Mexique, années 1920. Deux aventuriers américains, Dobbs (Humphrey Bogart) et Curtin (Tim Holt) partent à la recherche d’or en compagnie d’un vieux prospecteur nommé Howard (Walter Huston). Malgré les ennuis qu’il pressent, le vieillard accepte tout de même de partir. De façon surprenante, le vieux prospecteur s’avère extrêmement endurant, et sait surtout comment trouver de l’or dans la très inaccessible Sierra Madre.
Au milieu du XVIII siècle, le gouverneur Weatherby Swann et sa fille Elizabeth, alors âgée de douze ans, sont en route vers Port Royal (en Jamaïque) à bord de l'Intrépide en compagnie du lieutenant de la Royal Navy James Norrington. Ils rencontrent un naufrage dans lequel ils trouvent un survivant, Will Turner. Il s'agit d'un enfant, qui porte sur lui un médaillon en or. Elizabeth le lui enlève afin que son père ne puisse pas savoir qu'il est en fait un pirate. Elle aperçoit dans le brouillard un navire aux voiles déchirées noires, le Black Pearl.
William Turner et Elizabeth Swann sont sur le point de se marier, lorsqu'ils se font arrêter par Cutler Beckett, qui travaille pour la Compagnie britannique des Indes orientales. Ils ont en effet précédemment aidé le capitaine Jack Sparrow, un pirate, à échapper à la peine de mort. En échange de leur libération, William Turner accepte de partir comme émissaire à la recherche de Jack pour proposer un marché : l'amnistie et une lettre de marque pour devenir corsaire en échange de sa boussole. La boussole de Jack a une particularité : elle indique la direction de ce que le porteur désire le plus. Elizabeth arrive à s'échapper de la prison grâce à son père, le Gouverneur, dérobe une lettre de marque, et part à la poursuite de William.
Jim Hawkins est un jeune homme qui rêve d'aventure depuis tout petit. Un jour, un reptile humanoïde gravement blessé atterrit près de l'auberge de sa mère et lui remet un drôle d'objet en forme de sphère avant de mourir. Il est bientôt suivi par une horde de pirates et Jim, sa mère et le docteur Doppler, un client de l'auberge et ami de la famille, sont obligés de s'enfuir. L'auberge est détruite. Jim découvre alors que la sphère est en fait la carte du « Butin de mille univers » du plus célèbre pirate de tous les temps, le Capitaine Nathaniel Flint. Le docteur Doppler décide de monter une expédition pour retrouver cette planète. Arrive le jour du départ. Jim monte en tant que mousse sur le RLS Héritage du Capitaine Amélia; il doit assister le cuisinier, John Silver, un cyborg. Une relation paternelle va se créer entre ces deux personnages, Jim Hawkins comblant le manque affectif causé par l’abandon de son père. Mais Jim va bientôt s'apercevoir que celui-ci est à la tête d'une mutinerie pour récupérer le trésor.
Billy Bones, avant de mourir, donne au jeune Jim Hawkins une carte où est indiqué la position d'un trésor. Il se met en route pour trouver ce trésor mais le pirate Long John Silver convoite également le butin.
Le récit est celui de Jim Hawkins, 13 ans, tenancier avec sa mère de l'auberge l'Amiral Benbow dans un port anglais près de Bristol au XVIII siècle. Un jour, un vieux loup de mer, le capitaine Billy Bones débarque à l'auberge et s'y installe. Le vieux capitaine effraie mais ses récits d'aventures fascinent Jim qui devient son ami; d'autant qu'il semble peser sur ce dernier une obscure menace.
L'histoire débute en 1519 à Séville (Espagne) où Tulio et Miguel, deux escrocs espagnols, viennent de gagner une partie de dés (en trichant) contre un homme qui a mis en jeu une carte censée mener à la légendaire cité de l'or : Eldorado, également recherchée par Hernán Cortés, le chef des conquistadors qui s'embarque le jour même pour le nouveau monde.
Le jeune Jim Hawkins a été recueilli à la mort de ses parents par la vulgaire aubergiste M Bluveridge. Le pirate Billy Bones lui remet avant de mourir la carte du trésor caché du capitaine Flint. Après avoir échappé à une horde de pirates à la recherche de la carte, Jim, accompagné de Gonzo et de Rizzo le rat, parvient à convaincre le stupide Squire Trelawney (joué par l'ours Fozzie) d'affréter un navire, l'Hispaniola, afin de partir à la recherche du trésor. Le navire est dirigé par le capitaine Abraham Smolett (Kermit la grenouille) secondé par Samuel Arrow (Sam l'aigle), le docteur Livesey (Walbec Bunsen) et son assistant Fiole (Beaker). Mais le cuisinier unijambiste Long John Silver a recruté secrètement l'ancien équipage du capitaine Flint et sitôt en mer, les pirates prennent le contrôle du navire afin de s'approprier le trésor. Arrivés sur l'ile où il est enfoui, ils tombent sur une tribu de cochons sauvages sur laquelle règne la voluptueuse Benjamina Gunn (Miss Piggy), ancienne fiancée de Smolett abandonnée devant l'autel et que tous croyaient disparue en mer.
Benjamin Gates, dit Ben, suit les traces de la famille Gates, en voulant mettre la main sur le fameux trésor des Templiers, d'une valeur incommensurable, qui aurait été caché par les Francs-Maçons durant la guerre d'indépendance des États-Unis. Toutefois, cette quête n'est pas une mince affaire puisqu'on ne peut atteindre le trésor qu'en suivant un indice, qui aboutit généralement à un autre indice.
Dans un port anglais au XVIII siècle, Jim Hawkins aide sa mère à l'auberge. Un ancien pirate vient un jour y prendre ses quartiers et abreuve le jeune garçon de ses aventures maritimes. L'homme meurt subitement ; Jim et sa mère ouvrent son coffre qui contient une mystérieuse carte au trésor.
L'action commence dans le désert égyptien dans l'avion fou que pilote le maladroit Flagada Jones. Picsou, ses 3 neveux et Zaza se rendent sur un champ de fouilles archéologiques où une chambre secrète a été mise au jour, contenant peut-être le trésor de Cali Baba que Picsou cherche depuis 40 ans. Une fois l'avion "posé", ils se rendent compte que le coffre déterré ne contient que de vieux vêtements, mais aussi une carte.
S. Quentin Quale (Groucho), un escroc plein d'aplomb, est en route vers le Far West où il compte bien faire fortune. Dans le hall de la gare de départ, il fait la rencontre des deux frères Panello (Harpo et Chico) qui s'avèrent encore moins honnêtes que lui puisqu'ils parviennent à le délester de tout son argent, ce qui leur permet eux aussi de se rendre sur ces terres pleines de promesses de fortune. Une fois arrivés sur place, ils sympathisent avec le vieux Dan Wilson à qui ils prêtent un peu d'argent : en gage, celui-ci leur donne l'acte de propriété d'une terre qui ne vaut apparemment pas grand-chose. Or, le vieux Wilson ne sait pas que le chemin de fer passera bientôt par ce terrain, ce qui décuple sa valeur aux yeux de la compagnie ferroviaire.
Un ancien hors-la-loi, Jack Wade, devenu shérif affronte son ancien complice, Clint Hollister, qui veut récupérer le butin de l'attaque d'une banque caché dans une ville fantôme. Pour cela Hollister, avec quatre complices, enlève Wade et sa fiancée pour qu'ils leur montrent où se trouve l'argent.