Dans le port de La Rochelle, à l'automne 1941, une flottille de sous-marins allemands se prépare à appareiller dans la liesse générale. Officiers, officiers mariniers et matelots fêtent leur départ, mais le commandant de l'U-96 reste calme, en retrait, dans l'appréhension du combat. Le capitaine Philip Thomsen, ivre, et qui fête sa dernière décoration, vient brailler dans un micro. Il commence par tenir des propos acides sur le chancelier Hitler, puis, sentant qu'il est allé trop loin dans sa critique, se met à insulter Churchill par le biais d'une pirouette.
1984. Le sous-marin Octobre rouge, fleuron de la marine soviétique, est équipé d'un nouveau système de propulsion silencieux appelé « la chenille » qui le rend indétectable.
L’USS Montana, un sous-marin nucléaire lanceur d'engins américain, coule non loin du bord de la fosse des Caïmans (7 686 mètres de profondeur) après une rencontre fortuite avec un objet immergé non identifié, le sous-marin reposant par 274 mètres de fond.
Il était une fois, un royaume enchanté situé sous les mers appelé Pepperland, un endroit merveilleux protégé par le Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band, où le bonheur et la musique règnent en maîtres. Mais un jour, les méchants Blue Meanies déclarent la guerre et envoient une armée menée par le terrifiant Gantelaid (Flying Glove). Ils transforment alors les habitants de Pepperland en statues de pierres et vident le royaume de toutes ses couleurs. Panique totale dans la population dont le maire Old Fred décide d'envoyer Young Fred chercher de l'aide dans son sous-marin jaune. Ce dernier réussit à s'enfuir à temps et va ressusciter la légende de Yellow Submarine : fabuleuse légende disant qu'un jour, des hommes arrivèrent sur la contrée de Pepperland pour y faire naître la musique et le bonheur. Ainsi, à bord du sous-marin jaune, Young Fred va devoir rechercher des personnes capables de relever ce défi.
Durant l'été 1943, Murrell, alors capitaine d'un cargo, est torpillé par un sous-marin allemand et perd son épouse dans le naufrage. Recueilli après avoir passé vingt-cinq jours sur un radeau, il accepte le commandement d'un destroyer d'escorte de classe Buckley car il préfère, dit-il, « être du bon côté du canon ». Son passé de « civil » inspire une certaine méfiance à ses hommes, mais l’occasion se présente bientôt pour lui de prouver ses capacités.
1995. Le leader ultra-nationaliste russe, Vladimir Radtchenko, à la tête d'unités dissidentes de l'armée russe, menace l'ordre international en s'emparant d'une base de missiles nucléaires située dans l'est de la Russie.
En 1942, dans le détroit de Bungo, le sous-marin du commandant Richardson est détruit par l'Akikaze, un destroyer japonais. Seuls Richardson et quelques membres de son équipage survivent.
Durant la guerre froide, peu après l'affaire de Cuba, un capitaine de destroyer de la Marine américaine (Finlander, interprété par Richard Widmark) traque un hypothétique sous-marin de la Marine soviétique dans l'Arctique. Finlander, aussi autoritaire qu'individualiste, secondé par « l'un des meilleurs capitaines de la Kriegsmarine » (Schrepke, interprété par Eric Portman), collaborant désormais avec l'OTAN, dirige un équipage efficace mais au bord de la rupture. Pour un reportage, un journaliste (Munceford, interprété par Sidney Poitier) est héliporté à bord du destroyer...
Fin 1941, dans le Pacifique. Le sous-marin Le Tigre des Mers est gravement endommagé dans les premiers jours de la guerre avec le Japon. Son commandant, Matt Sherman, est aidé par son second, le très débrouillard lieutenant Holden, qui déniche tout l'équipement nécessaire aux réparations, y compris un stock inutilisé de pots de peinture rouges et blancs pour repeindre le sous-marin! À l'occasion d'une escale sur une île, cinq infirmières-officiers en détresse sont recueillies à bord, mettant l'équipage en émoi...
1868. Depuis quelque temps, sur tous les océans du globe, les navires sombrent dans d'étranges circonstances. Les rescapés de ces naufrages en attribuent la cause à un mystérieux monstre qui éperonne les vaisseaux. À San Francisco, le professeur Pierre Aronnax, accompagné de son domestique Conseil, de même que le harponneur Ned Land, embarquent à bord d'une frégate affrétée par la marine américaine dans le but de traquer le monstre...
Basé sur une histoire vraie du sous-marin polonais "Orzel" (L'Aigle): Septembre 1939, "Orzel" arrive au port neutre estonien à Tallinn. Sous la pression de l'Allemagne, les Estoniens ont interné le navire. Le commandant Grabinski décide de s'échapper en Angleterre à travers la mer Baltique, sans aucune carte qui a été confisquée et avec seulement une petite quantité de carburant à bord.
Durant la Seconde Guerre Mondiale, le sous-marin américain U.S.S. Copperfin est envoyé secrètement dans la baie de Tokyo, afin d'obtenir des informations en vue de préparer le bombardement de Tokyo.
L’action se situe à Melbourne en Australie. La Troisième Guerre mondiale a été déclenchée, et l'Australie, le dernier pays survivant, est dans l’attente inexorable d’être atteint à son tour par les mortelles radiations des armes atomiques.
Dans les dernières semaines de la Deuxième Guerre mondiale, un groupe de nazis et de citoyens collaborateurs de diverses nations prennent la fuite en sous-marin, à destination de l'Amérique du Sud ; certains pour continuer la lutte, d'autres pour chercher refuge. Profitant d'une escale près des côtes françaises, ils enlèvent un médecin. Pendant la traversée, la tension monte dans le groupe de réfugiés. À l'arrivée, l'accueil est moins facile que prévu ; la tension redouble et la violence suit.
Pour retrouver des sous-marins nucléaires russe et britannique qui ont mystérieusement disparu, James Bond fait équipe avec l'agent soviétique Anya Amasova. Leur mission les conduit à affronter un ennemi redoutable, Requin, un géant de près de deux mètres vingt quasiment indestructible et armé d'une mâchoire en acier aussi coupante qu'un rasoir. 007 devra également affronter Karl Stromberg, l'employeur de Requin. Stromberg veut se servir des sous-marins nucléaires qu'il a volés pour détruire le monde et créer une cité sous-marine.