Durant la Seconde Guerre mondiale, le cœur de la créature de Frankenstein débarque au Japon. Il est amené dans un laboratoire d'Hiroshima où des scientifiques procèdent à sa transplantation dans un cadavre. Mais, alors que l'opération vient de s'achever, la bombe atomique s'abat sur la ville. Des années plus tard, le monstre est recueilli par un scientifique américain et son assistante japonaise. Sous l'effet des radiations, il commence à grandir jusqu'à atteindre la taille d'une maison. Aucune cage ne pouvant plus désormais le retenir, le monstre s'évade et se réfugie dans la forêt. En même temps, Baragon, un dinosaure mutant, sort de sa cachette souterraine et se livre à des raids destructeurs.
Un génie du mal nommé le Dr. Huu a créé un robot (parfois nommé Mechani-Kong), afin de creuser pour un élément hautement radioactif appelé "élément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon.
Prêt à tout pour retrouver son frère, Yata, disparu en mer, Ryota vole un yacht et embarque avec Ichino, un ami, peu intelligent. Le yacht appartient a Yoshimura, un cambrioleur. Il part également avec eux. Une fois arrivé près de l’île de Letchi dans les mers du sud, le bateau est attaqué par un crustacé géant, Ebirah. Ils se retrouvent donc coincés sur cette île. L’île est gouvernée par l’organisation du Bamboo rouge. Cette organisation exploite les indigènes. Ryota et ses amis rencontre une habitante de Infant Island et se reposent dans une grotte. Celle-ci leur apprend que Mothra peut venir les aider. Mais Mothra ne pourra pas combattre Ebirah et secourir les prisonniers. Ils décident alors de ressusciter Godzilla, bloqué par des rochers. Ils espèrent qu’il pourra battre Ebirah.
Une station spatiale est infiltrée par des aliens et s'écrase ensuite sur une île du Pacifique. Un groupe de promoteurs immobilier décide de construire un hôtel sur l'île et découvre qu'elle est peuplée par des monstres géants créés par les aliens dans une tentative de conquête de la Terre.
Années 1960. Une série d'essais nucléaires français, aux alentours de l'archipel des Tuamotu, entraine la mutation d'un lézard. Trente ans plus tard, la créature monstrueuse attaque un cargo japonais croisant dans le Pacifique Sud. Le seul rescapé est transporté à Papeete, où il est interrogé par des agents de la DGSE. Il murmure le nom de « Gojira », d'après une ancienne légende japonaise. Au même moment, Nick Tatopoulos, un jeune scientifique américain travaillant pour la Commission de réglementation nucléaire des États-Unis, est prié d'abandonner ses recherches à Tchernobyl pour se rendre avec un groupe de militaires à Panama. Il découvre les gigantesque empreintes du monstre, qui a traversé le golfe et piétiné un village pour se rendre dans l'océan Atlantique.
La ville d'Osaka va bientôt accueillir l'exposition universelle de 1970. Féru de civilisations anciennes, et désireux d'enrichir l'éventail des prestations de cet évènement planétaire, le professeur Williams a décidé d'emprunter une des statues de l'île de Pâques, centre de tous les mystères. Mais en faisant cela, il libère sans le savoir un terrible monstre : Jiger. Heureusement, Gamera, la tortue géante amie des enfants, intervient.
Au cours de la période de Goryeo, un roi dirige le pays d'une main de fer et réduit la population paysanne à la misère et à la famine. Un vieux forgeron sculpte une figurine de monstre à l'aide de grains de riz. Quand elle entre en contact avec le sang de la fille du forgeron, la figurine prend vie et se transforme en monstre de métal géant appelé Pulgasari.
Des scientifiques mènent des expériences climatiques sur l'île de Solgell, ce qui a pour effet de déclencher une tempête et de transformer les mantes locales en monstres géants : les Kamacuras. Alors que celles-ci découvrent un œuf géant et s'apprêtent à tuer le bébé, Godzilla arrive et lui sauve la vie avant d'entreprendre son éducation...
Des avions militaires russes chargés de bombes nucléaires s'écrasent au Pôle Nord. L'explosion atomique réveille Gamera, un monstre préhistorique ressemblant à une tortue qui se nourrit de chaleur et commence à attaquer les villes pour se recharger. L'armée tente désespérément de trouver une solution pour en venir à bout.
In the year 2008 all the world leaders are together at a G8 Summit meeting in Japan. A meteorite crashes into the heart of Sapporo and releases the monster Guilala. The monster rampages through Sapporo, leaving death and destruction in his wake. After levelling the city, Guilala transforms into a giant ball of fire and flies to Hokkaidō, making its way to the G8 Summit. The Prime Minister of Japan proposes cancelling the Summit for the safety of all involved, but the President of the United States convinces the other world leaders to personally stay and fight. Shortly after forming a world alliance, each leader stays to fight their own reason:
Le monstre Dagahra apparaît. Dragon sous-marin crée il y a des années par la civilisation disparue de Nilai Kanai, finalement détruite par sa création. Il se nourrit de pollution et produit des sortes d'étoiles de mer géantes et destructrices.
Une éruption volcanique réveille un monstre ailé assoiffé de sang nommé Gyaos. Alors que tous les plans de l'armée - qui utilisaient la lumière du soleil comme arme pour détruire la bête - tombent à l'eau, Gamera tente une fois de plus de défendre le Japon.
Des chasseurs de trésor trouvent une opale géante, mais il se trouve que l'opale n'est autre qu'un œuf géant de Barugon, un lézard géant. Quand l'œuf éclot, le monstre fait des ravages mais Gamera (qui s'échappe de sa prison spatiale) va attaquer la bête afin de protéger le Japon et ses habitants.
Daigoro is a monster who was orphaned after the military used intercontinental missiles to kill his mother while she tried to protect him. Only one man stood against that decision. He pitied the infant, and took it as his own and raised him in Japan. But Daigoro grew too large and too expensive to feed. The man made Daigoro an icon for a business. Elsewhere Goliath, a monster who had been trapped in an asteroid for a long time, went to Earth and battled Daigoro. Goliath eventually defeated Daigoro by striking him with lightning from his horn. Goliath then left to pillage the world, leaving Daigoro to die. Daigoro recovered and practiced daily for his next battle against Goliath. After an intense fight, Daigoro breathed his fire ray and managed to defeat Goliath. The humans then grabbed Goliath while he was still weak and strapped him to a rocket and launched him into space.
Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre.