amusent à infiltrer les réseaux informatiques dont celui du Parti républicain des États-Unis. Identifiés par la police, Cosmo est arrêté, tandis que Martin parvient à leur échapper de justesse. Pour éviter les poursuites, il change son nom pour Bishop.
En pleine guerre froide, David Lightman, un jeune pirate informatique accède à distance sans le savoir à un système informatique appartenant au réseau de défense militaire américain : le NORAD.
Kevin Flynn, un programmeur de génie de jeux vidéo, travaille pour l'éditeur ENCOM. Mais la paternité des jeux qu'il développe est usurpée par un de ses collègues, Ed Dillinger qui, devenu président d'ENCOM, parvient à le faire licencier.