Dans un collège, sur une île isolée du Japon, un groupe de collégiens et leur professeur sont surpris par une violente tempête, et doivent par mesure de sécurité, rester dans l'établissement, jusqu'à accalmie. Soumis à des différends, deux amis d'enfance, Azuma et Saijo se trouvent confrontés l'un à l'autre à cause de désaccords. Lors de la tempête, une jeune fille aux pouvoirs surnaturels semble liée à la tempête, et se trouve en difficulté. Azuma souhaite l'aider, et découvre ses pouvoirs. Qui est cette jeune fille et Azuma peut-il l'aider ? Pourquoi des amis d'enfance se battent-ils ? Des problèmes quotidiens et surnaturels qui se doivent d'être résolus au cours de l'aventure.
Sachiko Hanai, une prostituée, a reçu une balle dans la tête à la suite d'un échange de coups de feu entre les yakuzas. La jeune fille est encore vivante, la balle lui a juste laissé une alvéole au milieu du front. Elle est ensuite poursuivie par des espions, car elle a ramassé par erreur un cylindre contenant un doigt de George W. Bush, qu'elle a confondu avec son tube de rouge à lèvres.
Une lycéenne nommée Mayumi se fait jeter de l'acide sur le visage par l'ex-petit ami de sa sœur aînée. Depuis, un tueur en série, assisté par Mayumi, terrorise les anciens élèves du lycée.
Jeune infirmière dans une clinique privée spécialisée dans la chirurgie esthétique, Satsuki est célibataire et en mal d'amour. Toutefois, un mystérieux inconnu lui fait régulièrement livrer des roses rouges. Ce dernier finit par la contacter pour lui proposer un rendez-vous galant. Charmée par son physique de play-boy, elle accepte son invitation. Mais ce dernier, Gondo, lui offre des chocolats secrètement chargés de laxatifs. Après les avoir mangés, elle est prise d'une irrésistible envie d'uriner. Après avoir arrêté la voiture près de toilettes publiques pour ses besoins, Gondo la viole alors qu'elle rêvait de coucher avec lui.
Tokyo, 1986. Chaque nuit, une jeune et charmante secrétaire, Etsuko, s'adonne aux plaisirs solitaires en pensant à son chef de service dont elle est amoureuse. Elle voudrait non seulement coucher avec lui mais aussi l'épouser. Jusqu'au jour où elle voit que sa meilleure amie et collègue Naoko couche avec lui. Dévastée, de retour chez elle après cette nouvelle, elle se livre à une masturbation frénétique. Plus excitée que jamais, elle atteint un orgasme si puissant que son corps se transforme en "énergie extatique" couplée avec les ondes d'une radio allumée et qui lui fait traverser le temps. Elle est projetée avec son chaton dans le futur, quinze ans plus tard, en décembre 2001. Vêtue d'un simple peignoir et de sa culotte, elle remarque très vite que les choses ont changé : son quartier a été victime d'un séisme, Clint Eastwood est annoncé président des États-Unis, et Naoko vit désormais avec son patron d'antan. Mais elle rencontre surtout son propre double plus âgée. Dans ce futur ultra-capitaliste, elle est malheureuse avec son mari Okano, un détective privé qui tombe amoureux d'elle plus jeune. Elle est sa propre rivale amoureuse ! Devenue une obsédée de la consommation et peu avenante avec son époux, Etsuko veut à tout prix retourner en 1986. Elle contacte donc un jeune ingénieur cherchant des cobayes pour tester sexuellement sa machine à voyager dans le temps.
Un jeune mécanicien, Koji Kondo, tombe par hasard sur une armure de combat anti-tank Madox-01, égaré par l’armée. Sans préparation, Koji se retrouve coincé dans le cockpit et doit en prendre les commandes. L’armée, pensant que c’est un acte hostile, va tout faire pour l’arrêter, alors qu’il s’agit d’un malentendu.
Dans un futur où l’humanité a établi des colonies avancées sur la Lune, les « Bounty dog », un groupe de jeunes espions est en mission pour espionner les activités de la société Constans Corporation qui gère la colonie lunaire. L’un des membres, Yoshiyuki, est encore traumatisé par la perte récente de sa petite amie, Yayoi. Contans Corp est suspecté de développer de nouvelles armes en effraction du pacte de non-prolifération des armes dans l’espace. Alors que les Bounty dog entrent en conflit armé avec les agents de Contans Corp, ils découvrent l’existence de clones cyborg qui essayent aussi de les éliminer. Le plus troublant est que l’un deux clame être Yayoi à la plus grande confusion de Yoshiyuki. Les Bounty dog apprennent que ces clones sont le produit d’une forme de vie extraterrestre Darkness qui vit dans le centre de la Lune et qui a observé l’Humanité depuis des millénaires. Décidé de venger Yayoi, Yoshiyuki se donne pour mission de détruire cette forme de vie extraterrestre.
Dix ans ont passé depuis le combat entre Kira et L. Les Shinigami, les dieux de la mort, envoient à nouveau des Death Note parmi les humains, et le monde sombre peu à peu dans le chaos. Tsukuru Mishima est membre de l'unité spéciale Death Note avec Matsuda, qui a travaillé sur l'affaire Kira. Les meurtres de masses ont désormais lieu au quatre coins du monde. Le successeur de L se met alors, lui aussi, à enquêter sur cette affaire qui réunirait six Death Note.
L'histoire se déroule un mois après la fin de Crows Zero 2. Les boss du lycée Suzuran, Genji Takiya et Tamao Serizawa, ont été diplômés. Une nouvelle bataille s'engage entre les nouveaux lycéens pour déterminer qui contrôlera l’établissement.
Le 29 septembre 1979, l'Agence d'exploration interstellaire lance une fusée japonaise, le JX-1 Hawk, dans l'espace lors d'un voyage de neuf mois pour étudier sur la planète Saturne. Une fois cette sortie terminée, l'équipage se voit confier une nouvelle mission spatiale après que les scientifiques ont découvert une étoile, nommée « Gorath » l'Union astronomique internationale, dont le mouvement devient incohérent. En analysant la trajectoire de Gorath à travers le système solaire, l'équipage du JX-1 Hawk découvre qu'elle est certes plus petite que la Terre, mais 6 000 fois plus dense. Il parvient à transmettre ses données vers la Terre avant qu'un énorme puits gravitationnel ne se forme et l'absorbe avec le vaisseau.
Des archéologues découvrent le cercueil de Kirie, une sorcière morte depuis une centaine d'années. À peine l'ont-ils ouvert que cette dernière se réveille et les réduit en charpie, n'épargnant une fille que pour la posséder et partir à la recherche de celle qu'elle a attendu pendant toutes ces années. Cette élue n'est à première vue qu'une adolescente ordinaire, mais la plus puissante sorcière de tous les temps sommeille en la jeune Misa Kuroi. Posséder son corps donnerait à Kirie le pouvoir absolu mais c'est sans compter sur Saiga, un autre sorcier bien décidé à se dresser en travers de son chemin et à l'anéantir. Pour cela, il devra protéger Misa jusqu'à ce que cette dernière prenne conscience de son destin et apprenne à maîtriser son pouvoir sans limites. Car elle seule pourra renvoyer Kirie en enfer et sauver le monde.
L'histoire se déroule dans un lycée privé catholique. Après qu'une fille se soit enfermé dans sa chambre, des filles disparaissent mystérieusement suivant apparemment une apparition de cette dernière. Leur point commun, avoir toutes vu la même photo.