Première partie
31 décembre 1942, dans la petite ville de Marconesse. À l'Hôtel de France, tenu par les Durieux, le réveillon bat son plein. Parmi les convives, le riche exploitant forestier Henri Delaître et sa famille, le lieutenant Gascher, chef de la Kommandatur et Jean de Montvert, un écrivain collaborationniste. Mais, dans la nuit, peu de temps après avoir quitté l'Hôtel de France, Henri Delaître est assassiné par un mystérieux individu sous les yeux de sa femme. L'adjudant chef Thomassin veut se saisir de l'affaire, mais Gascher insiste pour que l'enquête soit confiée à la Sûreté de Bordeaux. Le commissaire Valette délègue alors l'inspecteur Coëzec. Ce dernier arrive à Marconesse au moment où Thomassin s'acharne sur Loulou Beaufort, l'homme à tout faire de l'hôtel. Pour Coëzec, la difficulté est de taille : en cette période troublée, ses investigations se déroulent dans un climat hostile et dangereux...
Peu après le débarquement de Normandie, en juin 1944, l'histoire d'un médecin vengeant la mort de sa femme et de sa fille, sauvagement assassinées par un détachement de soldats SS stationnés dans le château du petit hameau où elles s'étaient réfugiées.
En 1942 à Paris, sous l'occupation allemande, l'Alsacien Robert Klein fait des affaires, notamment en rachetant à vil prix des objets d'art à des Juifs en difficulté. Alors qu'il reconduit à la porte l'un d'eux à qui il vient d'acheter un petit tableau du maître néerlandais Adriaen van Ostade, il découvre parmi son courrier un exemplaire des Informations juives, journal habituellement distribué sur abonnement spécial.
Julia, une journaliste américaine vivant à Paris dans les années 2000, prépare un article lié à la rafle du Vél' d'Hiv' et recherche les traces d'une petite fille juive déportée en 1942 lors de cette rafle, Sarah.
Marie, mère de famille, accepte d'aider une jeune voisine à se débarrasser d'un enfant non désiré. Encouragée par le succès, elle entame un processus qui en fera une faiseuse d'anges, et une femme adultère. Mais la dureté de la vie sous le régime de Vichy la rattrape, elle est dénoncée par son mari et finira guillotinée pour l'exemple.
1942 : Albert Lory, un célibataire d'âge mûr, instituteur dans un village que l'on devine en France occupée (aucune référence géographique n'est faite), est amoureux d'une jeune collègue, Louise Martin. Mais, timide et vivant avec sa mère possessive, il n'ose pas se déclarer. De plus, Louise est fiancée à Georges Lambert qui s'avère être un « collaborateur » de l'occupant allemand. Les agissements de Georges, ceux du frère de Louise, Paul qui est un résistant, et ceux enfin des Allemands qui procèdent à des arrestations, entraînent Albert vers une prise de conscience et un élan patriotique...
Début XX siècle. Henri Fortin, accusé à tort d'avoir tué son patron, le comte de Villeneuve, est condamné au bagne. Sa femme Catherine nomme son fils Henri, anciennement appelé Léopold. Elle se réfugie avec leur fils Henri dans la région d'Arromanches, chez un aubergiste grippe-sou.
Durant l'Occupation, dans une ville de province, la jeune veuve de guerre d'un juif communiste, mère d'une fillette, défie un prêtre sur le terrain de la religion. Certaine de sa rhétorique, elle est pourtant déconcertée par les réponses qu'il lui donne. Peu à peu, elle perd pied. Chaque nouvelle rencontre avec ce prêtre la rapprochera de la conversion. Sa résistance cédera devant le travail de la grâce. Une amie lui ouvrira involontairement les yeux sur l'une des raisons de sa conversion : l'Abbé Léon Morin est beau.
Un groupe d'ex-résistants, dont certains s'étaient perdus de vue depuis la fin de la guerre, se retrouvent quinze années plus tard. Ils dînent ensemble dans la demeure de leur ancien chef, Castille, qui a été arrêté et tué dans ce lieu même, événement qui a précipité la chute du réseau.
En juillet 1942, la France met en œuvre des rafles à l'encontre des Juifs. Un enfant prend la fuite en pleine nuit, il trouve refuge à la mosquée de Paris. Les SS qui assistent l'opération ne veulent pas de fuite et se décident à traquer tous les fuyards, ils vont mettre au jour un réseau d'entraide mis en place à la mosquée de Paris, les musulmans aident les Juifs et ils ne vont pas laisser passer cela.
Dans la France occupée, Maurice et Joseph, deux jeunes frères juifs, sont envoyés par leurs parents dans la zone libre et font preuve de malice, de courage et d’ingéniosité pour échapper aux occupants et tenter de réunir à nouveau leur famille.
Depuis que la moitié Nord de la France a été envahie par les nazis, les Parisiens passent leurs soirées dans les salles de spectacles, pour ne pas avoir froid. Marion Steiner ne pense qu'aux répétitions de la pièce qui va être jouée dans son théâtre, le théâtre Montmartre, dont elle assure la direction à la place de son mari juif. Tout le monde pense que Lucas Steiner a fui la France. En réalité, il s'est réfugié dans les sous-sols du théâtre. Chaque soir, Marion lui rend visite et commente avec lui le travail des comédiens, notamment celui du jeune premier de la troupe, Bernard Granger. Très vite, Lucas comprend, simplement en écoutant les répétitions depuis sa cachette, que sa femme est tombée amoureuse de Bernard Granger. Ce dernier, engagé dans la Résistance, sera le seul de la troupe à aider Lucas lors d'une perquisition de la Gestapo. La pièce est un succès mais le théâtre connaît des jours difficiles, du fait de la jalousie d'un critique de théâtre antisémite et hargneux. Alors que la France est libérée par les Alliés, Marion continue sa vie de comédienne, entre son mari, désormais réhabilité et acclamé, et Bernard.
Paris, sous l'occupation, durant la Seconde Guerre mondiale. L'armée allemande réquisitionne immeubles, véhicules, biens et même vivres. La vie quotidienne des Français est donc difficile, car ils doivent non seulement subir les conséquences de la défaite, mais aussi la présence d'une armée d'occupation (le personnage de Grandgil en fait la remarque durant le film)
En 1937, les Grandclément, un couple de petits fonctionnaires, achètent et s'installent dans une maison située à Neuvy (parfois appelé Neuvy-lès-Moulins), dans ce qui deviendra en 1940 la zone libre, mais toute proche de la rivière Allier et de la ligne de démarcation. Amateurs de bonne chère, ils jouissent d'un large stock de produits gastronomiques. Mais voulant faire plaisir à son chef de service et à la femme de celui-ci, ils sont dénoncés pour avoir mangé une oie le 11 novembre. Incarcérés, ils rencontrent Marie Müller, visiteuse de prison, qui les fait libérer. Celle-ci a flairé l'aubaine : un couple sans famille, sans amis, sans histoires, avec une maison "si bien placée". Après avoir loué une chambre chez eux, Marie fait livrer, en plus du loyer, des vivres de qualité ainsi que divers petits cadeaux à ses nouveaux amis. Elle orchestre en réalité un trafic d'or et de monnaie spoliés sur les biens des Juifs qui tentent de passer la ligne de démarcation avant d'être livrés aux autorités nazies une fois dépouillés. Marie et ses complices utilisent la maison des Grandclément comme relais de stockage. Les Grandclément décident tacitement de ne pas se poser la question sur les allées et venues dans leur maison et sur la provenance des cadeaux de Marie. Ils préfèrent voir en elle une vraie et généreuse amie, allant jusqu'à refuser la vérité qui éclatera après la guerre.