Peter Parker est un adolescent combattant le crime sous l'identité de Spider-Man après avoir été mordu par une araignée transgénique dans les laboratoires Oscorp. Chassé par les autorités sous les ordres du capitaine George Stacy, le père de sa petite amie Gwen, Peter tente de sauver New York du Docteur Connors, l'ex-associé de son père métamorphosé en créature reptilienne, le Lézard.
Dans un flashback, Richard Parker, scientifique chez Oscorp Industries, enregistre un message vidéo pour expliquer sa disparition. Plus tard, le scientifique et sa femme Mary, sont à bord d'un avion privé détourné par un assassin envoyé pour les tuer lui et son épouse. Alors que Mary se réfugie dans les toilettes, Richard de son côté se bat contre l'assassin, mais la lutte qui s'ensuit provoque le crash de l'avion, les tuant tous, après le téléchargement de la vidéo.
The film starts off at night with Spider-Man jumping from building to building, following a car stolen by two crooks, late for a date with his girlfriend Gwen Stacy. He finally catches up with the vehicle and, complaining that he is late for his date the whole while, eventually manages to stop, overpower and web up the crooks.