Le film se base sur l'histoire vraie, tragique, d'Hachikō, un chien Akita resté fidèle à son maître, le Professeur Ueno, même après la mort de celui-ci.
L'histoire se déroule pendant l'hiver 1944-1945 sur l'île de Leyte, aux Philippines, lorsque les forces alliés coupent l'Armée impériale japonaise de ses lignes de ravitaillement, la privant de ses renforts en hommes, matériel, nourriture, armes et munitions. Elle tente alors une retraite meurtrière vers le port de Palompon dans l'espoir d'être évacuée.
L'action se déroule au Japon en 1684. Ishun est Grand Imprimeur à Kyoto, capitale impériale du Japon, et créancier de nombreux courtisans. Ishun est marié à O-San, de trente ans plus jeune que lui, que son frère Dôki Gifuya puis sa mère pressent d'éponger les dettes familiales. Mohei, qui est le meilleur employé d'Ishun et tient ses comptes, se propose de tirer sa maîtresse d'embarras. Un autre employé, Sukeimon, surprend Mohei et menace de le dénoncer s'il ne le fait pas profiter de sa prétendue filouterie. Plutôt que de commettre ce vol, Mohei se dénonce à Ishun. O-San est sur le point de se dénoncer à son tour, lorsqu'O-Tama, une jeune servante sur laquelle Ishun exerce un droit de cuissage, s'accuse pour protéger Mohei. Ishun fait enfermer Mohei. O-Tama révèle à O-San les infidélités d'Ishun. Pour le confondre, O-San échange sa chambre avec O-Tama. Sukeimon se rend compte que Mohei s'est échappé et le trouve dans la chambre d'O-Tama en compagnie d'O-San à qui il faisait ses adieux. Mohei s'enfuit mais O-San se retrouve considérée comme adultère. Lorsqu'Ishun lui enjoint de se suicider, elle s'enfuit à son tour et rejoint Mohei.
Au début des années 1960, Reiko gère pour le compte de sa belle-mère une petite épicerie qu'elle a fait prospérer à force de travail. Elle a perdu son mari à la guerre peu après leur mariage et doit également entretenir son jeune beau-frère Koji, qui mène une vie dissolue. Ses deux belles-sœurs, mariées, poussent Reiko à se remarier tant qu'elle est jeune.
1928. La jeune institutrice Hisako Ōishi est nommée dans un petit village côtier de l'île de Shōdoshima dans la mer intérieure de Seto. Sa modernité et en particulier son habitude de faire à vélo la longue distance qui sépare son domicile de l'école située de l'autre côté de la baie suscitent les médisances des villageois jusqu'au jour où une chute l'oblige à prendre un congé : ses élèves, attristés par son absence, décident de faire à pied le long trajet jusque chez elle. Les retrouvailles sont chargées d'émotion et scellent un très fort attachement entre les élèves et leur maîtresse. Au fil des ans, le destin des uns et des autres diverge. Les garçons enrôlés comme soldats partent à la guerre, les filles n'ont pas toutes la chance de poursuivre leurs études et pendant la période militariste l'institutrice en butte aux pressions de sa hiérarchie finit par renoncer à l'enseignement. Malgré tous ces événements, les liens avec les élèves de sa première classe restent très forts et lorsque après la guerre elle reprend le travail, elle retrouve devant elle certains de leurs enfants.
L'histoire se déroule en 2029 dans un monde futuriste et dystopique de type cyberpunk. Le major Motoko Kusanagi et son collègue Batou, deux cyborgs, travaillent dans l'unité spéciale anti-terroriste du gouvernement (la section 9) de New Port City au Japon. Au cours d'une de leurs enquêtes, ils sont chargés de capturer un redoutable pirate informatique, insaisissable, connu seulement par son pseudonyme de « Puppet Master » (le « Marionnettiste »).
À Tokyo, un groupe vit pauvrement dans une maison en désordre : Osamu (qui travaille sur un chantier de construction et qui se blessera sans pouvoir prétendre à des indemnités), sa femme Nobuyo (qui travaille dans une blanchisserie industrielle et qui subira une compression de personnel), Aki (qui travaille en cabine privative de peep show dans un hostess et host club), Shōta (un garçon) et Hatsue (une vielle dame qui est propriétaire de la maison).
Le film s'ouvre sur un plan statique de six minutes dans lequel on voit le frère de Shingen, Nobukado, lui présenter un voleur qui vient d'échapper au crucifiement. Nobukado pense que la ressemblance du voleur avec Shingen pourrait s'avérer utile. Ce plan est en fait un montage dans lequel le même acteur joue les rôles de Shingen et du voleur. C'est la seule fois où on les voit ensemble, à part une brève scène de rêve.
La trame est l'histoire de Tampopo, restauratrice japonaise qui tente de trouver la recette de la soupe de nouilles (ラーメン, rāmen) ultime, avec l'aide d'une équipe menée par un homme mystérieux et solitaire. D'autres histoires traversent le film, notamment les aventures érotico-alimentaires d'un homme en complet blanc, l'obsession compulsive d'une vieille dame, le dernier repas d'une mère de famille, un dîner d'affaires…
Comme tous les ans depuis quinze ans, la famille Yokoyama se réunit en mémoire du fils aîné, Jumpei, décédé en sauvant un enfant de la noyade. C'est l'occasion de ressasser, en toute convivialité, les souvenirs, les non-dits et les éternelles rancœurs…
À l'époque des cours du Nord et du Sud, guerre, meurtres et famines se succèdent. Alors que les hommes ont été pris par la guerre qui fait rage, deux femmes, belle-mère et belle-fille, survivent dans une petite hutte, dans une plaine recouverte de haute herbes. Elles survivent difficilement en traquant les samouraïs blessés pour les achever et vendre leurs effets au marché noir, dirigé par un vieil homme lubrique du nom d'Ushi. Expertes dans ce jeu de massacre elles jettent les dépouilles de leurs victimes dans un trou dont les toutes premières images du film nous disent qu'il est « profond et noir » (fukaku kurai ana), véritable bouche de l’enfer cachée par les hautes herbes.
Les Cheveux noirs : un samourai abandonne sa femme par dégoût de la pauvreté, et part se marier avec la fille d'une riche famille pour obtenir la richesse. Mais il n'aime pas sa nouvelle femme et est hanté par le souvenir de la première.
Un homme d'affaires atrocement brûlé suite à l'incendie d'un laboratoire, décide de se faire faire un nouveau visage. Peu après l'opération qui est un succès, il réussit à séduire la femme du chirurgien. Mais peu à peu, un étrange sentiment l'envahit : le masque semble avoir une influence néfaste sur lui, comme s'il commandait sa volonté...
Une jeune femme secoué par la mort de son fiancé décide de lui écrire une lettre à son ancienne adresse. Quelle n'est pas sa surprise quand elle reçoit une lettre de Fujii Itsuku, une femme portant le même nom que son fiancé défunt. Les deux jeunes femmes vont alors débuter une correspondance où elles racontent chacune leurs souvenirs.