Pendant la Seconde Guerre mondiale, un commando britannique a pour mission de couler le cuirassé allemand, le Tirpitz, réfugié dans un fjord de Norvège.
Le film débute dans le futur, alors que la Seconde Guerre mondiale est terminée. Pendant le générique de début, la caméra se dirige vers un village en suivant une route, comme s'il s'agissait du point de vue d'un visiteur motorisé. Le spectateur est ainsi amené jusqu'à un villageois (Mervyn Johns), assis dans le cimetière de l'église de Bramley End, une localité fictive d'Angleterre. Le villageois s'adresse à la caméra et conduit le spectateur vers une tombe, où des soldats allemands sont enterrés. Le villageois parle, puis un flash-back raconte pourquoi cette tombe est là.
Le sous-marin HMS Sea Tiger, qui vient juste de rentrer au port, est brusquement rappelé en mer pour une mission spéciale : couler le Brandenburg, un navire de guerre allemand. En route, l'équipage apprend que leur cible a atteint la Baltique, mer sur laquelle de lourds moyens de défense ont été disposés ; au lieu de reculer, le Sea Tiger prend le Brandenburg en chasse. La tension grandit lorsque la cible se rapproche ; arrivés à portée de tir, ils lancent leurs torpilles, mais doivent battre retraite sans savoir si leur attaque a réussi. Bientôt, sous peine de ne plus jamais pouvoir rentrer, ils doivent trouver à se revitailler en carburant alors qu'ils se trouvent toujours dans les eaux ennemies…
Pendant la Seconde Guerre mondiale, au début de l'automne 1939, les jeunes Lockhart et Ferraby, respectivement journaliste et avocat, sont affectés sur le Compass Rose une corvette de la classe "Flower", navire d'escorte chargé de défendre les convois qui traversent l'Atlantique. Ils sont placés sous le commandement de Ericson, seul marin de métier (marine marchande, réserviste de la Royal Navy). Après une brève période de formation, la corvette Compass Rose reçoit l'ordre de rejoindre un convoi d'une dizaine de navires. Très vite, les sous-marins ennemis commencent à faire des ravages.
Lors de la Seconde Guerre mondiale, un bombardier américain Boeing B-17 s'écrase en Irlande. Avant de mourir, l'un de ses artilleurs remet son alliance à un Irlandais en lui demandant de la faire parvenir à sa petite amie aux États-Unis. Cinquante ans après, un homme enquête sur l'histoire de cette bague...
Deuxième Guerre mondiale. Le Lieutenant Ward Stewart, membre d'équipage à bord d'un sous-marin éclaireur, et son commandant Dewey Connors, entretiennent une relation de profonde amitié jusqu'au jour où les deux hommes se rendent compte que la maîtresse de Stewart n'est autre que la femme de Connors. Cependant, la découverte d'une base nazie en plein milieu de l'Atlantique va obliger les deux anciens amis à oublier leur discorde et à s'unir face à l'ennemi.
Seconde Guerre mondiale, 1941, au Canada : un groupe de saboteurs nazis débarque d'un sous-marin, mais est bientôt décimé par une avalanche. Le colonel Keller, chef du groupe, est le seul survivant. Blessé, il est pris en charge par deux agents de la police montée, Steve Wagner et Jim Austen qui décident de le remettre aux autorités...
Le film retrace l'épisode de la Bataille du Rio de la Plata qui eut lieu durant la Seconde Guerre mondiale, dans laquelle la Royal Navy localisa et endommagea un puissant cuirassé de poche allemand (panzerschiffe), l’Admiral Graf Spee qui menaçait les convois de ravitaillement. Coincé dans le port de Montevideo pour réparation, devant cependant quitter le port pour des raisons politiques, menacé par une hypothétique flotte anglaise au large de l'embouchure du Rio de la Plata, le Graf Spee choisit finalement de se saborder.
Durant l'été 1943, Murrell, alors capitaine d'un cargo, est torpillé par un sous-marin allemand et perd son épouse dans le naufrage. Recueilli après avoir passé vingt-cinq jours sur un radeau, il accepte le commandement d'un destroyer d'escorte de classe Buckley car il préfère, dit-il, « être du bon côté du canon ». Son passé de « civil » inspire une certaine méfiance à ses hommes, mais l’occasion se présente bientôt pour lui de prouver ses capacités.
Le capitaine-lieutenant Günther Prien est considéré comme l'un des meilleurs commandants de sous-marin allemands. L'amiral Karl Dönitz lui confie une mission spéciale : il doit pénétrer dans la base britannique de Scapa Flow et y faire le maximum de dégâts. Prien accomplit cette mission et est célébré par la propagande allemande comme un héros.
Dans les derniers jours de la Seconde Guerre mondiale, le Mount Kyle, un cargo britannique est torpillé par un U-Boot dans le delta de l'Orénoque, un fleuve du Venezuela, et l'équipage est massacré. Murphy, simple cuistot irlandais, est l'un des deux seuls survivants avec un pilote aviateur, le lieutenant Ellis qui est grièvement blessé. Ils trouvent refuge dans une mission dirigée par le Docteur Hayden, une femme médecin quaker, auprès de laquelle est abandonné depuis le début de la guerre Louis Brezon, un ingénieur français travaillant pour une compagnie pétrolière. Ayant intercepté une conversation radio, les Allemands se présentent à la mission, abattent Ellis afin que personne ne retrouve leurs traces et détruisent la radio. Bien décidé à se venger, Murphy répare l'hydravion du lieutenant Ellis et s'en va bombarder le sous-marin. Il le rate et le U-Boot surgit afin de détruire la mission. Murphy décide alors de retrouver le U-Boot et de le couler afin de venger la mort de ses amis, quand on apprend la fin de la guerre. Mais la fin de la Seconde Guerre mondiale ne met pas fin à la colère de Murphy qui cherche ensuite toujours à se venger.